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Cell:人類結腸癌蛋白質基因組學分析揭示出新的治療策略
論文共同通訊作者、貝勒醫學院分子與人類遺傳學教授Bing Zhang博士說,「這是首項研究對來自一組結腸癌患者的組織樣本(包括腫瘤組織和鄰近的正常組織)中的所有蛋白和基因進行分析。」作為美國國家癌症研究所臨床蛋白質組學腫瘤分析聯盟(National Cancer Institute Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium)的一部分,這些研究人員產生了基因組數據和蛋白質組數據,並對這些數據進行生物信息學分析。
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Genome Res|多組學揭示二倍體基因組三維結構
我們的二倍體基因組一般以形態、結構基本相同的同源染色體呈現。因為同源染色體序列高度相似,常見研究一般不區分同源染色體的父本和母本。這樣研究得到的結果是這兩套基因組的均值,忽略了同源染色體間的差異。同時,沒有同源染色體相互作用信息就無法構建真正的三維基因組,無法研究其對基因表達的影響。
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進化-系統發育基因組學(Phylogenomics)
構建高置信度的系統發育關係不僅是生物分類的基礎,也是闡明物種起源、擴散、進化、揭示物種形成機制的前提。由於技術條件的限制,早期的分子系統發育學研究常常基於單個或少量基因。因此,近年來學界逐漸出現一種將基因組學和系統發育結合的研究範式,旨在利用基因組級別的分子數據重建生物類群的系統進化關係、研究生物的起源與進化過程,系統發育學研究由此也進入了一個嶄新的階段——系統發育基因組學(Phylogenomics)。並且,高通量測序技術和基因組學研究的快速發展為Phylogenomics帶來了前所未有的機遇。
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宏病毒組個性化分析之目的基因譜系分析
今天給大家介紹宏病毒組目的基因譜系分析,探尋目的基因之間的相關性!一、目的基因譜系分析目的基因譜系分析是通過對物種中所關注的目的基因序列建立進化樹來分析物種間系統發育的關係。物種進化樹中分支的長短表示進化距離的差異,進化關係越近的物種,在進化樹中的距離越接近。
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代謝組學——後基因組時代新熱點
代謝組學是定量描述生物內源性代謝物對內外因變化應答規律的科學,能夠直接反映生命體的終端和表型信息,近年來在疾病診斷和分型、生物標誌物發現、藥物研發、基因功能解析、代謝途徑及調控機理等領域發揮著重要作用。
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Cell上的經典蛋白組學、磷酸化蛋白組學、WES多組學聯合分析文獻
今天小鹿為大家整理了近期發表在Cell上的一篇極為經典的蛋白組學、磷酸化蛋白組學、WES相關的多組學聯合分析文獻,希望能助您打開思路,找到新的挖掘點。這項綜合蛋白組學分析使研究者對LUAD的分子結構有了更全面的了解,並為更精確的診斷和治療提供了機會。
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研究揭示非模式哺乳動物與其寄生蛔蟲協同演化的基因組學機制
已有的關於協同演化遺傳機制的研究較多集中於候選基因水平,缺乏基因組水平的研究。隨著基因組測序技術的發展,一些和人類及家養動物健康相關的寄生蟲基因組被解析。然而,目前多數研究著眼於寄生蟲基因組的結構和功能解析,未探討相應宿主基因組的相關變化,以及宿主與寄生蟲兩者間協同演化的基因組學機制。
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研究揭示非模式哺乳動物與其寄生蛔蟲協同演化的基因組學機制
已有的關於協同演化遺傳機制的研究較多集中於候選基因水平,缺乏基因組水平的研究。隨著基因組測序技術的發展,一些和人類及家養動物健康相關的寄生蟲基因組被解析。然而,目前多數研究著眼於寄生蟲基因組的結構和功能解析,未探討相應宿主基因組的相關變化,以及宿主與寄生蟲兩者間協同演化的基因組學機制。
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比較基因組學終將走向黃金時代
背景介紹始於1990年的人類基因組計劃(The Human Genome Project)開啟了基因組時代。比較基因組學通過比較多物種蛋白序列或者基因位置與相對順序,包括基因的丟失、複製、水平轉移等,鑑定物種之間保守的基因(找物種相似之處),或者每個生物自身特徵基因(找物種不同之處),旨在闡釋物種多樣性的分子遺傳基礎。
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通過基因組學和轉錄組學特徵分析合併肝細胞癌和肝內膽管癌的不同...
