西瓜的病蟲害是影響西瓜生產的大敵。受害的植株果實小、品質差，有的則失去商品價值，收益大減。
1、苗期病害
西瓜的苗期病害主要有猝倒病、立枯病等，其防治方法可參考本書無公害蔬菜育苗技術部分有關內容。
2、炭疽病
炭疽病是常見的病害，在多雨地區和多雨季節發生尤重。幼苗、成株和果實均可受害。其防治方法為：
（1）加強栽培管理採用無病新土配製營養土，施用充分腐熟的有機肥。對苗床精心管理以培育壯苗。坐果後果實下面最好鋪草墊瓜，防止果實直接與土壤接觸。伸蔓期澆水宜小水暗灌，地面保持見幹見溼。田間零星發現病葉或病株時，要及時剪除或拔除。
（2）藥劑防治 用75%百菌清600倍液，或50%多菌靈可溼性粉劑500~700倍液，或1：0.5~0.8：200~240的波爾多液噴霧。西瓜進入伸蔓期後就應開始噴藥防治，每7~10天噴1次。
3、枯萎病
枯萎病在整個生長期都能發生，但以開花坐果後發病最多，為害最重。其防治方法為：
（1）加強田間管理不要偏施氮肥，尤其是開花結果期適當增施磷鉀肥，以免植株徒長而誘發枯萎病。
（2）藥劑防治 從團棵期開始每隔7-10天用50%多菌靈可溼性粉劑600倍液灌根1次。座果後用50%苯菌靈可溼性粉劑1000倍液或20%甲基立枯磷乳油1000倍液噴霧。
（3）嫁接換根枯萎病菌具有明顯的寄生轉化性，利用葫蘆、南瓜等抗西瓜枯萎病的砧木進行嫁接，是防治西瓜枯萎病的有效途徑。
4、病毒
病西瓜病毒病是一種傳染性病害，早期發病，會使瓜秧生長停滯，植株不能正常開花結果；晚期發病會降低果實品質，也會使產量明顯下降。其防治方法為：
（1）清除田間雜草，減少病毒來源和蚜蟲蟲源。西瓜地旁不種病毒寄主作物，如甜瓜和西葫蘆。（2）從苗期開始徹底防治各種蟲害，特別是蚜蟲。在整枝、壓蔓等操作時，健株和病株要分開進行，嚴防接觸傳染。
（3）中心病株應及時拔除深埋或燒毀，減少田間毒源，並及時噴藥保護防治。主要藥劑有：5%菌毒清水劑300倍液，1.5%植病靈800倍液，10%混合脂肪酸100倍液，0.5%菇類蛋白多糖水劑250倍液等。
5、疾病
防治方法為：（1）加強田間水分管理，發病後停止澆水，並將病葉病蔓剪除燒毀。（2）藥劑防治。選用80%代森鋅可溼性粉劑600~800倍液，或75%的百菌清可溼性粉劑500~700倍液，於發病前開始噴霧，每7-10天噴1次。
6、蔓枯病
西瓜蔓枯病又叫黑腐病、斑點病。莖葉及果實均能受害。其防治方法為：選擇地勢高的地塊種瓜，加強栽培管理，創造良好的通風透光環境。結合整枝將病葉、病蔓及時剪除燒毀。藥劑防治：可用75%的託布津800~ 1000倍液，或80%的代森鋅700-800倍液噴霧，每7-10天噴1次，噴後遇雨應補噴。對發病的瓜秧可用福馬林100倍液塗抹病斑，效果很好。
7、瓜蚜
防治方法：在4月以前，清除瓜田內外的雜草，消滅越冬蚜蟲，及時進行黃板誘蚜。藥劑防治：幼苗期可噴40%樂果乳油1000~1500倍液，隨著植株的長大濃度可增大到800~1 200倍液；也可用10%吡蟲啉2 500倍液，或50%的敵敵畏乳油1200~1500倍液噴霧。