2.單鏈斷裂的重接 DNA單鏈斷裂是常見的損傷，其中一部分可僅由DNA連接酶(ligase)參與而完全修復。此酶在各類生物各種細胞中都普遍存在，修復反應容易進行。但雙鏈斷裂幾乎不能修復。
3.鹼基的直接插入 DNA鏈上嘌呤的脫落造成無嘌呤位點，能被DNA嘌呤插入酶(insertase)識別結合，在K＋存在的條件下，催化游離嘌呤或脫氧嘌呤核苷插入生成糖苷鍵，且催化插入的鹼基有高度專一性、與另一條鏈上的鹼基嚴格配對，使DNA完全恢復。
4.烷基的轉移 在細胞中發現有一種O6甲基鳥嘌呤甲基轉移酶，能直接將甲基從DNA鏈鳥嘌呤O6位上的甲基移到蛋白質的半胱氨酸殘基上而修復損傷的DNA。這個酶的修復能力並不很強，但在低劑量烷化劑作用下能誘導出此酶的修復活性。
(二)切除修復(excision repair) 是修復DNA損傷最為普遍的方式，對多種DNA損傷包括鹼基脫落形成的無鹼基位點、嘧啶二聚體、鹼基烷基化、單鏈斷裂等都能起修復作用。這種修複方式普遍存在於各種生物細胞中，也是人體細胞主要的DNA修復機制。修復過程需要多種酶的一系列作用，基本步驟:
①首先由核酸酶識別DNA的損傷位點，在損傷部位的5′側切開磷酸二酯鍵。不同的DNA損傷需要不同的特殊核酸內切酶來識別和切割。
②由5′→3′核酸外切酶將有損傷的DNA片段切除。
③在DNA聚合酶的催化下，以完整的互補鏈為模板，按5′→3′方向DNA鏈，填補已切除的空隙。
④由DNA連接酶將新合成的DNA片段與原來的DNA斷鏈連接起來。這樣完成的修復能使DNA恢復原來的結構。