鞍帶石斑魚基因組精細圖譜成功繪製

2020-11-26 北青網

日前，在山東省農業良種工程等項目支持下，黃海水產研究所陳松林研究員團隊、中山大學林浩然院士團隊和美國密西根州立大學李偉明教授團隊等，聯合完成了鞍帶石斑魚（龍膽石斑）的全基因組測序和基因組圖譜繪製，並解析了其先天性免疫和快速生長的基因組學機制。研究成果在國際重要學術刊物《分子生態資源》（Molecular Ecology Resources）上在線發表。

石斑魚是我國重要的海水養殖經濟魚類。鞍帶石斑魚，俗名龍膽石斑、龍躉，是石斑魚類中體型最大、生長最快的一種石斑魚，具有抗病力強、生長快速、味道鮮美等特點，因而廣泛應用於石斑魚雜交育種和良種選育。作為體型最大的肉食性巖礁魚類，鞍帶石斑魚對於巖礁生態系統亦具有重要影響。

研究人員採用二代測序和HiC三維基因組技術，構建了染色體水平的鞍帶石斑魚基因組圖譜，結果顯示鞍帶石斑魚基因組大小為1.086Gb，含有24718個蛋白編碼基因。進化分析和共線性分析顯示，鞍帶石斑魚與三棘刺魚關係最近，分化時間距今約1億年，兩者的部分染色體發生了融合或分裂；與其他魚類基因組的比較基因組學分析發現，鞍帶石斑魚具有較完善的先天免疫系統，其中一些參與先天性免疫的基因家族（如NOD-like家族）發生了顯著擴張，並發生了顯著的DNA序列變化（正選擇）；同時，一些激素信號傳導通路的關鍵基因亦受到正選擇，可能與其生長快速的生物學特徵有關。

據介紹，鞍帶石斑魚基因組精細圖譜的完成，為解析石斑魚科魚類生長、抗病等重要經濟性狀的分子機制奠定了重要基礎；同時，鞍帶石斑魚全基因組數據也為石斑魚雜交育種及良種選育技術的發展提供了有價值的基因資源，對於推動石斑魚產業的可持續發展具有重要意義。

責任編輯：李墨涵(EN043)

