周恩來談科學院的方針、關係、幹部和組織領導問題
1月28日，政務院第204次政務會議聽取郭沫若作關於中國科學院的基本情況和今後工作任務的報告，以及錢三強作關於中國科學院訪蘇代表團工作的報告。周恩來總理在聽取兩個報告後發表講話，他稱讚兩個報告都很好，肯定了科學院四年來的進步，指出國家有計劃的建設已進入第二年，應該將科學事業提到重要地位。為此要解決四個問題。一是方針問題，要辯證地解決理論與實踐、今天與明天的問題。我們發展科學不是片面的，必須兩方面結合起來。理論與實踐結合，但實踐靠理論指導；今天與明天也要結合起來，不能只看眼前。二是關係問題，科學院與大學、經濟部門和文教部門的配合聯繫問題，一方面要合作，一方面要分工。計劃委員會、財經部門與科學院如何結合，關係問題必須解決。三是幹部問題，高級科學家數目不多但很可貴。老科學家中大多數熱愛祖國，因而更應團結。對有貢獻的老年科學家的待遇應考慮，科學院在這些問題上不能平均待之。四是組織領導問題，科學院如何更好地組織全國科學力量，與各部門配合，有計劃地開展研究工作，是個很重要的問題。
中共中央對科學院黨組1953年11月報告的批示
3月8日，中共中央批准科學院黨組於1953年11月19日呈送的《中國科學院黨組關於目前科學院工作的基本情況和今後工作任務給中央的報告》，並將《報告》與《中央對科學院黨組報告的批示》在黨內轉發。《批示》的基本要點如下：
1、闡明科學工作對國家建設的重要意義。要把中國建設成為生產高度發達、文化高度繁榮的社會主義國家，一定要有自然科學和社會科學的發展。在國家有計劃的經濟建設已經開始的時候，必須大力發展自然科學，以促進生產技術的不斷發展，並幫助全面了解和更有效地利用自然資源，否則就會由於科學落後而阻礙國家建設事業的發展。黨必須關心科學研究工作，從各方面為科研工作的開展創立有利條件。
2、團結科學家是黨在科學工作中的重要政策。科學家是國家和社會的寶貴財富，經過解放後4年多的教育，中國科學家絕大多數都願意接受黨的領導，在科學工作上做出一番成績，貢獻給國家。在這前提下，首要的任務便在於發揮科學家在科研上的積極性，關心與幫助他們，為他們的研究工作安排順利的條件，使他們有可能集中精力和時間於科研工作，並培養出學生來，把他們的專長傳授給下一代。為了使他們安心於科研工作，還必須免除其對家庭生活困難的顧慮。對科學家也應進行必要的思想教育，但必須是在尊重他們的科學工作，發揚其科研積極性的前提下，而不是以損傷他們的自尊心的方式來進行的。科學家在政治上受到歧視，在工作上和生活上得不到保證的狀況，在某些地方、某種程度上仍然存在著，這是不能允許的，必須堅決予以改變。
3、大力培養新生的科研力量，擴大科研工作隊伍，是發展中國科學事業的重要環節。科學院與高等學校應認真進行培養青年科研人員的工作，並建立制度加以保證。每年應選拔一定數量的最優秀的大學畢業生去作科學研究工作。在高校招生和選派留學生時，除應有大量學習技術科學外，還應保證相當數量的優秀學生去學習基礎科學和社會科學。
4、科學院是全國科學研究的中心，除了應以主要力量組織本院的科學研究工作外，還必須密切聯繫全國科學工作者，協助各方面的科學研究工作。《批示》指出，全國各方面的科學研究工作應當有適當的分工。科學院主要是研究基本科學理論問題和解決對於國民經濟具有重要意義的關鍵性的科學問題。生產部門的科研機構主要是解決生產中的實際技術問題。高等學校則視具體條件研究基礎的科學理論或實際生產中的科學問題。國家計劃委員會應負責審查上述三方面的科研計劃，以便解決科學研究和生產實踐相結合的問題以及各方面在科研工作中的分工與配合問題。
