楊增新初掌新疆，開始迅速清除政敵及哥老會南疆的「戕官」暴動。
但是在哈密和吐魯番又發生了反對王府的武裝起義，很快形成燎原之勢。
楊增新根據以往「調解查辦」哈密事變的經驗，深知單純恃武力難於徹底解決。
於是釆取收撫之策。
7月間老楊派出通曉維語的都司張彩廷與起義首領鐵木耳會面。
7月底哈密回王呼籲省府派兵「剿滅亂民」。
但是當時老楊正忙於對付遍及南疆的哥老會「戕官」暴動，並藉此機會收編，瓦解伊犁革命黨。
他實在是沒那個精力。
8月初，他函復哈密回王呼請的申訴，指出「大局尚在可危，斯嫉惡不宜太過。」
勸回王接受其主張， 「將各項差徭酌量減免以便安恍。
他希望哈密回王家族能夠以大局出發，不要壓迫太過，希望能夠減免各項徭役及供奉指標，讓老百姓舒緩一下。
但回王與部下尚不理解其用心，仍積極準備「進剿"， 呼籲援軍。
楊又向回王申明收撫之理，並嚴斥部下「進剿」非計。
老楊再次向回王申明以安撫為主的方陣，同時對部下發兵圍剿的計劃給予痛斥。
老楊很清楚，誰才是真正的「敵人」，那個時候，哥老會已經和省府形成了東西對峙之勢。
內部伊犁革命政府馮特民，李輔黃也在虎視眈眈 。
哈密，吐魯番的暴動充其量就是「癤廯之患」而已。
9月間，楊又派出心腹營長李壽福與哈密紳耆攜大批禮物，借著同為教門之人的名義與鐵木耳見面。
在鐵木爾的軍營裡，李壽福操如簧之舌，進行誘降，最後手捧古蘭經盟誓，忽悠的鐵木耳「涕淚交流」，深刻地認識到自己的錯誤，決定走正路，雙方達成了招撫協議。
1913年初夏，鐵木爾率120名精兵進入迪化接受省府招安。
隨後哈密起義軍被收編為「定邊馬隊」第三營，鐵木爾任營長，調駐迪化。
老楊不放心，把鐵木爾放到眼皮底下看起來。
吐魯番義軍首領穆依登也方式以同樣的被收撫，調來省城。
但老楊預料二人不會從此就範，派出心腹到二人軍營擔任監軍，監視二人的一舉一動。
李壽福留駐哈密善後，把鐵木爾殘部遣散回家，查繳所有遺留民間及隱藏起來的軍械，並將鐵木耳委派的村長全部撤換掉。
就這樣，老楊三板斧一下，哈密，吐魯番的暴動軍土崩瓦解，群眾基礎被破壞殆盡。
如此一來，哈密回王又看到了希望，於是馬上開始了「反攻倒算」。
大肆屠殺曾經參加暴動的維族農民，並大量加派各種苛捐雜稅，意圖彌補被暴動軍造成的損失。
此時在迪化的鐵木爾，日子並不好過，老楊的監軍把他看的死死的，舉手投足都要小心翼翼。
部下不停的在耳邊煽風點火。
哈密的反攻倒算給了他藉口，於是他和部下商量著，反出迪化，再樹大旗，他們開始秘密向哈密運送槍械。
俗話說「家賊易防，小人難料」，他們中間就有老楊安插的維間。
他們的每次密謀及欲再次起義的計劃，都原原本本地呈遞到老楊案頭。
1912年9月6日回隊統領馬福興以開會為名把鐵、依二人誘致統領署捕殺。
鐵木爾手下120名精兵也被全部砍頭。
8日省城貼出鐵木耳等「謀逆伏法」的告示並將二人人頭示眾。
從1914年開始到1919年底，老楊完成了對哥老會，伊犁革命黨的肅清與整合，完成了伊犁、塔城的統一，並把原直隸於中央的阿爾泰併入新疆。
老楊在新疆站住腳了。
