Nature 物理:規模法則制約腫瘤生長

2020-12-06 澎湃新聞

原創 郭瑞東 集智俱樂部 來自專輯複雜科學前沿2020

導語

癌症的生長,和城市的擴張以及公司的發展,看似無關,卻都遵循著規模法則。8月11日的 Nature Physics 論文「人類腫瘤的爆炸式增長遵循規模法則」,擴展了規模法則的適用範圍,本文解讀該文的同時,會討論與奇點降臨相關的話題。

論文題目:

Universal scaling laws rule explosive growth in human cancers

論文地址:

https://www.nature.com/articles/s41567-020-0978-6

1. 克萊伯法則:

為何不會出現哥斯拉?

聖塔菲研究所前所長Geoffrey West在科普書《規模》中,揭示了規模法則(scaling law),這一在人類社會及自然界中,但凡是由大量相互作用的個體組成的複雜系統,都普遍適用的一般性規律。

規模法則關心複雜系統的特性如何隨著系統大小變化而變化。將系統的大小作為橫軸,某種代表系統功能的特徵作為縱軸,通過觀察不同的系統,可形成一幅散點圖。在對縱軸進行對數變化之後,可以將複雜系統,按照其生長速度,分為亞線性,線性和超線性三類。

圖1:克萊伯法則示意圖中,橫軸為動物體重,縱軸為新陳代謝率,不同位點代表一種動物,所有的動物,其新陳代謝率和體重之間存在以3/4為底數的指數關係

系統的規模大小和系統特性在雙對數坐標下,可以擬合出一條直線。如果這條線的斜率小於1,那麼則稱該系統特性隨著系統規模亞線性增長;如等於1,則為線性增長;如大於1,則為超線性增長。

因為散點圖在雙對數坐標下呈現出一條直線,所以變量之間可以擬合成冪函數關係。直線的斜率,也就是冪函數的指數。不同的指數,對應著亞線性、線性、超線性這三種增長方式。

如果一個系統屬於亞線性增長,那麼隨著系統變大,其生長速度會變慢,正因克萊伯法則(冪律法則的一種特例)的存在,哥斯拉這樣巨大的怪物會不可能出現。而若是超線性增長,例如大城市群會變得越來越大,則會恰恰相反,在一定尺度上展現出無上限地增長。

2. 腫瘤組織呈現超線性增長

不同於克萊伯法則描述的亞線性增長,該研究得出的第一個結論是:癌症組織並不遵循3/4法則,而是呈現超線性增長,腫瘤的體積增加一倍,其新陳代謝速度的增加要超過一倍。這於當前癌症主流研究中假設的線性指數增長不同,這意味著當前的癌症研究者低估了惡性腫瘤組織的生長速度。

圖2:分別為乳腺癌、頭頸部癌症、黑色素膠質瘤、非小細胞肺癌、胰腺癌切面活動量之和(縱軸:total lesion activity )與代謝腫瘤體積(橫軸:metabolic tumour volume)的關係(點擊查看大圖)

注:上圖中,對未經過藥物治療的人體腫瘤組織進行在體PET-CT逐層掃描,由於PET-ct採用同位素標記的18f- 氟脫氧葡萄糖(18F-PDG)示蹤成像,能夠通過葡萄糖的消耗直接反應掃描截面的代謝水平,從而估算腫瘤組織的總代謝程度。圖中每個點代表該類腫瘤的一個樣本。人體上的點標註了每類腫瘤出現在人體中的位置。

圖2中的beta為擬合的冪律指數,不論哪種腫瘤,其冪律指數都大於1。而將所有種類的腫瘤樣本合在一起統計,可以看到其冪律指數為1.309,這說明癌症的生長,屬於超線性增長。同屬於超線性增長的,還有都市的基礎設施,社會經濟網絡及原始生命的發展等。

然而,並不是所有的腫瘤組織都呈現超線性增長,文中觀察了常見的良性腫瘤「肺錯構瘤(lung hamartomas)」隨時間增長中,不同時間點的腫瘤體積,發現其冪律指數不同於惡性腫瘤,小於1,即該類腫瘤不會呈現出無限增長的特徵。

3. 為何腫瘤能突破克萊伯法則?

