黑死病後來被證實是鼠疫，這種疾病之所以在歐洲快速蔓延，是由於文藝復興之前的歐洲是極其髒亂差的，與同時代的古代中國城市不可同日而語，那時候的歐洲衛生條件極差，城市的街道上到處都是人畜的糞便和各種排洩物。
甚至倫敦的居民打開窗戶就往大街上倒馬桶，那時的紳士和淑女雖然在城市裡生活，但是他們都是隨地大小便的，沒有什麼不好意思，更談不上講究衛生了。法國人一直不洗澡，所以身上很臭，為了掩蓋臭味就發明了香水，所以法國的香水至今很著名。
在這樣的生活環境裡，各種病菌是非常容易傳播的，還有攜帶病菌的各種傳染源——跳蚤、老鼠等等。但是值得一提的是，黑死病後來被證實是從中亞傳入歐洲的。
當時一支蒙古軍隊包圍了克裡米亞西南部的卡發城——熱那亞的一個商埠，久攻不下，而且軍隊裡突然發現了黑死病，於是蒙古軍隊把死屍拋入城內，使居民感染了黑死病，或許這是人類歷史上第一次細菌戰。
城裡的居民四散奔逃，有的人上了船，帶著病菌上船的，隨後就死在船上了，死屍就攜帶病菌到了地中海。1347年的時候，黑死病就已經傳染到了西西里，第二年就到了英國，這時候整個歐洲大陸，幾乎都已經沒有一片不被感染的淨土了。
鼠疫是一種烈性傳染病，因為死者身上會出現黑色的斑痕而被稱為黑死病。《十日談》的作者傅伽丘在他的老家佛羅倫斯，記錄了黑死病傳播造成的慘烈景象：行人在街上走著走著突然倒地而死，待在家裡的人孤獨地死去，在屍臭被聞到之前無人知曉。
而且，每天、每小時有大批屍體被運往城外，奶牛在城裡的大街上亂逛，卻見不到人的蹤影。這樣場景不由得讓人想起了，被張獻忠屠殺後的四川，當時號稱天府之國的成都，大街上竟然有老虎出沒。
但是每天死去的人都運到教堂附近，牧師隨便指一塊地就安葬了，死的人實在太多，墓地不夠用了，於是就挖了許多又長又寬的深坑，把屍體像堆碼貨物一樣一層層碼起來，在最上面蓋上一層薄薄的土就算掩埋了。
許多莊園裡的佃農死光了，結果就是絕收，牛津大學三分之二的學生死於黑死病。由於大量的人口死亡，溫徹斯特大教堂的擴建工程，只修了西側的門面就不得不終止。大瘟疫引起了大饑荒，盜賊蜂起，民不聊生，天主教的威信大受打擊，一浪高過一浪的反猶太人運動興起，理由很荒唐，就是猶太人四處流浪傳播瘟疫還到處投毒。
甚至，在美因茨1萬2000名猶太人被作為瘟疫的傳播者活活燒死，在斯特拉斯堡城內殺死了1萬6000名猶太人。
1352年黑死病消失，是這種病自行消失的，原因就是死亡人數極大，而且極快，在短時間內歐洲人口的三分之一死於黑死病，絕大部分死者的屍體被焚燒，很多地方都是整個村莊滅絕，伴隨著大量人口的快速死亡，商業活動大幅下降，傳播速度就隨之下降。倖免於難的人們都是身體素質很好的人，在鼠疫流行的過程中自身長生了抗體。
五百年後的1894年，引起鼠疫的鼠疫桿菌被發現，1898年人們才明白鼠疫是嚙齒類動物感染鼠疫後，通過跳蚤叮咬傳染給人的。