再把目光回到科布多-援科之役失敗
1911年外蒙古宣布獨立，次年向西進攻科布多城〈今蒙古國科布多省省會）。
科布多參贊大臣溥潤一面率兵抵抗，一面向中央告急。
北京政府即電令阿爾泰辦事長官帕勒塔與新疆都督楊增新出兵增援。
6月15日，楊增新令古城城守尉忠賜招募流散旗兵，編為馬隊一營，與古城鎮軍協統王佩蘭所屬步隊一營，於 8 月 14日攜帶三個月糧草由古城開拔赴科。
8 月下旬，楊增新又從省軍中派出馬步各一隊並炮兵 50 人，由張鴻疇統領作為第二梯隊援科。
同時，他又在迪化、古城一帶招募流民組成步隊一營，交由新任科布多參贊延年指揮， 支援科布多。
截至 8月, 新疆方面援科兵力總數在 1000 人以上 。
為解決兵力的不足, 楊增新還電請伊犁鎮邊使廣福選拔步隊一營, 由伊犁方面出人和武器裝備, 省城方面準備軍餉, 赴援科布多。
到9月下旬，援科的軍事部署基本完成了。
楊增新根據新疆實際情況制定了高築牆，緩進的進軍戰略。
當時新疆軍隊有步隊與馬隊之分。
新疆缺糧，如果使用步隊，每人只需一駝便可帶足所需糧料， 而馬隊則需三駝才能帶足。即同樣數量的軍隊， 步隊比馬隊可節省兩倍的糧料和運費。
所以，楊增新主張儘量用步隊代替馬隊。
為了給大軍建立穩定的後勤供應基地，楊增新除命令北上的嚴保清、有世兩營帶足三月糧食備用外，還專門派出旗兵一隊、步兵兩隊前往後路駐紮。
在元湖等地安設臺站，由新疆陸軍混成旅旅長蔣松林負責指揮。
每開始駐紮，都要向老楊電報請示，詳細匯報駐紮地的地理地勢，土壤水源等基本情況。
軍隊駐紮途中，必須修建堅固的營盤，甚至營盤的瞭望杆的高度，老楊都要一一過問。
他還指示蔣松林籌設電線至元湖以通信息。
這種緩進急戰的舉措，大大耽誤了援科的進程，等科布多陷落的時候，大隊兵馬還在路上慢騰騰的行軍。
沙俄的幹涉：
除了老楊消極的援科態度之外，外部的國際環境也對此次援科行動添加了阻礙，尤其是沙俄的阻撓。
俄國千方百計阻止中國軍隊增援科布多。
8月，俄駐華公使庫朋斯齊兩次照會北京政府，就中國向科布多派出援軍一事提出抗議，並聲稱如中國軍隊進入外蒙古，俄國必然進行幹涉。
為此，俄國不僅向烏裡雅蘇臺派駐了軍隊，還向科布多派出半連哥薩克騎兵，以協助外蒙軍進攻科布多的中國守軍。
同時，俄駐迪化（今烏魯木齊市）領事也照會楊增新， 指責新疆出兵科布多和喀什噶爾將導致中俄重大衝突。
並聲稱如果造成地方混亂，應由新疆負完全責任等。
援科軍隊出發後，為了減少不必要的麻煩，楊增新專門給軍隊配備了俄語翻譯，準備隨時與俄國交涉。
1912 年 8 月 20 日，溥潤在奮戰兩個多月之後，決定接受俄國領事的「調停」，交出城池，率領官民返回內地。
科布多失守之時, 新疆派出的步兵嚴保清一營 、旗兵馬隊有世一營已行抵大營盤, 距離科布多5站。
此時俄國又開始幹涉了, 「 勸令兩相罷兵」 。
在這裡，毛子開始裝好人，規勸他那個傀儡乾兒子-外蒙政府和老楊的軍隊，雙方不要接火，各自退回駐地。
由於新疆後續部隊未到, 嚴 、有兩營兵力單薄, 而大營盤在軍事戰略上無險可據, 面對的又是佔據優勢的外蒙傀儡部隊。