身體內細胞的能源,都來自血液的運輸,當體內的任何一種組織變大,由於三維空間內的增長,快於其血管在二維能夠覆蓋的體積,因此總體來看,能量運輸的效率會降低,從而降低了整個組織的生長效率,最終使生物體出現亞線性增長。

而腫瘤組織要想維持超線性增長,需要保證能夠獲取足夠的能量。為此,需要血管的生長也需要加速增長。如此的超線性增長,結果就會是「奇點」,而身體能夠提供的能量終究是有限的,無限增長的癌變組織,終究會耗盡身體的能量。

圖3:癌症模擬與實際生長的時序展開

侵潤性實體組織瘤常無定型,即呈現不規則的形狀,而且沒有特定的規律。而這正是腫瘤得以突破克萊伯法則的原因。圖3中,基於計算機模擬的腫瘤組織,呈現球形生長(藍線),其體積和總切面代謝量之間的冪律指數為0.8,接近克萊伯法則中的0.75,而真實的腫瘤組織的生長(紅線)為真實的腫瘤組織,其冪律指數為1.14,為超線性增長。

腫瘤異質性是惡性腫瘤地重要特徵之一,是指腫瘤細胞由於基因組穩定性被破壞,其在生長過程中各個子代細胞產生大量的基因突變或染色體異常,進而腫瘤細胞間的基因型和細胞特性出現了巨大的差異,這是惡性腫瘤可以通過外部壓力和內部競爭快速進化的遺傳學基礎。

圖3a展示了腫瘤組織的演化動力學模式。在腫瘤組織由小增大的過程中,由於異質性的存在,其中的細胞會隨機出現生長或增殖更快的遺傳變異(圖3中陰影細胞),這個變異細胞的子代增長顯著快於其它細胞,從而出現快速增大的亞團塊。

快速增長的亞團塊中,又因為某個細胞的隨機變異產生了生長或增殖速率更快的棕色細胞。最終總是增殖更快的細胞團及其子代在內部競爭中被篩選出來,從而拉高了整個腫瘤組織的增長速率。

圖3c將同一塊腫瘤組織中的細胞按照生長速度快慢,區分出了4個亞系。當腫瘤組織中的某一系癌細胞由於能量限制變為亞線性增長後,腫瘤中會產生出的不依賴於原有能量途徑的新亞系,從而繼續維持超線性增長。因此,只要腫瘤組織中仍然有一類仍然處在超線性增長的亞型,其整體就能夠保持超線性增長。

正因為腫瘤組織內部其實包含異質化的亞型,因此癌症才如此難以被根治。而變異位置的隨機出現,使得腫瘤組織的生長毫無規律,從而體現了腫瘤組織呈現的三維形狀不規則。

4. 冪律指數:

預測癌症患者生存率

患上同一種癌症的患者,為何有的能夠堅持活很久,有的卻不行。醫學上對此的統計被稱為Kaplan–Meier生存率曲線,描述了該類癌症患者在一定時間內生存率隨時間變化的情況。

圖4:黑色素膠質癌、頭頸部癌、三期及四期肺小細胞癌與乳腺癌不同冪律指數的五年生存率

圖4中每幅圖中橫軸是確診癌症之後的月份,縱軸是患者的生存率。根據對腫瘤組織生長過程的冪律指數,將大於5/4(>1.25)的規定為藍線,小於的定為紅線。可以看出,通過冪律指數,能夠構建分類模型,對癌症患者按生存概率進行分類。

圖4中的C-index是衡量癌症分類模型效果的常用指標,值越高,說明該模型的分類越準確。而根據前文提到的,不同類型腫瘤所展現出的不同「冪律指數」,例如肺小細胞癌和黑色素膠質癌分別為1.259和1.211。圖4指出,冪律指數能夠作為一個通用指標,用在多種不同類型的癌症病患的療效預測上。

為什麼會有的癌症預測模型區分度更大了?聯繫前文提到的,這兩種癌症對於的腫瘤組織的冪律指數分別為1.249和1.211,接近1.25的分類閾值,由此可以解釋為何相對來說,這兩種癌症的分類效果較差。而分類較好的頭頸部癌和乳腺癌分別為1.188和1.182,因此分類更準。

5. 為何我們還沒有患上癌症?