《批示》全面闡述了中國共產黨發展科學事業的基本政策，首次提出了建設以中國科學院為中心、包括高等學校和各生產部門科學研究機構在內的全國科學研究工作體系的方針。這是建國以來，中共中央在科技方針政策方面的奠基性文件。
召開煉焦用煤分類會議
科學院主辦的中國煉焦用煤分類會議於3月16日至19日在北京舉行。出席會議的有重工業部所屬的各煉焦廠，燃料工業部煤礦管理總局所屬的各地管理局和礦務局，科學院和產業部門所屬的試驗研究機構，以及中央有關部門代表共65人。會議由李四光副院長主持開幕，聽取了燃料工業部煤礦管理總局、科學院工業化學研究所、重工業部鋼鐵工業管理局鋼鐵工業試驗所、鞍山鋼鐵公司等單位的工作報告和關於中國煉焦用煤分類的意見與建議。這次會議統一了對煤分類問題的認識，主要依據可燃性揮發成份的多少、膠質層厚度、各煤種在煉焦時的特性，將煉焦煤劃分為氣煤、肥煤、焦煤、瘦煤、氣肥煤、焦肥煤6大類。並根據地區差異，分別擬訂了東北和北方兩個煉焦用煤分類草案。會議擬就的分類草案，有助於國家掌握煤炭資源、合理調配與使用焦煤、有重點地安排地質勘探；對黑色冶金工作者判別煤種與認識各煤種在煉焦時的特性，也有參考價值。另一方面，由於研究積累不夠，這一分類標準還有待進一步完善。
組織科學家為國家制訂十五年計劃提供資料
國家計委決定製訂中國十五年計劃，制定工作分兩個階段進行。第一階段是在11月以前，初步確定十五年工業、農業及交通運輸業的生產資料指標數字，作為制訂第一個五年計劃的依據。要求科學院協助制訂計劃，主要是由有關學科的專家提供意見和參考資料。第二階段的任務，俟工業、農業、交通運輸業等十五年計劃初步確定後，再討論文教系統如何配合經濟計劃，制定文教部門的十五年計劃。5月29日，院務常務會議決定組織力量，在第一階段協助工、農、交通運輸業制訂十五年計劃，並著手科學院十五年計劃的準備工作。6月間，科學院邀請院內外專家分別舉行數理化、生物學、地學、技術科學以及水利、電器工業、動力機械等方面的座談會，就國家經濟建設的長遠需要交換意見。8月3日，院綜合各座談會的主要意見，向國家計委、文委報送《關於國民經濟建設長期計劃意見的報告》，並附上鋼鐵工業等十幾份專題報告。在綜合報告中，對發展鋼鐵工業、有色金屬工業、動力工業、有機化學工業、無機化學工業、電子工業、淡水與海洋漁業、手工業，以及經濟區劃、土壤分區利用與改良、根治蝗害等方面，提出了具體的意見和建議。
為加強學術領導，對院部機構作重大調整
為加強科學院的領導，郭沫若於1月28日在政務院政務會議上的報告中提出：將在院務會議下成立秘書處，遴選科學家若干人充任秘書，成為院務會議在學術領導方面的有力助手；院對各研究所分學部領導，學部由有關專家組織學部委員會，只管學術領導，不管行政事務；增設人事局，加強對科學幹部的管理與培養工作；增設編譯出版委員會，負責領導並具體規劃全院的編譯出版工作。6月3日，院通知成立上述機構，同時撤消計劃局。
按此前制定的《中國科學院秘書處暫行組織規程》，秘書處的工作範圍為：研究與綜合各單位研究工作計劃；了解院內外各部門研究工作情況與存在問題，對各單位所提出的重要問題進行分析和綜合研究，並提出帶有關鍵性與普遍性問題；在科研工作方面的各項組織與聯繫工作；對全院性學術活動進行組織與聯繫工作；負責管理《科學通報》的編輯事宜。秘書處秘書長為錢三強、陳康白，副秘書長為秦力生、武衡，秘書有貝時璋、葉渚沛、錢偉長、張文佑、劉大年、張青蓮、葉篤正、汪志華。
