急性B型肝炎一般不需要抗病毒治療，慢性B型肝炎如果病毒載量高或合併肝纖維化、肝硬化，就需進行抗病毒治療，目前常用的抗病毒藥物為幹擾素和核苷（酸）類似物（NAs）。
B肝抗病毒在核苷（酸）類似物未研發出來前，我們只有幹擾素作為B肝抗病毒藥物，目前我國批准的幹擾素治療藥物有聚乙二醇幹擾素-α（Peg-IFN-α）和幹擾素-α，而B肝抗病毒常用的幹擾素為Peg-IFN-α，它一般一周注射一次，根據治療效果，療程一般為半年或一年，它具有治療時間短，可在治療結束後停藥的優點，其不良反應有流感樣症候群、骨髓抑制、精神異常、自身免疫病等。
但幹擾素應用有禁忌症，絕對禁忌症為妊娠或短期內有妊娠計劃、精神病史（具有精神分裂症或嚴重抑鬱症等病史）、未能控制的癲癇、失代償期肝硬化、未控制的自身免疫病、嚴重感染、視網膜疾病、心力衰竭、慢性阻塞性肺病等基礎疾病；相對禁忌症為甲狀腺疾病，既往抑鬱症史，未控制的糖尿病、高血壓、心臟病。
核苷（酸）類似物（NAs）目前應用比較普遍，目前常用的有富馬酸替諾福韋酯、恩替卡韋、阿德福韋酯、替比夫定、拉米夫定。其中目前首選富馬酸替諾福韋酯、恩替卡韋抗病毒治療，它們能強效抑制病毒複製，且耐藥率低，其餘幾種藥物長期服用後，耐藥率較高，因此不作為首選，而對於妊娠或準備妊娠的女性首選富馬酸替諾福韋酯，其次可選擇替比夫定，其餘藥物均有導致胎兒畸形可能。服用此類藥物均需定期複查血常規、肝腎功、電解質，監測B肝病毒DNA定量（HBV DNA）及B肝表面抗原定量。而且服用核苷（酸）類似物（NAs），需長期規律服藥，雖然最新指南提出治療一年如果HBV DNA定量低於檢測下限、ALT正常和HBeAg血清學轉換，再鞏固治療至少3年（每半年複查1次）仍保持不變，可考慮停藥，但其認為延長療程可減少復發，因此目前仍建議長期服藥。