於是二人退扎察罕通古。
楊增新責令二人「 穩守察罕通古,不可再退一步」 。
更嚴催後援部隊快速開拔進扎錫伯圖、察罕通古一帶, 以期相機進取, 奪取科布多。
並要求前敵指揮蔣松林旅長大膽前進, 對俄國幹涉「 用文明手段以辦交涉, 用權變方略以制喀匪」 。
這個時候，老楊倒是熱血上頭了，準備在大部隊集中上來的時候，乾脆一鼓作氣把科布多奪回來。
不光是科布多，連同庫倫也一起收回，連同那些「賣國割土」的反叛分子們給一勺燴嘍。
實話說，老楊這個時候，還是真有這個實力，不光是他，當時的阿爾泰辦事長官-帕勒塔親王尚與楊增新同有收復科布多之心。
帕勒塔是土爾扈特部東路右旗第五代 郡王巴雅爾的獨生子。
宣統三年二月四月（1912- 1. 22）,清廷委帕勒塔岀任科布多第三任辦事大臣。
同年五月十七日袁世凱改科布多辦 事大臣為阿爾泰辦事長官，任命帕勒塔為第一任辦事長官，督辦西北邊防,並以其「贊其共和」有功，晉升為親王。
科布多失陷後,阿爾泰地區便成了軍事第一線。
沙俄政府又驅使傀儡軍乘勝迅速佔領了阿爾泰東邊的薩克賽等地方。
協迫阿爾泰所屬蒙（古）、烏梁海諸部背叛祖國，接受庫倫傀儡政府封號、印信和俄國的槍枝。
10 月 21 日, 楊增新電請中央命令, 希望進軍收復科布多:「 俾得收回領土, 接續東圖」
希望收復科布多之後繼續進軍庫倫的願望。
俄國駐烏裡雅蘇臺領事向新疆方面表示 :
由於新疆援科部隊的到來, 「 雅克臺 、奇爾克臺地方頗懷畏懼, 故暫歸俄國保護… …若你們官兵前來, 我必有以回敬」, 並且「 調兵千名接防烏庫兩處」
而北京對於新疆進兵科布多之舉亦「 屢屢電阻」 。
在沙俄的幹涉下，北京政府方面慫了，開始命令新疆部隊不得繼續前進。
在此形勢下, 楊增新只得電令援科軍隊不能冒昧前進, 以免「 釀釁端」, 難以交涉 。
可以說, 收復科布多的計劃在此已然破產。
新疆部隊被迫折回，暫時在察罕通古駐紮。
察罕通古位於阿爾泰山南麓山口，戰略位置很重要。
首先，察罕通古是科布多一古城驛道的中繼站，與兩者的距離大致相等。
其次，察罕通古水草肥 美,利於軍隊駐屯，而往南則多為不毛之地,不利 軍隊的休整與補給。
另外，察罕通古離新土爾扈特、 新和碩特、扎哈沁等部落的遊牧地都很近，新疆軍隊的進駐有利於爭取他們政治上的歸附，進而獲得 他們的支持，便於探取外蒙軍的情報。
最後，察罕通古多山，利於步兵防守而不利於騎兵機動。
其往南 除北塔山外再無險可守，如果被外蒙控制，新疆則門戶洞開。
阿爾泰之戰
因此，察罕通古便成為雙方軍隊爭奪的焦點
1913 年初, 外蒙古部隊 1000 餘人進駐烏梁海大廟, 距科 ，阿門戶布爾根河僅兩站 。
同時, 烏梁海亦是通往阿爾泰地區的捷徑, 形勢驟然嚴峻 。
1913 年 3 月 31 日, 俄駐迪化領事發出照會威脅 :「 中國軍隊萬不可逾越阿爾泰山之北, 如果貴國軍隊調往薩克賽河, 我國自有對待之法。
其阿爾泰及沙拉蘇美等處, 難免我國不發軍隊佔據。」
