是否應該在大流行期間改變病毒命名規則？病毒學家們產生了分歧

2020-08-14 XShoppy

研究人員表示，現在科學家們正在全心全意抗擊新冠疫情，目前不是一個引入病毒命名系統的好時機。

病毒學家們正在爭論是否要在今年晚些時候建立一套標準化的病毒命名系統。一些研究人員說，目前的病毒命名方式雜亂無章，迫切需要這樣一個系統。但另一些人說，現在不是討論命名慣例的時候，因為病毒學家們正專注於抗擊新冠疫情。

在透射電子顯微鏡下看到的冠狀病毒的顆粒。來源：AMI Images/Science Photo Library

病毒學家目前命名「物種」（species）——最基本的分類等級——的方式有好幾種，通常是根據病毒的發現地、寄生動物或其引起的疾病來命名。許多人認為，缺乏命名規範讓經常需要鑑定新病毒的研究人員無所適從。當病毒的常用名與其種名相同時，也會造成混亂，如引起天花的天花病毒（Variola virus）。

國際病毒分類委員會（ICTV）是一個專門負責病毒類群命名的機構。該機構提出了[1]一個命名系統，將於10月進行表決。如果該系統被採納，或將改變已經命名的6500多種病毒的全部命名方式。

澳大利亞雪梨大學的病毒學家Edward Holmes說：&39;系統&34;不過，這項工作&39;緊急事務&34;，他說。

其他研究人員認為，現在是採取行動的最佳時機。加州大學舊金山分校的病毒學家Eric Delwart說，過去15年來，得益於基因組測序技術，被鑑定出來的病毒和物種數量呈現加速增長。&34;他說。

這方面的爭論是在研究人員討論另一個命名問題時出現的：如何對全世界正在測序的數萬個SARS-CoV-2（導致COVID-19的病毒）基因組進行分類？在演化上相近的同種病毒類群通常被歸為同一個譜系。追蹤它們非常重要，因為病毒可能會出現更具傳染性或更危險的突變。ICTV只針對物種命名制定了規則，但Holmes和其他獨立於ICTV的病毒學家提出了[2]一種命名SARS-CoV-2譜系的方法。

時間壓力

目前，對病毒名稱僅有的要求是斜體(第一個字大寫)、適當的清晰度、字數儘可能少——但有些名稱還是很長，如印度尼西亞番茄黃化曲葉病毒（Tomato yellow leaf curl Indonesia virus）。12月3日，ICTV執行委員會成員在《病毒學檔案》（Archives of Virology）上發表了一篇論文[1]，提出了新的名稱格式，其中物種名稱將限制在兩個字。

第一個字是屬（以-virus結尾），屬的定義是一組具有某些共同特徵的物種。第二個字有三種選擇：一是堅持使用拉丁化的術語，與命名生物體的類似規則一致，如智人（Homo sapiens）；二是限制為數字或字母，如Alphacoronavirus 1；三是使用任意字符集。也就是說，現有的名稱要麼將被濃縮為一個單一的、可能是拉丁化的單詞，要麼是一個數字或字母。

該論文是幾年來公開討論的結果，它邀請研究人員在6月30日之前提出反饋意見，然後在委員會10月舉行的下次會議上作出決定。之後，該決定將報由ICTV所有成員進行表決。

不過，有幾位病毒學家說，他們當時並沒有注意到這篇論文，而是完全投身於抗擊新冠病毒的工作中。&34;密西根大學的病毒學家、美國病毒學協會（ASV）的財務處長Katherine Spindler說。ASV是世界上最大的病毒學社區之一，在大約20個國家有3000多名成員。&34;Spindler說，她是在6月30日截止日期後才得知徵求意見一事。她和ASV執行委員會的其他成員於7月9日寫信給ICTV委員會，表示他們的成員沒有足夠的時間來考慮這個問題。

澳大拉西亞病毒學協會（AVS）代表澳大利亞和紐西蘭的約700名成員，於7月4日向ICTV發出了一封信。&34;信中說。

針對人們對時機的擔憂，ICTV主席、英國格拉斯哥大學病毒學家Andrew Davison表示，該提案的一個版本已經在ICTV議程上待了有近兩年的時間，但他希望委員會在會議上考慮所有相關的因素。&34;他說。

學習拉丁語

ASV和AVS在信中還表示，他們反對強制使用拉丁語名稱的想法，因為這將要求病毒學家學習拉丁語語法，而且落實起來很麻煩。這兩個團體都傾向於使用任何單詞作為物種名稱，不過AVS的首選是維持現狀，信中說。&34;AVS主席、墨爾本伯內特研究所的病毒學家Gilda Tachedjian說。

命名一個物種時，病毒學家其實只要知道適當的拉丁語後綴就行了，馬裡蘭州綜合研究設施（Integrated Research Facility）的病毒學家、ICTV執行委員會成員Jens Kuhn說。不僅如此，拉丁語術語也將是通用的，在以英語以外的語言發表的論文中不需要翻譯。

SARS-CoV-2多樣性

在給眾多的SARS-CoV-2譜系命名時，保持一致是非常必要的——病毒學家們對此沒有什麼異議。目前，這些譜系正在被貼上各種各樣的臨時標籤。&34;Holmes說。

沒有官方機構專門決定如何命名病毒譜系。&34;Holmes說。

他和他的同事們提出了一種動態的方法，優先命名已經引發流行病的譜系。這些譜系將根據它們最近被分離出來的時間，被貼上活躍、未被觀察到或不活躍的標籤；這些標籤將根據這些譜系是否仍在傳播而定期重新評估。7月15日的《自然-微生物學》描述了這個方法[2]，似乎已經得到了病毒學家的支持。該團隊還開發了在線工具，幫助用戶識別其序列屬於哪個譜系。

這樣的系統更便於在一開始監測具有獨特致病特性的病毒譜系，阿拉巴馬大學病毒學家、ICTV執行委員會成員Elliot Lefkowitz說。

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