相關焦點

  • 繪製鞍帶石斑魚基因組精細圖譜
    中國水科院黃海水產所等
  • 鞍帶石斑魚基因組精細圖譜成功繪製—新聞—科學網
    > 日前，在山東省農業良種工程等項目支持下，黃海水產研究所陳松林研究員團隊、中山大學林浩然院士團隊和美國密西根州立大學李偉明教授團隊等，聯合完成了鞍帶石斑魚（龍膽石斑）的全基因組測序和基因組圖譜繪製，並解析了其先天性免疫和快速生長的基因組學機制。
  • 鞍帶石斑魚基因組精細圖譜繪製完成
    日前，在山東省農業良種工程等項目支持下，海洋試點國家實驗室海洋漁業科學與食物產出過程功能實驗室（以下簡稱「海洋漁業功能實驗室」）陳松林研究員團隊、林浩然院士團隊和美國密西根州立大學李偉明教授團隊等，聯合完成了鞍帶石斑魚（龍膽石斑）的全基因組測序和基因組圖譜繪製，並解析了其先天性免疫和快速生長的基因組學機制。
  • 黃海水產所等單位完成鞍帶石斑魚基因圖譜繪製
    日前在山東省農業良種工程等項目支持下，黃海水產研究所陳松林研究員團隊、中山大學林浩然院士團隊和美國密西根州立大學李偉明教授團隊等，聯合完成了鞍帶石斑魚（龍膽石斑）的全基因組測序和基因組圖譜繪製，並解析了其先天性免疫和快速生長的基因組學機制。
  • 剛解鎖石斑魚基因精細圖譜,島城科學家又破譯大毛蛤「基因天書」
    半島記者 韓小偉7月20日半島記者獲悉，黃海水產研究所完成國際首個蚶科基因組參考圖譜。在不久之前，黃海水產研究所等單位聯合完成鞍帶石斑魚基因組精細圖譜繪製。據悉，近年來青島在水產養殖領域的基因研究走在了全國前列，除了鞍帶石斑魚，先後完成了牡蠣、半滑舌鰨、褐牙鮃、扇貝、花鱸五大養殖海鮮的基因圖譜繪製。
  • 學術進展 | 我院林浩然院士團隊完成鞍帶石斑魚全基因解析
    我院林浩然院士團隊聯合黃海水產研究所、華大基因研究院合作完成了鞍帶石斑魚（龍膽石斑）的全基因組測序和基因組圖譜繪製，並解析了其生長和免疫的遺傳機制
  • 中國啟動十萬人基因組計劃:繪製國人精細基因組圖譜
    中國啟動十萬人基因組計劃：繪製國人精細基因組圖譜 今天(12月28日)，我國啟動「中國十萬人基因組計劃」，這是我國在人類基因組研究領域實施的首個重大國家計劃，也是目前世界最大規模的人類基因組計劃。
  • 中國熱帶農業科學院成功繪製香蕉B基因組精細圖譜
    新華社海口7月16日電（記者劉詩豪 陳凱姿）記者16日獲悉，中國熱帶農業科學院聯合11家單位，繪製了雙單倍體香蕉野生種Pisang Klutuk Wulung（BB基因組）的精細基因組圖譜，揭示了香蕉A、B基因組的分化，二倍化進程中A、B基因組的特點、多倍體香蕉A、B亞基因組之間同源交換與重組規律等重要科學問題
  • 我國率先繪出石斑魚全基因組序列圖譜
    本報訊 中山大學和深圳華大基因研究院日前聯合宣布，石斑魚基因組序列圖譜繪製完成。從基因組水平進行研究，成為全面解讀石斑魚的重要突破口。」2010年5月，中山大學和深圳華大基因研究院合作開展石斑魚全基因組測序項目，選取斜帶石斑魚（Epinephelus coioides）進行全基因組的模擬測序，以期獲得其全基因組圖譜。 據介紹，石斑魚基因組測序採用的是全基因組鳥槍法測序（WGS）策略，使用Illumina基因組分析儀（Hiseq 2000）測序技術。
  • 鯉魚全基因組序列精細圖譜繪製完成
    原標題：鯉魚全基因組序列精細圖譜繪製完成 　　本報記者 馬愛平 　　日前，鯉魚全基因組序列精細圖譜已繪製完成，該基因組覆蓋約為16.9億鹼基，包含52610個功能基因，功能基因數目是大多數硬骨魚類基因數目的兩倍。
  • 海參全基因組精細參考圖譜由中科院海洋所完成繪製
    該研究首次完成了仿刺參Apostichopus japonicus（俗稱海參）的全基因組精細參考圖譜的繪製，揭示了海參的特殊形態進化與強大再生潛能的分子基礎。（海參進化地位）海參屬於棘皮動物，是其中體型與形態最為特殊的種類，且處於從無脊椎向脊椎動物分化的獨特進化地位，也是國內外重要的海產經濟物種，具有極高的營養與醫用價值。
  • 我國科學家繪製出世界首個石斑魚類基因組序列圖譜
