RNA幹擾（RNAi），即用20多個核苷酸組成的短的雙鏈RNA（siRNA）代替傳統反義核酸進行轉錄後基因沉默，已經迅速而廣泛地應用到基因功能，基因表達調控機制研究等熱門領域，並為基因治療開闢了新的途徑。近兩年來，這方面的科學論文及報導爆炸性增長，幾乎每天都有新的結果湧現。這些論文中，出現了很多與RNA幹擾相關的概念，意思很相近但並不完全相同，這裡列舉了幾個常見的RNA幹擾相關的名詞及其簡單的解釋：
1、 miRNA：在遺傳學中，微RNA（microRNAs，miRNA）是長度在21-23個核苷酸之間的單鏈RNA片段，調節基因的表達。miRNA由基因編碼，從DNA轉錄而來，但不翻譯成蛋白。初級轉錄產物（primary transcripts，pri-miRNA）縮短其頸環結構得到功能性的miRNA。成熟的miRNA分子與一個或更多個mRNA分子部分互補，其主要功能是下調基因的表達。而microRNA這個概念第一次在2001年Science (26 October 2001)的文章中出現。
2、 dsRNA：雙鏈RNA（double-stranded RNA, dsRNA）是一種有互補鏈的RNA，與細胞中發現的DNA相似，dsRNA構成了一些病毒（雙鏈RNA病毒）的基因組。像病毒RNA或siRNA之類的雙鏈RNA能夠促發真核細胞中的RNA幹擾，引起脊椎動物中的幹擾素反應。
3、 shRNA：小發卡或短髮卡RNA（a small hairpin RNA or short hairpin RNA, shRNA）是一段具有緊密發卡環（tight hairpin turn）的RNA序列，常被用於RNA幹擾沉默靶基因的表達。利用載體把shRNA導入細胞，載體中的U6 啟動子確保shRNA總是表達；這種裝載了shRNA載體可被傳遞到子代細胞中去，從而使基因的沉默可被遺傳。shRNA的發卡結構可被細胞機制切割成siRNA，然後siRNA結合到RNA誘導沉默複合物上（RNA-induced silencing complex，RISC），該複合物能夠結合到目的mRNAs並將其降解。shRNA 是由RNA 聚合酶Ⅲ轉錄的，哺乳細胞中的shRNA產物有時會促使細胞產生幹擾素反應（細胞遇到病毒侵襲時做出的自我防衛反應），而miRNA中卻不會遇到這種問題（miRNA是由RNA聚合酶Ⅱ轉錄，與轉錄mRNA的聚合酶相同）。shRNA也被用於植物和其它系統中，在這些系統中不需要U6啟動子的驅動。在植物中，常用的增強表達的啟動子是CaMV35S（cauliflower mosaic virus 35S）,在這種情況下，RNA聚合酶Ⅱ參與了轉錄，起始RNA幹擾。
4、 siRNA：小或短幹擾RNA（small/short interfering RNA, siRNA）是一類20-25個核苷酸長度的雙鏈RNA分子，其主要在RNAi通路中起作用，幹擾特異基因的表達。此外siRNA在RNAi相關的通路中也起作用，如抗病毒機制，基因組染色體結構的塑造等。其結構是一段完全互補的RNA雙鏈，兩端各有兩個未互補的的鹼基。
最後做一下小結，miRNA，siRNA，dsRNA和shRNA都是RNA幹擾技術中用到的小分子RNA，其不同之處在miRNA 是單鏈RNA，其餘均為雙鏈RNA；siRNA和dsRNA相似；shRNA需通過載體導入細胞後，然後利用細胞內的酶切機製得到siRNA而最終發揮RNA幹擾作用。
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