說起定量蛋白組體外標記技術，大家首先想到的是TMT與iTRAQ，但對於兩者之間的差異應該不甚了解吧～各大平臺對於這兩者之前的差異介紹很少，今天小編就來「救民於水火」，深入扒一下兩者之間的區別。
TMT (Tandem Mass Tags) 和 iTRAQ (isobaric tags for relative and absolute quantitation) 分別是由美國 Thermo 公司和 AB Sciex 公司研發的多肽體外標記定量技術，是目前應用最廣泛的兩種標記定量蛋白質組技術。
這兩種標記具有相似的原理,都是通過與胺基酸末端氨基以及賴氨酸殘基的游離氨基結合，實現對多肽的標記，並通過不同分子量的試劑對不同來源樣品進行標記的方式實現不同樣品間蛋白質組比較的目標。
TMT (iTRAQ) 最高可同時標記16組不同的生物樣品，且一次性完成全部樣品的定性定量分析，顯著的提高了實驗通量，降低了定量誤差。
圖1 TMT標籤斷裂位點，標籤結構與實驗流程
通過以上我們可以得到的已知信息：
1. 相同點：iTRAQ和TMT標記原理相似，都是體外標記；
2. 差異點：TMT與iTRAQ規格不同，分別是16標與8標。
3. 然後沒然後了。。。。。
基於以上介紹，大家應該大體知道的 TMT 和 iTRAQ 差異了，接下來我們深入了解一下TMT 和 iTRAQ 背後大佬 Thermo 公司和 AB Sciex 公司的相愛相殺！
AB Sciex 公司主打質譜儀器為 QTOF，飛行時間質譜儀；Thermo 公司主打質譜儀器為 Orbitrap，軌道阱系列，特點就是超高分辨。
AB Sciex 公司先推出了 Itraq-8標，報告基團間最小分子質量差為1Da，一次質譜上機可以同時完成8個樣本定性定量分析，在市場上收到了極大的追捧。
正所謂同行是冤家，Thermo公司為了打破AB Sciex公司的市場壟斷，隨後推出了TMT 10標，進一步增加了通量，並且給那些使用AB Sciex公司QTOF系列質譜儀的客戶設立了一個坎：TMT報告基團間最小分子質量差為6/1000Da，QTOF系列質譜儀根本分辨不了！只有用Orbitrap質譜儀的客戶才能用！
小編默默當個吃瓜群眾。近期Thermo公司又推出來TMT 16標，進一步加大了通量，勢必又完美的超越AB Sciex公司。
iTRAQ和TMT技術比較
1.相對於 SILAC 體內標記技術漫長的同位素標記周期， TMT 與 iTRAQ 的體外標記技術避免了前期漫長的實驗處理，極大縮短了實驗周期。
2.Orbitrap (軌道阱) 系列最新的Q ExactiveTM HF-X，超高的解析度 (240000@m/z200)、掃描速度 (40Hz) 與靈敏度 (10倍提升)，極大加深了定量深度，提高了定性準確性，縮短了掃描時間，定量動態範圍廣。
3. 一次質譜由8個樣本提升為16個樣本，對於大樣本而言，減少了上機次數，降低了實驗誤差。可實現一次性 16 標樣品多通道標記，16個樣本以內，僅一次標記和分級。
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