為建立學部設立了四個籌委會：物理學數學化學部籌委會，主任吳有訓，副主任莊長恭、華羅庚。生物學地學部籌委會：主任竺可楨，副主任黃汲清、許傑、陳鳳桐。技術科學部籌委會：主任嚴濟慈，副主任茅以升、惲子強。哲學社會科學部籌委會：主任郭沫若，副主任潘梓年、張稼夫。(以上人選為年底的實際到任者)
醞釀推選學部委員
6月3日，科學院通知籌備建立物理學數學化學部、生物學地學部、技術科學部和社會科學部(後改為哲學社會科學部)，由吳有訓、竺可楨、嚴濟慈、郭沫若分別任相應學部籌委會的主任委員。7月初，以院長郭沫若的名義向全國自然科學家發出645封信，請他們推薦學部委員人選。入選標準主要有三條，即在學術上的成就、在推動中國科學事業方面的作用和忠於人民的事業。社會科學方面，由社會科學部籌委會向有關專家個別徵求意見。依據回收的推薦書等進行綜合，11月11日，院務常務會議第一次討論165人的學部委員名單草案，後經向各方面徵求意見，又根據中央政治局會議討論成立學部等問題的精神，推選人數幾經變動。1955年5月15日，院黨組向國務院報送235人的名單。5月31日，國務院第十次全體會議批准其中的233人。6月3日總理周恩來籤發了國務院命令，公布學部委員名單，其中物理學數學化學部48人，生物學地學部84人，技術科學部40人，哲學社會科學部61人。
提出建立我國計量標準工作的意見
政務院為實行度量衡公制，決定在國家計委領導下成立標準、權度、度量衡委員會，並由各有關部門參加工作；責成科學院負責原器保管，提出原器保管方案。5月14日，院務常務會議決定由吳有訓副院長和嚴濟慈、錢三強、武衡負責參加標準、權度、度量衡委員會的工作。7月10日，院務常務會議聽取並討論吳有訓提出的《關於建立我國計量標準工作的意見(初稿)》和《中國科學院關於建立與保管計量基準器的實施辦法(草案)》後，決定成立科學院計量基準工作委員會，其任務是研究並提出原器保管方案、籌備計量研究單位，領導擬先建立的工業標準器的工作。計量基準委員會由吳有訓、嚴濟慈分任正、副主任委員，錢三強、秦力生、武衡、陸學善、王大珩、錢臨照、蔡金濤、丁西林、方俊、楊肇燫、葉企孫、饒毓泰任委員。10月18日，科學院向國家計委和政務院文委呈送《中國科學院關於建立與保管計量基準器的報告》，提出：鑑於計量範圍廣和國內力量薄弱，建議先就長度、質量、溫度、電位及電阻等方面進行工作，在短期內建立工業標準，即最低級的基準，以適應工業化的迫切需要，逐步達到國際科學標準，並逐漸擴展到其他方面。科學院決定在儀器館成立長度與質量計量研究小組，由王大珩負責；在應用物理研究所成立溫度與電壓計量研究小組，由錢臨照負責；科學院計量基準工作委員會的辦事機關暫設在應用物理所內。
與農業部聯合召開全國土壤肥料技術會議
7月16日至28日，農業部與科學院聯合召開土壤肥料技術會議，著重討論：(1)農業部提出的「提高土壤肥力，增加單位面積產量，開墾荒地，擴大耕地面積」的問題；(2)院土壤所提出的「土壤分類、調查與製圖」問題。會議在北京農業大學舉行，出席的有高等院校、科研機構和生產部門的專家與專業幹部，以及土壤學會各地分會的代表280餘人。農業部部長李書城、科學院副院長張稼夫、全國科聯副主席陳康白在開幕時講話。會議分為土壤分類製圖與荒地調查、肥料、綠肥牧草、鹽鹼土、紅壤、土壤速測以及教育等7個組進行討論，明確了土壤肥料工作各個方面的方向任務，並提出了一些需要著重注意的問題和建議。在這次會議上，恢復成立了中國土壤學會。
