【基本原理】
限制性內切酶已有百餘種，每種酶有其特定的核苷酸序列識別特異性，酶的活性需Mg+2來激活。不同的酶也有許多差別：有些酶除需Mg+2外，還需ATP 等其他輔助因子的激活;切割位點和識別序列間的距離不同;有的內切酶同時具有甲基化作用。根據這些差別，可將限制性內切酶分為I、II 和III 種類型。II 型限制性內切酶只需要二價鎂離子的激活，酶在其識別序列內切割雙鏈DNA，產生的各種DNA片段具有相同的末端結構，而且大多數的II 型酶可提供粘性未端，有利於片段再連接，大部分II 型酶所識別的序列具有反向對稱的結構，或稱之迴文結構。如EcoRI 和HindIII 的識別和切口分別為：
EcoRI ： G ↓AATT C HindIII ： A↓AGCT T
T TCGA↑ A C TTAA↑G
限制性內切酶對環狀質粒DNA產生的酶切片段數與切口數一致。因此，鑑定酶切後的片段在電泳凝膠的區帶數，就可以推斷切口的數目;從片段遷移率可判斷酶切片段大小。用已知分子量的線狀DNA 為對照，通過電泳遷移率的比較，可以粗略地測出分子形狀相同的未知DNA的相對分子大小。
質粒DNA的相對分子量(Mr )一般在106～107 範圍內，如質粒pBR322的相對分子質量為2.8×106 ，在細胞內有三種構型：①共價閉環DNA，常以超螺旋形式存在;②如果兩條鏈中有一條鏈發生一處或多處斷裂，分子就能旋轉而消除鏈的張力，這種鬆弛型的分子叫作開環DNA;③雙鏈線狀DNA由於兩條鏈的切口在同一部位被切斷，不能成環，完全開放成線狀，簡稱線性DNA。如果要測定質粒DNA的相對分子量，最好把質粒用單一切口的酶水解得到線性DNA 片段。三種構型的質粒DNA 在電泳時的泳動速度為：共價閉環DNA>線狀DNA >開環DNA。
本實驗採用限制酶BamHI ，切割pUC18-KanR質粒中插入的分子大小為1200 bp的KanR基因片段。
【器材】
1.水浴箱
2.高壓滅菌鍋
【試劑】
1.10×限制酶緩衝液
2.限制酶BamH I
3.DNA樣品，重組質粒(見上)
【操作步驟】
1.在Ep管中分別加入以下試劑：
10×限制酶緩衝液2μl
pUC18-KanR 2μl
ddH2O 15μl
BamH I 1μl
2.將上液混勻，37℃保溫，1h。
3.加入1μl 0.5mol/L EDTA(pH8.0)終止反應。
4.1% 瓊脂糖凝膠電泳，檢測酶切結果。
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