就在此刻,我們的身體中就存在著癌細胞,但它們都及時被免疫系統殺死了。只有當腫瘤組織變得足夠大之後,那些被免疫系統殺掉的癌細胞才會相比腫瘤組織來說,變得九牛一毛而無關痛癢,從而使得癌症變得不可避免。

當前的主流腫瘤模型,假設腫瘤的生長是線性增長的,即指數為1。而本研究指出大部分腫瘤都是超線性生長的,因此當前模型可能低估了癌症的生長速度。

那些真正使人患上癌症的腫瘤組織,在變得能夠通過影像手段被發現之前,其生長仍然呈現超線性增長。腫瘤組織生長初期的進化動力學,值得進一步的研究。通過生態學的模型,搞清楚是什麼樣的環境因素,讓腫瘤組織的群體行為出現轉變,進而及早診斷,並通過阻止促成轉變的環境因素,找到癌症的潛在治療方法。

在藥物作用下,腫瘤組織不同局部的生長速率不同,如果能夠總是在超線性增長的部分出現前,就將其扼殺於萌芽狀態,就可能抑制腫瘤組織整體的生長。因此,異質性的腫瘤組織之間,以及腫瘤組織與藥物的如何互作,這是近年來的一個研究熱點。

6. 克萊伯法則在生物界的局限

2020年7月的 PNAS 中,關於生物體的規模法則,有一篇最新研究成果,通過將真核生物統一研究,而不是像之前那樣,只關注哺乳動物、鳥類這樣的高等生物,發現克萊伯法則其實並不是那麼通用。

圖5:不同類型的真核生物的體型大小(橫軸)和基礎新陳代謝(縱軸)

圖5中每一點代表一個物種,紅色的代表哺乳動物,綠色的為植物,藍色為變溫動物,黃色為原生生物,例如水藻這樣最低等的真核生物,由於其為單細胞生物,因此其大小為其群落大小,而不是如前三類,是對應個體的大小。而灰色代表不符合真核生物的細菌。

圖6:不同類似的生物的個體代謝、群體生物量、生長速度、生命長度與其大小的冪律指數(轉化後,圖中的0代表冪律指數為1)

圖6的左下角顯示這四類分別對應的冪律指數,其中黑色是考慮所有真核生物後的冪律指數。可以看到,哺乳動物、植物的冪律指數都很接近3/4,而這正是克萊伯法則,而對於最低級的原生生物,其冪律至少則相對最大。

對於細菌來說,其新陳代謝和種群大小的冪律指數,從上圖6c中可看出,其生長速率、個體代謝率及群體生物量都呈現超線性增長。而這和癌細胞的生長呈現相同的規律。考慮到癌細胞可以被看成是一種「返祖」現象,這兩者在規模法則上呈現的相似之處,筆者猜想,這不僅僅是一個偶然現象。

近年來,關於菌群的研究,發現與人體伴生的細菌,對我們的健康發揮著重要的作用。除了諸如直接導致胃癌的幽門螺桿菌,還能夠預測諸如結直腸癌、肝細胞癌胰腺癌等癌症的患病風險[2],甚至在癌細胞中,也發現了細菌的存在[3]。

由於不論是癌細胞還是細菌,其生長都是遵照規模法則的,正是這一相似性,促使筆者猜想,結合菌群具有的免疫和內分泌調節機體功能,通過改變菌群組成,活菌藥物能夠持續性地發揮影響,因為其生長同樣呈現規模法則。

7. 人類是地球的癌細胞嗎?

