PCR方法已廣泛用於科研，在工業中也有不斷擴大應用的趨勢，它包括檢測一些病原體、檢測支原體汙染、檢測細菌汙染以及檢測殘留宿主DNA等。
PCR在工業中的應用主要存在一個方法驗證的問題，尤其是靈敏度的驗證。靈敏度不夠，就會發生漏檢。另外，PCR所直接面對的樣本是DNA，而非病原菌或DNA，因此還需要做DNA抽提，這也是要注意的。
下面以支原體PCR檢測為例，略說說靈敏度的驗證。
藥典規定，生物藥廠的主細胞庫、工作細胞庫、生產終末細胞、檢定細胞、病毒種子批和病毒收穫液、細胞培養相關材料如培養基、胰酶、臨床治療用幹細胞和免疫細胞等，都必須不含支原體。
因此，如能採用PCR檢測支原體並替代藥典方法，還是能節省很多時間和精力。但PCR方法的驗證需要較為全面。靈敏度驗證是一個重要方面。靈敏度不夠，就會發生漏檢。《歐洲藥典》第2.6.7章（EP 2.6.7）和《日本藥典》第17版第G3章（JP G3），都規定，對於核酸擴增法（如PCR）檢測支原體，如替代傳統的培養法，都要求檢測限達到10 CFU/ml。
具體驗證可使用10CFU的支原體靈敏度標準品，它一般為凍乾粉形式，需要用待測樣本的樣本基質（需保證裡面不含支原體）來復溶，再進行DNA抽提以及PCR檢測。如檢測的電泳有條帶，或者qPCR檢測後的Ct值小於40，即表明檢測成功。
因此，在選用支原體PCR法檢測來替代藥典方法時，需要考慮如下兩個方面：
第一步是要使用符合歐洲藥典要求，經過全面驗證的支原體檢測試劑盒，第二部是自我驗證，即確認所用的樣本基質對於該試劑盒方法是合適的，並且操作過程是正確的。小規模的室內驗證通常需要採用三個不同批次的試劑盒，然後加入10CFU的標準品，做復孔（通常是8個復孔），並且至少選擇3個支原體物種進行驗證。
有的支原體標準品廠家會提供CFU與基因拷貝數的比值，以方便二者的換算。因為10CFU只能確定PCR能夠達到的檢測限在10CFU以下，但無法具體確定靈敏度的數值。帶DNA拷貝數標定的基因組DNA標準品則可進一步確定檢測限的數值。
圖：某品牌支原體常規PCR檢測試劑盒
總之，PCR方法很有用，但需要避免假陰性，驗證時應使用陽性對照、陰性對照、無模板對照和內控對照，以保證PCR反應正常，以及支原體少量存在時確實能檢出來，支原體不存在時也確保是結果陰性，從而使得PCR方法在工業應用時能確保最終結果的可靠。
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