召開中國動物圖譜會議
中國動物圖譜是一種通俗的圖文對照的科普著作。8月17日至20日，科學院在北京召開中國動物圖譜會議。會議對動物圖譜的性質、目的、要求、編寫方法、組織等問題進行了討論，確定了編輯方案，推薦了編委會人選。10月16日，院務常務會議通過了《中國科學院中國動物圖譜編輯委員會組織辦法》及委員名單。編委會由王家楫、李汝祺、周太玄、秉志、胡經甫、陳世驤、陳楨、張璽等組成，由動物研究室主任陳楨與編譯局副局長周太玄分任主任和副主任委員，張春霖為秘書。編委會成立後積極推動工作，確定了脊椎動物、無脊椎動物、昆蟲三個編輯組組長、副組長和各門類主編；對院外單位承擔任務的專家予以經費資助。四年後，《中國動物圖譜》的《魚類》分冊首先問世。到「文革」前夕，由科學出版社出版的《中國動物圖譜》已達21冊。
昆蟲所提出根治洪澤湖區和微山湖區蝗害的建議方案
8月和11月，昆蟲所先後提出該所蝗蟲工作組編制的《根治洪澤湖區蝗害建議(草案)》和《根治微山湖區蝗害建議(草案)》。東亞飛蝗是農業大害蟲。蝗災在舊中國，平均每2—3年有一次地區性發生，每間隔5—7年就有一次大範圍發生，主要受災地區為東部黃淮大平原農業區。這與該平原的「三年一澇，兩年一旱」的旱澇相間發生規律有密切的因果關係。新中國成立後，蝗蟲為害仍相當嚴重。院昆蟲研究所以昆蟲生態學與昆蟲生理學兩個研究室為主體，組織生態學、生理學、形態學、組織學等多學科協同配合，自1952年起至1954年，在洪澤湖區和微山湖區的東亞飛蝗發生基地設立工作站，並與當地蝗蟲防治站協作，採取蝗區生境調查、蝗區定位研究與實驗室研究相結合的方法，開展根治蝗害的全面調查研究。他們的研究結果指出，改造飛蝗發生地的關鍵在於治水，即通過攔洪蓄水，疏浚河道，防止泛濫，以控制湖區季節性的水位變化，使沿湖一定等高線下的蝗蟲發生基地長時間淹水，不再適合飛蝗發生。同時在不妨礙攔洪蓄水的原則下，開墾荒地，種植水稻，推行輪作種豆、棉、芝麻等，結合深耕細作，抑制飛蝗的生長和繁殖，壓低飛蝗種群數量，使不足以危害農業生產。隨後的實踐證明，根治方案是切實可行的。隨著兩湖區蝗害根治方案的實施，以及昆蟲所與山東省地方合作建立的金山縣根除蝗害實驗性樣板的影響，1959年，農業部在蘇、皖、魯、冀、豫五省滅蝗會議上提出，治蝗的方針，從以往的藥劑防治為主改為「改治並舉」，除猛攻巧打外，要積極改造蝗區自然環境，迅速根除蝗害。隨著研究工作長期系統深入與實踐檢驗，取得了重要的研究成果，他們的研究報告《東亞飛蝗生態生理學等的理論研究及其在根治蝗害中的意義》，獲得1982年國家自然科學獎二等獎。
中國自然科學史研究委員會成立
科學院重視中國自然科學史的研究，建院不久就召開過有關祖國自然科學史研究的會議。本年5月14日，院務常務會議討論通過《中國自然科學史研究委員會組織辦法》。9月2日，中國自然科學史研究委員會成立並召開第一次會議。委員會的任務是：組織力量，進行中國自然科學史的史料搜集、整理和研究工作；編審有關科學史的論文和刊物；制定培養科學史研究幹部的計劃。委員會受科學院領導，下設工作室，暫附設於歷史研究所第二所內。委員會主任委員竺可楨，副主任委員葉企孫、侯外廬；委員有向達、侯外廬、錢寶琮、李儼、陳楨、葉企孫、丁西林、袁翰青、侯仁之、竺可楨、劉仙洲、李濤、劉慶雲、王振鐸。
科學院不再是政府部門