圖7:城市生長的不同階段對應的增長越來越開,且代表GDP的虛線的增速快於代表人口的實線的增速

腫瘤組織的增長過程中,一波波的變異促使的超線性增長,和大城市的超線性增長背後的成因,有著相似的本質。,每一次技術革命都對應著更快的變化速度,使得城市的生活節奏變得越來越快。

腫瘤組織為了維持超線性的生長,需要能量的供應也相應增長。而支持城市超線性增長的,則是大城市中的居民,能夠和更多樣化的人群交流,進而通過創新,提高財富創造的效率,進而促成了城市各方面的超線性增長。

正如能夠通過飢餓療法治療某些特定類型的癌症[4],當我們切斷了能量供給,超線性增長便不可維持,當新冠疫情減少了人與人,尤其是陌生人之間的交流後,我們觀察到經濟增長變慢。在疫情常態化的當下,要想維持持續的經濟增長,就需要通過虛擬空間的交流,促進創新。

疫情、蝗災、極端天氣……2020年的奇幻讓越來越多的人懷疑,我們究竟是不是地球的癌細胞。,究竟對我們意味著永生還是毀滅。對於該問題,從複雜系統的視角來看,取決於我們的經濟系統是開放還是封閉系統。

如果是封閉系統,那麼隨著熵增,我們生活的環境會變得越來越無序。對於癌細胞,其只是不斷地從身體獲得能量,因此可以將其視為封閉系統。封閉系統下的生長,就會出現如同惡性腫瘤呈現的不規則形狀,抑或是城市如同撲大餅那樣地任意生長。

然而在開放系統中,與外界的信息和能量交換,會促成系統內部產生秩序,從而在局部出現熵的降低。就像正常的組織在生長到一定階段後,就會減速。開放系統下的城市,不會無限度地變得更大更快,而是在其內部產生出越來越精細的結構和規律。

然而當下我們在創造財富的同時,由於我們對財富的定義,沒有包含財富創造過程中產生的副產品,這使得我們的經濟體系,越來越像一個封閉系統。這才是為何會出現2020年諸多亂象的根本原因。

而要想改變這一切,需要我們從根本上,改變對何為財富的定義,我們需要將自然界免費提供的服務,看成是一種需要計價的服務,需要將我們排出的廢物,按照其消解的秩序記為成本。

當我們不斷地增加對自然的操控,我們需要不斷擴展對財富的定義範圍,讓加速產生的增量,被置於開放系統的視角之下,唯有如此才能讓我們的經濟循環變得趨向開放系統。

參考文獻:

