1938年滇緬公路通車以後，隨著戰局的變化，雲南當時幾乎成為中國對外聯繫的唯一的陸上交通通道。雲南的穩定，關係到蔣介石政權的穩固，也關係到抗戰事業的成敗。1939年11月日軍登陸廣西，進佔南寧，其目的就是打斷越桂交通，除此之外另有其他目的，首當其衝就是進犯昆明，斷絕滇越、滇緬兩路交通。
日軍入侵越南1940年9月，日軍與國軍陷入長期僵持階段，由於兵力有限，而戰線過長無法實行有效的進攻。國民政府分析敵人今後勢將傾其海陸空之力，並抽調若干精銳陸軍，用於南進。判斷敵勢，必將急速略取越南、緬甸。不久，日軍入侵越南，滇越鐵路完全被控制，並威懾滇西、滇南。
其實，於6月下旬滇越鐵路，突然停止運輸物資，一時間謠言四起，真相難以查明。龍雲致電重慶要求第一集團軍，「非迅速調回不可，表示滇黔零星部隊，難以負此重任。滇黔布防尤為重要，希望抽調第一集團軍回黔、桂邊境駐紮。以備不時之需，為最適宜。」
蔣介石復電，已令薛長官從速抽調一集團軍集中柳州候命，其餘一時無法抽調。60軍回防，成立滇南作戰軍，以盧漢為總司令。改滇南作戰軍為第一集團軍總部。
1940年成立滇南作戰軍時，先駐防昆明，後改滇南作戰軍總部為第一集團軍總部，移駐蒙自。並設置第一、第二路軍指揮部（各轄新建三個旅），以盧浚泉、張衝分任指揮職，以及滇黔綏靖公署第一旅。第一路軍指揮60軍，轄第182師、第184師及滇黔綏靖公署第三旅；第二路軍指揮滇黔綏靖公署第4旅及第五5旅。各部沿滇越邊境之河口、屏邊、金平以及個舊、建水一帶布防。留在湘贛前線的原第一集團軍總部改稱副總部。雲南先後組建、擴編的三個軍、總兵力大約二十萬人，最後僅第60軍兩個師回到雲南。
1941年3月間，日寇突增兵越南十餘萬，第九集團軍亦奉命調回增防滇南。第一集團軍防守滇越鐵路及其地區；第九集團軍防守滇越鐵路以東地區。全滇南達十數日之行程，而守兵共計不到五萬人。
盧漢時年秋又設立滇越邊區總司令部，盧漢為總司令，指揮第一、二路軍、第六十軍及關徵麟部第九集團軍三個軍，實際上盧漢只能控制一、二路軍及第六十軍；關徵麟部為蔣嫡系，實際上是對龍雲、盧漢的牽制力量。原第一集團軍番號，授予留在江西的副總司令孫渡。
1943年，第一、二路軍各旅及綏署護衛團擴編為七個暫編師，其序列為：第一旅改編為暫編第18師師長盧浚泉、第三旅改編為暫編第20師長安純三、第五旅改編為暫編第22師師長楊炳麟、第四旅改編為暫編第21師師長邱秉常與原182師、184師統編為第60軍，第19師師長龍繩武、第23師師長潘朔端、第24師師長龍繩祖。其中第19、第23、第24三個師由龍雲直接指揮，餘歸盧漢指揮。1945年初，滇越邊區總司令部改編為第一方面軍，盧漢升任總司令。同時以暫編第18師、第20師、第22師新組第93軍，以盧浚泉為軍長。
龍雲1945年3月間，第一、九兩集團軍奉命合編為第一方面軍，原第一、九兩集團軍司令部撤銷，方面軍司令部駐開遠指揮。以軍主力固守紅河北岸至馬關、董幹之線，以一部警戒國境。我方面軍奉命作有限目標攻擊，以策應其他戰場。於六月初，開始實施小部隊出擊，迄至方面軍入越受降時止，先後經過戰鬥三十餘次，佔領越南邊境多個據點。
至入越受降前，第一方面軍所轄三個軍為第五十二軍、第六十軍、第九十三軍，其中三分之二士卒為雲南健兒，尤以六十軍、九十三軍為主，此部隊素質良好、裝備齊全、戰鬥力強。越北與雲南邊境相連，進出便利，越南雖曾為法國殖民地，但是法國在歐本土曾被德國佔領，元氣未復，無力來東亞越北接受日本投降。所以美、英、法皆同意由中國部隊接受其投降。這一事件使中國享有國際上的崇高地位，也是中國戰區勝利的最大收穫。