大明王朝為什麼有兩個中心，而且連官僚機構都一樣，有什麼作用？
通常一個國家或者是一個組織，僅有一個政治中心。但是奇葩的明朝卻是個例外，因為它設立北京和南京兩個政治中心，有兩套不同的班子。
公元1368 年，明朝開國皇帝朱元璋在應天府登基稱帝，創建了大明王朝。到了公元1402 年，朱元璋的第四個兒子朱棣攻破了應天府也就是南京，從親侄子朱允炆的手上裡奪走了江山，最後自立為帝，即為明成祖。
朱棣從1380 年開始在北平當藩王，在北平期間他苦心經營 20 多年，當時的元朝殘餘勢力還是比較大的，對大明北疆有相當大的威脅。所以在朱棣繼位後，為了擺脫南京那邊勢力的束縛，便著手準備遷都事宜。 終於在公元1421年年正式地遷都到北京，自此明朝形成了以北京和南京為中心的格局。
在這之前其實兩京制度並非是明朝的首創，在東漢時期有洛陽和長安兩個中心，在唐朝有長安和洛陽兩個中心，北宋的兩個中心是開封和洛陽，這些都是兩京並存的。可是明朝的怪異之處在於，它不僅有北京和南京兩個政治中心，而且這兩個地方的官僚機構都是一模一樣的。
有讀者會問既然北京都有一套機構政府了，還要保留的南京那套機構做什麼呢？北京作為皇帝所在之地，政府機構一應俱全，那是沒得說。但是南京除了我們熟悉的六部以外，還設有通政司，翰林院，國子監等政府機構，簡直就是一個小朝廷的氣派，就只是差一位做龍椅的皇帝了。
一般有的人認為，南京的六部其實是明朝京師六部的備胎。但是在明朝滅亡之時，南京的這套完美備份的官僚系統，好像也沒有起到力挽狂瀾的作用，所以常被後人所詬病。
其實南京的六部與北京的六部它們是兩套相互獨立的機構，它們之間互不幹涉，且品級和職責是一致的。而它們的區別就在於人員的配備和其管轄範圍大小。
明朝的六部一般是每部設尚書一人，左右侍郎各有一人然後還有員外郎等其他的僚屬。而南京的六部一般也只設尚書一人，但是只有右侍郎一人，而兵部更是沒有員外郎之職。所以在人員的配備上，南京六部比較簡練。其次在地域管轄方面，南京的六部一般只是管轄南直隸及其附近的區域，也就是今天的江蘇、安徽、上海及其周邊地區，而全國其他所有地方都屬於京師六部的管轄。
在官員配備和地域管轄都比北京六部偏少的情形下，南京的六部會不會就是一個閒職呢？其實答案顯然不是。因為當時的南京兵部掌管了南京周邊以及南直隸省各個州府下設立的 49 個衛所，連同南京的守備勳臣以及鎮守太監共同保障南京周邊地區的安全。後來明代偉大的思想家王陽明就當過南京的兵部尚書，並且在他上任期間還平定了南贛和兩廣的盜亂以及明朝著名的寧王之亂。