從母種培養成原種，就是將馬鈴薯洋菜培養基連同其中生長的母種菌絲，接種於原種培養基上。原種用的培養基因食用菌種類而不同，比如有糞草培養基、稻草培養基等等。下面來介紹一下，原種的糞草培養基如何製作？
蘑菇、口蘑和松乳菇等凡是生長在糞堆、草地和腐殖質土上的菇類都用糞草培養基。將新鮮、乾淨（無泥土雜質和黴變）的禽、畜糞和稻、麥、穀草等曬乾，堆製成堆肥後作為原種培養基。堆制方法是這樣的，取糞和草等量，並按二者總量的1%準備石膏粉以及過磷酸鈣。選擇一處不受風吹日曬的地方，整平地面，在地上鋪厚15釐米，寬150釐米的草，長隨用量而定，上面再鋪厚15釐米的糞。如此草和糞交互堆積，共10層，總高150釐米。在堆草和糞時，每鋪一層即用噴壺徐徐噴水，下層少噴，上層多噴，噴水總量是草和糞重量的1倍。堆好後，堆內發酵產生熱量，約經5天，堆內溫度上升到80℃，再翻堆，將草和糞混合，同時撒入石膏粉和過磷酸鈣，再堆積起來，又經5天，堆內溫度又上升到80℃，再翻堆，另堆積。這樣一共翻堆3~5次，需15~25天，草和糞便腐熟且混合均勻，就會成為優質的堆肥了。
堆制好的糞草培養基，呈咖啡色，有香氣，用手觸摸，很蓬鬆，有彈性，若堆內有長草，可切成2-3釐米的小段，如有過細的糞末和灰塵，則需要篩去。製作完成之後需要檢查水分，將含水量調節到60%左右（即用手抓一把培養基，緊握，水從指縫中擠出，但不滴下）。用試紙檢驗其酸鹼度，以中性為宜，如偏酸，可噴0.5%的石灰水或0.5%的氫氧化鈉來調節；如偏鹼，則噴1%的乳酸，或0.1%的鹽酸，或5%~10%食醋來調節。
以上各項檢查完畢，就可裝瓶了。原種瓶是用750毫升的廣口瓶，將培養基裝到瓶的肩部，用木棒輕輕搗壓使緊實，但不要太堅硬，中央用一個尖木棒穿洞，直達瓶底。瓶口用棉花塞緊，再用牛皮紙或報紙等包紮。有時候利用罐頭瓶來裝原種培養基更為方便。
用塑膠袋培養原種和栽培種也十分便利。塑料製成的菌種袋有兩種，一種是聚丙烯袋，因其能耐高溫，可在高壓滅菌時用。第二種是聚乙烯袋，因其只耐百餘度高溫，所以可以在常壓滅菌時用。菌種袋的規格有多種，原種用的一般是24×12釐米的，裝料後相當於750毫升的廣口瓶。栽培種用28×14釐米的比較多，袋約裝菌種500克。其裝袋、扎口（用塑料繩或麻繩）、滅菌、接種等工作，均與菌種瓶相似。
原種培養基裝瓶就緒，就將原種瓶放在高壓滅菌鍋中，加壓滅菌2小時，停火，放涼，然後取出來備用。如果沒有高壓滅菌鍋，也可以用土法滅菌，就是把原種培養基瓶放在大的蒸籠中，連續蒸8小時。或者間歇蒸沸，即蒸2~4小時，歇2~4小時，累計蒸沸8小時。蒸籠中央的溫度約為105℃。蒸畢、停火、放涼備用。蒸籠滅菌因不加壓力，所以也可以叫做常壓滅菌。
有時候為了節約燃料、節約時間和提高滅菌效果，以土法自制的高壓滅菌灶是最為實用的。其方法是在大的鍋臺上，用鋼筋水泥做成大的蒸桶，厚約20釐米，圓形、方形均可。鍋蓋開在頂上或一邊均可，鍋蓋要小，能放進瓶子就行，有橡皮墊，不漏氣。蒸桶的大小視培養菌種的規模而定，規模大的可容500~600瓶，規模小的，可容200~300瓶。桶上可安裝一隻壓力表，使用就更方便了。經過滅菌的培養基就可以算是製作完成了。