    3月18日，中山大學和深圳華大基因研究院召開新聞發布會，宣布石斑魚基因組序列圖譜繪製完成。這是中國完成的第三個魚類基因組測序項目和全基因組序列圖譜，也是世界上首個鱸形目鮨科石斑魚類基因組序列圖譜。圖譜的建立，對建立魚類性別控制的生物技術途徑和揭示整個脊椎動物性別決定機制的形成及進化途徑具有重要的理論價值。
  • Epinephelus lanceolatus鞍帶石斑魚
    經濟指數：☆☆☆☆☆Epinephelus lanceolatus鞍帶石斑魚棲息深度：0 - 30公尺
  • 陳松林研究員主導繪製褐牙鮃全基因組精細圖譜,揭示比目魚變態發育...
    陳松林研究員主導繪製褐牙鮃全基因組精細圖譜，揭示比目魚變態發育的分子機制2016-12-09 11:04:2016年12月6日，著名雜誌《Nature&nbspGenetics》（影響因子31.616）在線發表了由《水產學報》副主編、《漁業學報》（英文）（即《Aquaculture&nbspand&nbspFisheries》）副主編、中國水產科學研究院黃海水產研究所陳松林研究員帶領的研究團隊與上海海洋大學、德國維爾茨堡大學、葡萄牙阿爾加夫大學、深圳華大基因研究院等單位的科研人員的合作研究成果
  • ...高原升溫、遠望3號船、全基因組精細圖譜、量子糾纏純化、RNA-DNA
    ——新華社「新華視點」微博　　2　　青藏高原升溫2°C徑流變化及影響獲揭示　　1月13日，第二次青藏高原綜合科學考察研究隊發布消息稱，中科院青藏高原所研究員汪濤及合作者利用觀測數據約束了地球系統模式對降水和徑流的未來預估， 繪製了包括印度河、恆河、雅魯藏布江、怒江、湄公河、
  • 華大海洋聯合發表匙吻鱘基因組染色體圖譜
    然而，鱘魚染色體數目達普通魚類的5倍之多（2n=120），而特有的微染色體結構更是讓解析鱘魚基因組的工作障礙重重。 此次，研究小組採用二代與三代基因組測序相結合的方法，輔以Hi-C染色體構象捕獲技術，首次成功破譯了匙吻鱘全基因組序列，繪製了完整的單套60條染色體的精細圖譜，明確了匙吻鱘基因組是由26條大染色體和34條微染色體組成（圖2），與染色體核型、原位雜交、流式細胞術等檢測結果高度吻合。
  • 中國啟動世界最大規模人類基因組計劃,將繪製國人精細基因組圖譜
    28日，我國啟動「中國十萬人基因組計劃」是我國在人類基因組研究領域實施的首個重大國家計劃，也是目前世界最大規模的人類基因組計劃。基因是DNA上有遺傳效應的片斷，人類的生、老、病、死等都與基因有關。而基因組和基因是整體與部分的關係，人類基因約有25000個，基因組研究的目的就是要把人體內這25000個基因的密碼解開，從而破譯人類的遺傳信息。此次基因組計劃，就是要繪製我們民族的基因圖譜。相關公司方面，據選股寶主題庫（xuangubao.cn）基因測序板塊顯示，艾德生物 主營腫瘤精準醫療分子診斷產品的研發、生產及銷售，並提供相關的檢測服務。
  • 我國科學家繪製出毛白楊基因組序列框架圖
    北京林業大學的科學家們選用百年古樹作為測序的樣本，利用最新的全基因組鳥槍法測序和拼接策略，繪製完成了毛白楊的基因組序列圖譜，標誌著毛白楊分子育種進入基因組時代。 在「985」平臺建設資金支持下，北林大林木育種國家工程實驗室的專家們用短短的6個月完成了這一開創性的研究。
  • 水生所完成模式硅藻的蛋白質組精細圖譜
    在這些工作的基礎上，葛峰學科組對三角褐指藻的基因組進行了深度解析並構建了蛋白質組精細圖譜。通過以上工作的完成，實現了三角褐指藻基因組的深度注釋，並構建了蛋白質組精細圖譜。　　在以上工作的基礎上，該研究還建立了完整的構建真核模式生物的蛋白質組精細圖譜的實驗技術和分析流程，可適用於各種已經測序的真核生物，成為解讀真核生物基因組及其功能分析的重要工具。
  • 【科技日報】小麥A基因組序列精細圖譜完成
    ，最新完成了小麥A基因組序列精細圖譜。　　農業生產中廣泛種植的普通小麥，是一個經兩次自然雜交而形成的異源六倍體，含有A、B和D三個基因組，其基因組大而複雜，是水稻基因組的40倍，85%以上基因組DNA為重複序列，給基因組組裝研究設置了不少障礙。據了解，烏拉爾圖小麥是形成多倍體栽培小麥的核心基因組，解析烏拉爾圖小麥基因組，是闡明多倍體小麥基因組結構、功能和進化的關鍵基礎。