[1]https://www.pnas.org/content/116/43/21616#T1

[2]https://zhuanlan.zhihu.com/p/89639095

[3]https://science.sciencemag.org/content/368/6494/973

[4]https://www.jbc.org/content/early/2019/04/30/jbc.RA119.008180

作者:郭瑞東

審校:小木球、劉培源

編輯:曾祥軒

原標題:《Nature 物理:規模法則制約腫瘤生長》

閱讀原文

相關焦點

  • Nature:活性氧ROS實際上可能抑制腫瘤生長
    廣泛地被認為是促進癌症發生的自由基可能實際上使得腫瘤生長減速Scudellari, The Scientist, "Radical Reversal", July 6, 2011】人們長期認為不穩定的分子活性氧(reactive oxygen species, ROS)通過造成DNA損傷和激活癌基因(oncogene)的方式促進癌症產生,但是根據2011年7月6日在線發表在Nature雜誌上的一篇論文上提供的新數據[1]表明ROS實際上可能抑制腫瘤生長
  • 規模:在這個複雜世界裡,怎樣找到簡單統一的法則?
    生命體、城市、公司,乃至一切複雜萬物,是否都存在相通的內在生長邏輯?制約生命與死亡、城市化的擴張及公司壽命的決定因素究竟是什麼?人類能否通過融匯生物學、物理學、社會學、經濟學等跨學科知識,找到揭開複雜萬物生長背後的簡單法則?
  • 科學家揭秘腫瘤生長背後的物理特性!
    ,研究人員並不只專注於細胞生長的生物學機制,而是利用熱力學和腫瘤擴張的物理空間來預測其從單個細胞金華威複雜癌變腫塊的過程。研究者Ehsan Samei表示,當科學家們提到癌症時首先想到的是生物學特性,這時候往往會忽略掉癌細胞生長模式的物理特性,以及腫瘤如何與其周圍組織相互作用,並為其細胞提供養分,而這是迄今為止並沒有被很好研究的一個方面。研究人員所提出的理論使用了自然系統生長以及重組自身以獲得最大流動系統的基本概念,其不僅能夠解釋這種生長發生的機制,還解釋了其為何必須發生。
  • Nature:重磅!癌症微環境自噬促進腫瘤生長
    2017年1月29日/生物谷BIOON/---在一項新的研究中,來自挪威、匈牙利和美國的研究人員發現癌細胞通過竊取周圍細胞的能量進行生長。不同類型的癌症以不同的方式產生,但是它們都是開始於不受控制的細胞分裂。為了產生新的細胞,現存的細胞必需複製它的遺傳物質(DNA),然後發生分裂。
  • Nature:細胞PTEN基因缺失會促進腫瘤生長
    專題:Nature報導以往曾認為在乳腺腫瘤中的兩類細胞——快速增長的惡性細胞和它們周圍的正常細胞——獨立存在,互不幹擾。最近的研究證據表明,表面正常的細胞能促進腫瘤內細胞惡變,但這兩類細胞間如何相互影響有待解答。一項由美國俄亥俄州立大學癌症研究人員主持的研究有助於解開這個謎團。
  • GasderminE通過激活抗腫瘤免疫抑制腫瘤生長
    GasderminE通過激活抗腫瘤免疫抑制腫瘤生長 作者:小柯機器人 發布時間:2020/3/16 14:37:08 美國波士頓兒童醫院Judy Lieberman和Zhibin Zhang研究組合作取得一項新突破。
  • Nature提出腫瘤異質性和耐藥性的罪魁禍首
    近日,由Ludwig癌症研究所的Paul Mischel和加州聖地牙哥醫學院的Vineet Bafna共同領導的跨學科的一項新研究發現,在所分析的40%的腫瘤細胞系中,非染色體DNA(ecDNA)表達驅動腫瘤生長和存活相關的致癌基因的多個拷貝,並且可能有助於腫瘤的異質性和進化。文章已發表在Nature雜誌上。
  • Nature:剝奪絲氨酸大大降低腫瘤細胞生長能力
    剝奪腫瘤細胞的關鍵胺基酸能大大減少他們的生長和繁殖能力,據英國癌症研究中心的研究證實,相關論文發表在國際頂尖雜誌Nature上。細胞通常能夠自身生成絲氨酸,但研究團隊發現,當細胞缺乏p53蛋白後,腫瘤細胞增長速度卻慢得多。p53蛋白最初是由英國癌症研究中心科學家發現的,通常被稱為「基因組衛士」,因為它能停止受損細胞的生長,激活DNA修復或觸發細胞死亡。研究結果表明,針對癌細胞生長所需的能源,阻斷腫瘤生長的方式可以發展新的方法來治療癌症。