而此時的外蒙古傀儡政權也在乾爹的支持下, 於 1913 年 5 月 22 日照會中方前敵官兵。
顛倒是非, 言中方軍隊駐紮之察罕通古, 系蒙古地方, 口氣十分狂悖。
楊增新令駐察罕通古團長張鍵回應:「 蒙古地方本為中國完全領土……蓋為保存領土起見, 自應不受他人幹涉」, 若外蒙古「 妄開邊釁, 則我國領土所在, 我國官兵實難稍為退讓」 。
然而庫倫傀儡政權在俄國的支持下越來越猖獗。
限令我國軍隊於十日內退出察罕通古, 否則就要大軍壓境。
7 月 4 日夜, 約有四五千敵人襲擊駐察罕通古新疆軍營, 我軍與庫倫傀儡軍戰至天明,
敵軍始退。
是役斃敵 200 餘人 、戰馬 300 餘匹, 奪獲槍械數十支, 我軍傷亡官兵 160 人 。
這是當地軍隊與外蒙古第一次正面交鋒。
7 月 11 日, 兩軍再次交鋒, 是戰斃敵 100 餘人, 擊斃敵馬 200 餘匹。
我軍營長馬得貴陣亡, 其餘各營兵丁傷亡 12 人。
小馬隊馬匹因在營外放草, 被敵開花炮驚走敵境, 遺失40 匹。
這次戰後, 敵人敗退 20 餘裡, 我軍因兵力單薄, 亦未遠追 。
兩次交逢, 我軍均取得勝利。
停戰
1913年8月，蒙軍被迫撤退，雙方議約停戰。
1913年8月份，中俄談判在阿爾泰正式舉行。
中方代表是阿爾泰辦事長官帕勒塔， 俄方代表是駐阿爾泰領事庫孜敏斯齊。
10 月，雙方協議草擬成《阿、蒙雙方停戰臨時條約》。
是年12月21日，帕勒塔與庫孜敏斯齊進行了第二輪談判，最後籤訂了（《阿爾泰、 科布多中蒙軍隊駐紮界線臨時停戰條約》） （簡稱《阿科臨時停戰條約》）。
此條約較前擬草約，刪去了有關科阿劃界，哈薩克人可任便遷徙和自由通商等內容。
核心內容主要有兩條
1，中國軍隊與外蒙古軍隊, 自此條約有效期內, 均以阿爾泰最高分水界自森( 聖) 彼得堡條約第八條內載之奎屯山起,
東至江哩什,順布爾根河至濟爾喀朗河口,再東南經察汗通古之西北陶甘策
至喀爾根圖阿滿止為界。
駐察罕通古一帶中國軍隊, 於條約籤字後三個月內, 退至新疆元湖一帶地方。
此條約係指雙方駐軍地點而定, 不牽涉科 、阿疆界問題。
這樣，中國遭受的損失相對要少一些。
2，在停戰期內, 中方駐阿爾泰兵力維持現狀, 在科布多的外蒙古軍隊, 亦不得增加 。,
據此協定, 楊增新要求部隊在撤軍過程中節節設防, 以防敵軍偷襲。
雖然期間外蒙古軍隊不斷暗襲我軍, 甚至提出進駐哈布達蓋山 ，白塔山等阿爾泰屬內逼近新疆要地的要求, 但雙方最終均在規定時間內撤軍。
但此條約是沙俄侵略的產物，還是將阿爾泰所屬的阿爾泰烏梁海部的牧地薩克賽等地.以及布爾根河以東新土爾扈特部牧地劃在科布多庫倫叛軍駐軍界線之內。
所幸的是第二年（1914）3月21日，雙方遵照此條約退兵，科阿戰爭，方告平息。
其後，又經多方交涉，沙俄政府不得不指示其駐北京公使,於同年7月6日，復照中國外交部宣告： .中國所提議停戰條約期滿後，毋再續訂 ……」段到此《科阿臨時停戰條約》便失去了效力。
但劃在科布多庫倫叛軍駐軍界線之內的牧地，並沒有隨著條約的廢棄而歸還阿爾泰地區。