哲學研究的問題都是自然科學無法解釋的問題。哲學家通過嚴密的邏輯論證闡明我們應當考慮的一些基本問題。這些問題可能總是超出我們的理解範圍。以下是我們可能永遠無法解決的八個哲學謎題。
1.宇宙/我們為什麼存在？
我們在宇宙中的存在實在太奇怪了。我們日常生活的平凡讓我們把我們的存在視為理所當然，但我們每隔一段時間就會被這種自滿情緒所哄騙，進入一種存在主義意識的深刻狀態。我們會問：為什麼宇宙中存在所有這些東西？為什麼它受到如此精確的物理定律管轄？為什麼要存在任何東西呢？我們生活在宇宙中，如螺旋星系，北極光和海綿寶寶。正如肖恩卡羅爾所說「現代物理學的任何內容都沒有解釋為什麼我們有這些法則而不是另外一些完全不同的法則，儘管物理學家有時會這樣說， 如果他們更認真地對待哲學家，他們可能會避免這樣的錯誤。」 而對於哲學家來說，他們能想出的最好的就是人類學的原則，我們存在的意義就是作為觀察者讓宇宙的存在有意義，這一觀點是一個令人不安的聲音。
2.我們的宇宙是真實的嗎？
這是經典的笛卡爾問題。它的基本思想是，我們怎麼知道我們周圍看到的是真正的現實，而不是一種看不見的力量所造成的一些宏大幻覺？這個問題也被稱為「缸中大腦」問題。很可能我們是精心模擬的產物。因此，一個更深層次的問題是運行模擬環境的文明是否也是在另一個更高級文明模擬的虛假現實中，類似計算機中的「遞歸」程序。而且，我們可能不是我們認為的那個人。假設運行模擬的人也參與其中，我們的真實身份可能會被暫時掩蓋，以提高體驗的真實性。這個哲學難題也迫使我們重新評估「真實」的含義。模態現實主義者認為，如果我們周圍的宇宙似乎是理性的（而不是它是夢幻的，語無倫次的或無法無天的），那麼我們別無選擇，只能宣稱它是真實的。
3.我們有自由意志嗎？
這個問題也被稱為決定論的困境，我們不知道我們的行為是否由先前事件的因果鏈（或其他一些外部影響）控制，或者我們是否真正自由的代理人根據自己的意願做出決定。哲學家（現在是一些科學家幾千年來一直在爭論這個問題，並且看不到任何明顯的結局。如果我們的決策受到無窮無盡的因果關係的影響，那麼決定論是正確的，我們沒有自由意志。但如果情況恰恰相反，那就是所謂的非決定論，那麼我們的行為必須是隨機的，有些人認為這仍然不是自由意志。相反，自由主義者提出了相容性的觀點，自由意志在邏輯上與宇宙的確定性觀點相容。使問題更加複雜的是神經科學的進步表明我們的大腦在我們意識到它們之前做出了決定。但如果我們沒有自由意志，那麼為什麼我們會進化出意識而不是一個運行程序的大腦呢？量子力學通過暗示我們生活在一個概率世界中使得這個問題變得更加複雜，並且任何類型的確定性都是不可能的。正如 Linas Vepstas 所說：「意識似乎與時間流逝的感知密切相關，而且確實認為，過去是固定的，完全確定的，未來是不可知的。這很合適，因為如果未來是預先確定的，那麼就沒有自由意志，也沒有時間流逝的參與。」
4.上帝存在嗎？
簡單地說，我們不知道上帝是否存在。無神論者和信徒都認為決定論是錯誤的，不可知論者是正確的。真正的不可知論者只是笛卡爾式，認識到所涉及的認識論問題和人類探究的局限性。我們對宇宙的內部運作方式知之甚少，無法對現實的本質作出任何形式的圓滿解釋，以及上帝是否存在於宇宙中的某個地方。許多人主張自然主義，認為宇宙是自主運行的，但這並不能排除可能存在一位偉大的設計師，他啟動了整個宇宙（所謂的自然神論）。如上文所述，我們可能生活在模擬現實中，現實之外的「神」控制著所有變量。或許諾斯替教徒是正確的，強大的存在存在於我們不知道的更深層次的現實中。這些不一定是亞伯拉罕傳統的無所不知、無所不能的神，但它們仍然可能是存在的。