  • 降低飲食中絲氨酸的含量可阻礙腫瘤生長
    降低飲食中絲氨酸的含量可阻礙腫瘤生長 作者:小柯機器人 發布時間:2020/8/13 21:56:39 美國加州大學聖地牙哥分校Christian M. Metallo研究團隊發現,絲氨酸缺乏通過改變鞘脂多樣性限制腫瘤生長。
  • CRISPR篩選鑑定出腫瘤3D生長特有弱點
    CRISPR篩選鑑定出腫瘤3D生長特有弱點 作者:小柯機器人 發布時間:2020/3/22 20:49:08 近日,美國史丹福大學醫學院Michael C.
  • Nature 中文摘要|14 April 2016
    諸如Foldit,EteRNA和EyeWire這樣的公眾科學遊戲已經在蛋白質研究、RNA摺疊和神經元映射等領域獲得了成功,但迄今為止在量子物理領域還沒有相關的應用。本文我們報導了一個將量子物理中的最優化問題遊戲化的在線平臺Quantum Moves,平臺中的人類玩家將有可能為量子計算的相關難題找到答案。
  • 研究揭示腫瘤生長過程中新抗原進化的動力學
    研究揭示腫瘤生長過程中新抗原進化的動力學 作者:小柯機器人 發布時間:2020/9/15 21:51:10 英國倫敦大學瑪麗皇后學院Trevor A.
  • 【三軍大Nature子刊】腫瘤微環境中腫瘤相關巨噬細胞與腫瘤幹細胞...
    全文連結:https://www.nature.com/articles/ncomms15080。文中使用的部分RNA幹擾慢病毒由和元上海提供。為進一步檢驗PTN對GSC始動的腫瘤生長的作用,作者構建巨噬細胞與GSC共轉染移植瘤模型(圖2d),發現幹擾PTN表達能顯著抑制巨噬細胞對GSC腫瘤生長的促進效應(圖2e-g)。
  • Nature:靶向SET蛋白讓p53重新激活可阻止癌症生長
    抗癌分子p53在阻止腫瘤起始和發展中發揮著關鍵性作用。在對致癌脅迫(oncogenic stress)作出反應時,p53通過激活細胞周期停滯和細胞凋亡等幾種防禦機制來阻止腫瘤起始。大多數癌症僅當p53基因發生突變或者p53蛋白在某種程度上失活時才能夠存活。在僅僅是p53沒有活性的情形下,重新激活這種蛋白來阻止癌症生長是可能的。
  • Nature:減少絲氨酸攝入可抑制腫瘤細胞的生長
    該研究探討了限制絲氨酸以抑制腫瘤生長的機制,發現該過程與脫氧鞘脂有關。DOI:10.1038/s41586-020-2609-x研究人員抑制線粒體丙酮酸載體(MPC)後用[2,3-13C2]丙氨酸追蹤丙氨酸代謝,發現丙氨酸水平降低是抑制MPC、增強錨定非依賴性生長的潛在機制。
  • Nature:發現延胡索酸積累與腎癌生長相關聯
    2016年9月3日/生物谷BIOON/--在一項新的研究中,來自英國劍橋大學醫學研究委員會(MRC)等機構的研究人員證實當代謝物延胡索酸在一種遺傳性腎癌中積累時,它導致一種促進癌症生長的表觀遺傳重編程。
  • Nature Genetics:二號腫瘤抑制基因PTEN的突變與乳腺癌的發生機制
    首頁 » Nature Genetics:二號腫瘤抑制基因PTEN的突變與乳腺癌的發生機制 Nature Genetics:二號腫瘤抑制基因PTEN的突變與乳腺癌的發生機制
  • Nature:腫瘤基因的定序計劃
    英國 Wellcome Trust Sanger Institute的科學家,在最新出刊的自然 (Nature)雜誌上,刊載最新的一項研究報告結果顯示,該研究團隊的科學家,正進行一項大規模的基因解碼計劃,目標鎖定在 200個特定的腫瘤,範圍包括 500個特定的目標基因,超過二十五億個基因序列的規模。
  • 從化學和物理法則來說說進化
    進化受到兩種壓力驅使,產生某種必然的重現結構:   1.幾何和物理法則施加負面約束,限制生命機會的範圍。   2.相關聯的基因和新陳代謝路徑所構成的自組織複合體施加的正面約束,產生幾種重複出現的新機會。
  • 首次證實:染色體外DNA促進了多種侵襲性腫瘤的生長,有望成為癌症...
    近日,聖地牙哥加州大學(UC)的研究人員首次證實,染色體外DNA促進了多種侵襲性腫瘤的生長,有望成為癌症治療的新靶點。人類細胞有23對染色體,但在癌症中,基因可以在染色體或環狀染色體外DNA (ecDNA)中擴增,其頻率和功能意義尚不清楚。