修昔底德的著作是世界歷史文庫中少有的一部著作。但是他死後三百多年中古代作家很少提到過他。公元二世紀中葉的羅馬作家琉細安說到，希臘最偉大的雄辯家德謨斯提尼會經抄寫過修昔底德的著作八遍，但是這個傳說在德謨斯提尼本人的著作中找不出根據。傳說，修昔底德死時，他未完成的遺稿由他的女兒保存，後來交給一個人去編訂，有人說是交給色諾芬。三世紀的戴奧尼·雷歐息阿斯說:「他（指色諾芬一筆者）秘密地取得修昔底德的著作，想自己出版，因為這部著作以前還沒有人知道。」
人們認為當時代的人，以歷史知識和軍事知識而論，沒有人比色諾芬更適宜於編訂修昔底德的著作，因此產生了這個傳說。修昔底德的著作寫至公元前411年為止，是一部未完的作品。後來有三個作家繼續修昔底德的著作:色諾芬繼續寫到公元前362年止；開俄斯人提奧彭帕斯繼續寫到公元前394年止，其著作僅有片斷遺存至今；雅典人克刺替帕斯繼續至公元前394年止。但是這三個人的作品都不能和修昔底德的原著相比。公元前四世紀史學家非利斯都在他的《西西里史》中，不僅模仿修昔底德的風格，並且採用了他的一部分材料。
亞里斯多德雖然沒有提到修昔底德的名字，但是在他的《雅典政制》一書中，他敘述哈摩狄阿斯和阿利斯託齋吞的故事以及「四百人」寡頭政治的時候，除有幾處略加修改外，幾乎完全用了修昔底德的文字。由此看來，修昔底德的著作是存在的，只是沒有引起當時的重視修昔底德的著作湮沒了幾百年後，直到羅馬共和國末年及帝國初年才又流行起來。共和末年的史學家薩拉斯特模仿修昔底德的作品。公元一世紀的羅馬修辭學家昆體良經常稱讚修昔底德的文章緊湊、簡潔、生動，可見他對於修昔底德的作品是很欣賞的。
但是到公元二世紀以後，一般人都不能欣賞修昔底德的作品，而把希羅多德放在他之上，模仿希羅多德的文體和語言成為一時風尙了。面。中密蟲黃修昔底德的著作，在他死後三百多年湮沒無聞，至公元前一世紀會風行一時，至公元二世紀以後又不為人所注意了，這是什麼原因？我們只能從當時的社會背景、學術風氣和修昔底德的著作本身中去尋找原因。從公元前六世紀起，希臘奴隸社會欣欣向榮。工商業奴隸主階級一方面與舊貴族作鬥爭，建立奴隸主民主政治；一方面與自然作鬥爭，自然哲學發展起來了。
馬克思會指出，「希臘的內部極盛時期是伯利克裡時代」。在這時期裡，哲學方面，從恩培多克勒的四元素論和阿拉克薩哥拉的種子論發展到德謨克裡特的原子論，打擊了神創造萬物的宗教世界觀，使樸素唯物論哲學發展起來了；哲人派思想家教導雅典人對於一切舊的傳統觀念從新估價，研究思維的法則和表達思維的方式，注意邏輯和修辭，對自然現象作更深刻的研究，否認神的存在，甚至懷疑到奴隸制度的合理性。在文學方面，偉大的悲劇家歌頌民主政治，批判惡的神。例如幼裡披底在《伊菲庚尼》一劇中，當阿伽美濃把自己的女兒作為犧牲，獻給神的時候，舞臺上的合唱隊卻唱著:骨全「可敬的公主，你的靈魂是崇高的，而她們一女神和命運是邪惡。」
他們歌頌人的力量，如在索福克利的《安提峨》一劇中合唱隊唱著:普「世界上有許多力量，蟲共單時圓但是自然中沒有什麼比人類更為有利。一公。品合的這一切都是奴隸社會上升時期的反映。，，簡，修昔底德正是在這種社會環境中養育出來的，他的思想受當時社會趨勢和學術潮流的影響。他把自然哲學家和哲人派思想家的研究方法應用到他的歷史著作中。他批判傳說和迷信，相信人的力量。他通過伯裡克利的口說出:「人是第一重要的，其他一切都是人的勞動成果。」尼西阿斯也這樣鼓勵他的士兵:「建立城市的是人，而不是那些沒有人的城牆和船艦。」當然他們所謂人，只是奴隸除外的自由民而已。在他的整個著作中以及著作裡的演說辭中都有嚴密的邏輯性。在文字風格上，組織嚴謹，常用一個字代替一句，一句代替一段的意思，所以他的文字有時達到晦澀的程度。起初，有些校勘的人總以為這是由於抄本上的文字有訛誤或錯亂的緣故。