有許多方法可以使基因改變，並且有許多基因，當被改變時，可能會導致癌症。單獨測試每個癌症相關基因的每個可能的變化是不可行的，因為它需要數百個單獨的測試和較高的花費。
科羅拉多大學癌症中心近期發表在JCO精準腫瘤學雜誌上一個全新的替代方案：使用該測試可以同時尋找許多基因的基因改變。該技術首次公開報告，描述了成功靶向肺癌患者中的MET融合。
在這項研究中，研究人員使用檢測幾十個基因的檢測方法檢查了晚期肺癌患者的腫瘤樣本。該測試確定了一個涉及MET基因的罕見融合，指導靶向藥物crizotinib治療癌症，抑制MET信號（其他信號）。在靶向治療開始8個多月後，診斷為IV期肺癌的患者表現出幾乎完全緩解的效果。
用於該分子譜的測試是一種相對較新的稱為Archer FusionPlex的測定儀，由Boulder的生物技術公司ArcherDX開發，並經科羅拉多分子相關實驗室（CMOCO）驗證，該實驗室是科羅拉多大學病理系先進的分子診斷實驗室。該測試探索了一整套遺傳變化，同時測試了53個癌症相關基因中的「基因融合」，而不是測試單個基因的變化 - 例如，單獨測試已知肺癌致癌基因ALK，ROS1或EGFR的變化。
在這些基因融合中，一個基因的片段意外地附著在另一個基因片段上。這產生了「嵌合蛋白」 - 由各部分組成的新蛋白質 - 可以促進癌症生長。肺癌中兩個明確的例子是涉及ALK和ROS1基因的融合物。MET基因也被鑑定為導致癌症融合的伴侶，事實上，MET基因的其他變化，包括MET的突變，MET的擴增，以及稱為外顯子-14跳躍突變已經有一些被研究的肺癌靶向藥物正在臨床試驗中。然而，對MET融合的測試是不常見的。
「肺癌MET融合的頻率很低，遠遠低於百分之一，通常不會進行單獨測試，你需要一個能夠同時捕捉所有罕見突變的檢測方法，」Kurtis Davies博士說。
挑戰之處在於，識別MET融合基因不僅需要測試MET，而且還要以非常特殊的方式進行測試。
羅伯特·多貝勒（Robert C. Doebele）說：「很多測試表明它們涵蓋了MET，但並不意味著它們可以檢測這一特定的變化，可能找不到這種改變。
在2016年，一位曾被診斷患有肺癌的患者，到科羅拉多大學醫院就診時，發現她的腫瘤已經長大。
CU癌症中心的團隊從早期手術中取出的患者腫瘤樣本，並將該樣本用於分子測試。
「在CU，除了一般的測試，尋找像EGFR，PD-L1，ALK和ROS1這樣的事情，我們還檢測KRAS，MET擴增，MET外顯子14跳躍突變， RET基因重排，BRAF-V600突變，HER2突變等等，所有這些都是陰性的，但我們基於RNA的下一代測序測定稱為FusionPlex，該NGS平臺在53個癌症中尋找基因融合這個測定是獨一無二的，他們發現了該患者存在MET融合。
「很多人不知道藥物crizotinib最初被設計為MET基因產物的抑制劑，」Davies說，該藥物的第一個FDA批准不是針對MET而是針對ALK陽性肺癌，最近被批准用於治療ROS1陽性肺癌。「但實際情況是，這個類別中的大多數藥物都有很多靶標，有時候這是有害的，它會攻擊正常組織。
在這位患者中，使用crizotinib靶向MET的策略顯示出顯著的效果。
「她的第一次掃描顯示出幾乎完全緩解，完全沒有肺結節，」Ng說。副作用包括增加疲勞，「但總體上沒有什麼是危及生命的。
「這個病例報告和另一個描述使用crizotinib治療膠質母細胞瘤中MET錯位的建議表明，這是一種合理的非FDA批准的治療這些患者的方法，但是這種方法需要在臨床試驗中進行研究，我們希望病例表明，MET易位應包括在評估MET抑制劑功效的藥物試驗中。「