5.死後有生命嗎？
在每個人都興奮之前，這並不是說我們最終都會在一些蓬鬆的白雲上過著逍遙的日子，或者發現自己在十八層地獄的深處飽受煎熬。因為我們不能問死者死後是否去了另一個地方，我們只能猜測接下來會發生什麼。唯物主義者認為死後沒有生命，但這只是個假設不一定能被證實。仔細觀察宇宙（或多元宇宙）的假說，無論是通過經典的牛頓/愛因斯坦透鏡，還是通過量子力學的怪異過濾器，都沒有理由相信我們只有一次稱為生命的東西。這是一個形上學的問題，卡爾薩根在談論量子「多元世界」理論時說，不遵守宇宙是不可能的，我們必須始終發現自己活著並以某種形式觀察宇宙。這是一種高度投機的東西，但就像上帝的問題一樣，科學還不能解決，只能把它留給哲學家。
6.你能真正體驗到什麼嗎？
客觀地理解世界和通過完全客觀的框架體驗世界之間存在差異。這基本上是質疑的問題，我們的環境只能通過我們的感官過濾和思想的思考來觀察。你所知道的一切，你觸摸到的、看到和聞到的一切，都已經過任何生理和認知過程的過濾。因此，您對世界的主觀體驗是獨一無二的。在典型的例子中，對紅顏色的主觀欣賞可能因人而異。說出這一切的另一種方式是宇宙只能通過大腦（或潛在的機器思維）來觀察，並且憑藉這一點，只能主觀地解釋。但鑑於宇宙似乎是連貫的並且部分可知，我們是否應該繼續假設其真正的客觀現實永遠不會被觀察或知道？值得注意的是，佛教哲學的大部分都是基於這種基本限制（他們稱之為空虛），以及與柏拉圖理想主義的完全對立。
7.什麼是最好的道德體系？
從本質上講，我們永遠無法真正區分「正確」和「錯誤」行為。然而，在歷史的任何時候，哲學家，神學家和政治家都會聲稱已經發現了評估人類行為和建立最正義行為準則的最佳方式。但它從未如此簡單。對於像普遍道德或絕對主義道德這樣的東西來說，人類的生活過於混亂和複雜。黃金法則是偉大的（你應該像對待他人一樣對待別人的想法），但是它無視道德自治並且沒有留下強制執法的空間（例如監禁罪犯），甚至可以用來證明壓迫是合理的（伊曼努爾康德是其最堅定的批評者之一）。而且，這是一個高度簡化的經驗法則 為更複雜的情景提供條款。例如，電車難題中可以為了多數人的利益犧牲少數人嗎？一個人類嬰兒和一個成年的大猩猩誰會更有道德？正如神經科學家所表明的那樣，道德不僅是一種文化根深蒂固的東西，它也是我們心理學的一部分。充其量，我們只能說道德是規範性的，同時承認我們的是非觀念會隨著時間而改變。
8.什麼是數字？
我們每天都使用數字，但退一步，數字到底是什麼？為什麼數字能幫助我們解釋宇宙（如牛頓定律）？數學結構可以由數字，集合，組和點組成，但它們是真實的對象，還是僅僅描述了所有結構中必然存在的關係？柏拉圖認為數字是真實的（你能不能「看到」它們並不重要），但形式主義者堅持認為它們只是形式系統（基於數學的抽象思想的明確結構）。這本質上是一個本體論問題，這讓我們對宇宙的真實本質，即它的哪些方面是人類構造，哪些是真正有形的感到困惑。