9月15日至28日，全國人大舉行第一次會議。9月21日通過《中華人民共和國國務院組織法》，其中不再把科學院列為政府部門。同年11月10日，國務院發出《關於設立、調整中央和地方國家行政機關及其有關事項的通知》中宣布，國務院除建立20個直屬機構外，還設立8個辦公室，其中第二辦公室負責文教工作，撤銷原設的文教委員會。《通知》稱：原政務院所屬的中國科學院，不再作為國務院的組成部分，但工作仍受國務院指導，有關工作與第二辦公室(簡稱「國務院二辦」)聯繫。
院第一屆人事工作會議召開
中國科學院第一屆人事工作會議於9月19日至30日在北京舉行。出席會議的有院屬47個單位的黨員負責人、黨組織及人事方面負責人共135人，還有中央有關部委和遼寧、陝西省委，旅大、青島市委的代表12人。建院以來，全院人數逐年都有較大增長，到1954年年中，總人數已達7180人，其中研究人員1763人。在研究人員，尤其高、中級研究人員中國共產黨黨員人數很少。共產黨員主要分布在行政管理和思想政治工作部門，他們幾乎全部由院外調來，往往沿用在部隊或地方的一套方法進行工作，同科學家的關係不夠融洽，影響科學家的積極性。為了貫徹3月8日中共中央批示和黨的七屆四中全會精神，院黨組決定召開這次人事工作會議，實際上也是黨的工作會議。會議的目的主要是進一步學習黨對科學家的政策，明確黨在科學研究機關中的任務和正確的工作方法，以加強黨在科學研究機關中的思想政治工作。院黨組書記張稼夫在會議開始時作了題為《正確地貫徹黨在科學工作中的政策》的報告。他著重指出科學院黨的工作中的主要缺點錯誤，如對團結科學家政策的意義認識不足，把團結與改造對立起來；只看到科學家的消極方面，看不到其積極因素；對知識分子思想改造的長期性和複雜性認識不足，要求過高過急、求全責備；對科學機關、科學業務和科學家的特點缺乏研究等等。報告提出了今後的任務、政策和工作方法，號召從各方面為科學研究工作的開展創造有利條件；告誡黨組織和黨員幹部要改變「黨政不分」、「以黨代政」的錯誤做法；指出在學術問題上，要特別尊重科學家的意見，對不懂或沒有把握的問題，要採取謙遜、誠懇和實事求是的科學態度。會議為科學院黨的工作，特別是正確貫徹黨的知識分子政策的工作打下了基礎。
紫菜生活史研究取得突破
海洋生物研究室曾呈奎等在9月《植物學報》第3卷第3期發表《甘紫菜的生活史》研究報告，在紫菜生活史的研究上，取得了突破性成就。當時，紫菜的有性生殖和果孢子的產生是世界藻類學界早已了解的事實，但是果孢子如何轉回到紫菜葉狀體則是一個有爭論的問題。曾呈奎等經實驗和海面潮間帶觀察相結合的研究，發現紫菜孢子萌發後可以鑽進貝殼裡成長為絲狀體；絲狀體成熟後，可以再鑽出貝殼在一定條件下放散出一種孢子；孢子附著在基質上後，可以長成紫菜葉狀體。曾呈奎等把這種孢子命名為殼孢子。殼孢子的發現，把紫菜生活史中空白的一段連結起來，同時，也解決了紫菜人工養殖上最關鍵的孢子來源問題。60年代以來，中國發展起來的全人工採苗技術就是在這項成果的基礎上研究成功的。紫菜生活史的研究，為中國紫菜養殖事業奠定了理論基礎，作出了突出貢獻。福建、浙江、江蘇、遼寧等已成為中國紫菜的主要養殖基地，紫菜年產量居世界第二位。《甘紫菜生活史的研究》獲1956年度中國科學院科學獎三等獎。評審意見認為，這是理論研究服務於生產的一個好例子，同時也說明實際問題的根本解決要依賴於理論的研究。
院長顧問柯夫達到任
