直系同源的基因通常具有相似的生物學功能，所以我們在進行一個未知序列的功能的鑑定的時候，本質上是在找功能已知的同源基因。對於兩個或者多個物種的同源基因進行鑑定，是功能基因鑑定、比較基因組、功能基因分類、pathway預測等待的基礎。
HaMStR是一款主要針對EST或者RNA-seq數據尋找直系同源基因的集成分析軟體（網址：http://www.deep-phylogeny.org/hamstr/）。與Inparanoid和OrthoMCL等同樣功能的軟體相比，由於它自身集成了多種軟體，HaMStR對數據的完整性要求不高，最後分析的結果更加全面可靠。HaMStR除了核心軟體包以外，還提供了一個現有的模式植物的核心直系同源基因資料庫，在大多數場景下使用非常有效。
在安裝HaMStR之前，需要先安裝一下四個集成的軟體：
hmmsearch3：http://hmmer.janelia.org/blastall：ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/release/genewise：ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/wise2/clustalw2 ：http://www.clustal.org/download/current/這些軟體安裝過程相對簡單，只需要按照說明操作來安裝，並將每個軟體的可執行程序加入到環境變量中。以blastall為例，下載解壓後即可直接執行，執行如下命令就可以加入到環境變量中：（注意將BLASTHOME替換成blastall的實際目錄）
export PATH=$PATH:BLASTHOME /bin
需要額外注意的一點是， genewise軟體需要設置WISECONFIGDIR變量，可以用如下命令：（注意將$genewise2.2_HOME_PATH替換成實際目錄）
export WISECONFIGDIR=$genewise2.2_HOME_PATH/wisecfg
HaMStR軟體直接解壓即可使用，它的可執行程序在bin目錄下。
簡要介紹HaMStR的使用。
調用HaMStR時，直接使用命令：（注意將$HAMSTR_PATH替換成實際目錄）$HAMSTR_PATH/bin/hamstrsearch_local-hmmer3.v9.pl -sequence_file=testset.fa -est -taxon=test -hmmset=modelorganisms_hmmer3 -refspec=DROME -representative -hmm=317.hmm
各參數的含義：
-sequence_file=要輸入est或蛋白fasta格式文件（即要進行要找同源基因的文件）
-est ：表示輸入的文件是est，如果是蛋白則用-protein
-taxon 指定輸入文件序列的物種名
-hmmset：指定的core-ortholog set是一個文件夾的形式，默認在該軟體根目錄下core_orthologs下。如果要生成自定義的core-orholog set文件，可以用Inparanoid和OrthoMCL產生相關的core-ortholog，然後利用相關的軟體產生上述文件夾中的各個文件。
-refspec：與core-ortholog set進行比對時指定core-ortholog set中的參考物種
-representative：比對的結果中僅選取最佳的比對的結果
-hmm=317.hmm：指定要比對的同源基因的家族，如果不指定該參數則和所有的比對
由於hmmset涉及的軟體較多，僅介紹該軟體使用過程中的要點，其他的詳細信息參考該軟體的readme和其他相關軟體的使用。
轉自：https://mp.weixin.qq.com/s/F7Q--JNz4zR9qOOQpQ5mdg
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