10月13日，院長顧問、蘇聯科學院通訊院士B.A.柯夫達抵北京，郭沫若設宴歡迎。柯夫達是土壤學家，在鹽土和鹼土的成因與改良的研究方面，成績卓著，1951年和1953年兩次獲得蘇聯國家獎；1953年當選為蘇聯科學院通訊院士；曾任蘇聯科學院共產主義建設支援委員會副主席，對規劃與組織科學工作有豐富的經驗。到中國後，他在相繼考察科學院京區、華東、華南各研究所和閱讀了大量有關資料的基礎上，提出了關於規劃全國科學的建議。他還到黃河流域做了考察。他的夫人隨他來華工作，後因心臟病惡化於1955年4月間返蘇治療。柯夫達為了工作，沒有陪夫人回國治病。6月26日，夫人病逝莫斯科。6月27日，柯夫達匆促離開北京回莫斯科，由於健康原因未再來華。
召開第一次全國高分子化學會議
高分子化合物在現代國民經濟中的地位日益重要，它已成為近代工業與生活中不可缺少的重要材料之一。同時，高分子科學在近二十多年來已形成一門新興的綜合性科學，發展迅速。對聚合反應機理與高聚體結構性能間關係等方面的研究，使得人們能夠進一步掌握規律，從而創造出新的適合於工業發展要求的高分子化合物。為了推進高分子化學在中國的發展，10月13日至19日，科學院與中國化學會在北京聯合召開第一次全國高分子化學會議。出席會議的有42個單位的93名代表。會上報告了幾年來高分子化學的研究工作，展開學術交流，討論今後工作方向及研究工作的分工合作、人才培養、編訂名詞與組織編譯出版問題等。1955年7月1日，物理學數學化學部籌委會與重工業部化工局在瀋陽聯合召開高分子化學及重有機合成研究計劃座談會，座談會通過了1955—1958年高分子化學協調計劃，並建議科學院組織高分子化學委員會。11月3日，院務常務會議通過《高分子化學委員會簡則(草案)》和高分子化學委員會委員名單。1956年1月7日，該委員會改名為高分子化合物委員會。
陳毅副總理分管科學院的工作
9月，陳毅被任命為國務院副總理。10月31日，國務院常務委員會決定，陳毅除任常務副總理外，還兼管科學院、政法、文化工作。1955年5月10日，周恩來召集陳雲、習仲勳和陳毅三位副總理再次研究分工問題，確定陳毅分管國務院第一、第二辦公室、民族事務和科學衛生工作。至1956年11月30日，中共中央批准陳毅、李富春、聶榮臻《關於科學規劃工作向中央的報告》，國務院科學規劃委員會成為常設機構，由聶榮臻任黨組書記和主任委員，陳毅不再分管科學院工作。
在分管科學院工作近兩年時間裡，除了對中國科學院重大問題請示報告的批覆外，陳毅先後參加過科學院的一系列會議，如科學院黨組擴大會議、科學院院務常務會議、中國科學院學部成立大會、重要的學術會議或學術性的紀念會等。在這些會議上，陳毅都講了話或作了報告，闡述黨的科技工作方針政策，黨組織在科學院如何進行工作，科學工作中理論與實際的關係問題，尤其是知識分子政策問題，包括正確估計和對待科學家，並為科學家從事科學研究工作和培養青年幹部創造良好的條件。陳毅的言傳身教，對科學院的工作有深遠的影響。
召開金屬研究工作報告會
10月25日至11月3日，科學院在北京召開金屬研究工作報告會。參加會議的單位有重工業部、一機部、二機部、高等學校和中國科學院系統的95個單位、465人。這次會議是國內第一次有關金屬科學研究工作的學術會議，就其出席部門之廣，專家人數之多，為科學院歷來召開報告會所未有。它對金屬科學研究工作的進一步開展和對國家建設具有重大意義。在會議上報告並討論的研究論文76篇，涉及鋼鐵冶煉及加工、耐火材料、球墨鑄鐵、有色金屬冶煉及加工、選礦、金屬物理及檢驗等方面。會議檢閱了金屬科學方面的研究力量和幾年來取得的成果，展開了學術爭論，認識了研究工作中的缺點或不足，明確了金屬科學今後若干年的基本研究方向，加強了有關單位間的聯繫並商定了具體的分工配合辦法。