通過基因組學和轉錄組學特徵分析合併肝細胞癌和肝內膽管癌的不同分子亞型 作者:小柯機器人 發布時間:2019/7/11 14:24:57 北京大學白凡/張寧團隊經過課題組成員不懈努力,通過分析基因組和轉錄組特徵
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宏基因組&代謝組學:兩大組學共同揭示結腸直腸癌中腸道菌群的階段...
採用宏基因組和代謝組聯合分析,檢測結腸直腸癌不同階段的糞便樣本,揭示結腸直腸癌中腸道菌群的階段特異性表型,為 CRC 發展階段的診斷提供方法。研究結果1.糞便樣本中宏基因組和代謝組學特徵為研究 CRC 中宏基因組和代謝組的特徵,根據結腸鏡和組織學檢查結果分為9組,圖1分別對616例宏基因組數據和406例代謝數據進行分析,結果發現富含芽孢桿菌屬的受試者具有低豐度的普氏菌,與健康對照組相比 Megamonas 菌屬(巨單胞菌屬)在118例患者中為高豐度,在 CRC 發展的各個階段顯著升高。
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龍膽族葉綠體基因組進化和系統學研究取得進展
此外,傳統基於葉綠體基因組的系統基因組學研究,通常將葉綠體基因組直接串聯起來進行系統樹構建,因此,單基因遺傳變異導致的系統發育不一致性常被忽略。龍膽族包含龍膽亞族和獐牙菜亞族,大多數生長在青藏高原高山草甸及流石灘,包含許多高山花卉和藥用植物,如龍膽、獐牙菜、秦艽、扁蕾等,是理解高山植物演化和適應性的良好類群。
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動物所揭示非模式哺乳動物與其寄生蛔蟲協同演化的基因組學機制
已有的關於協同演化遺傳機制的研究較多集中於候選基因水平,缺乏基因組水平的研究。隨著基因組測序技術的發展,一些和人類及家養動物健康相關的寄生蟲基因組被解析。然而,目前多數研究著眼於寄生蟲基因組的結構和功能解析,未探討相應宿主基因組的相關變化,以及宿主與寄生蟲兩者間協同演化的基因組學機制。
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美格基因微生物多組學聯合文章刊登ISME!
本研究利用16S+宏基因組+轉錄組+宏代謝組多組學聯合分析,對慢性阻塞性肺疾病呼吸道微生物群落的功能特徵進行了探究,並揭示了與慢性阻塞性肺疾病發病相關的「菌群-代謝物-宿主靶點」的互作關係,證實了利用公共多組學數據集成分析來研究微生物組-宿主互作關係的可能性。本文第一作者及通訊作者為華南師範大學生命科學學院王璋研究員。
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新研究揭示轉移性結直腸癌的多組學圖譜
新研究揭示轉移性結直腸癌的多組學圖譜 作者:小柯機器人 發布時間:2020/9/4 20:11:59 中國科學院分子細胞卓越創新中心曾嶸、吳家瑞以及上海長海醫院張衛研究組合作的最新研究揭示了轉移性結直腸癌(CRC)的多組學圖譜
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非洲首個大型人類基因組學研究揭示高水平遺傳多樣性
南非科技部資助的「南部非洲人類基因組計劃(SAHGP)」,順利完成了對24名來自不同民族語言個體的全基因組測序,證實非洲人群存在高水平的遺傳多樣性,研究結果發表在《自然-通訊》期刊上。該計劃是非洲首個由政府資助開展的人類基因組學研究,旨在揭示南部非洲人群的獨特遺傳特徵,全方位發掘各類人群的多樣性。研究由南非金山大學實施,來自4個省份、講4種民族語言的24名南非人作為樣本採集對象,包括16名黑人以及8名混血或有色人種。
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作物基因組學研究進展
隨著測序技術的發展,已經實現對重要農作物,如水稻、小麥、玉米、大豆、油菜、棉花、蔬菜等作物基因組的測序或重測序,在此基礎上完成對控制重要農藝性狀基因的克隆和鑑定。本文綜述了2017年度主要農作物基因組研究方面取得的一系列重要進展。1、基因組學領域論文分析在SCIE資料庫共獲得954篇基因組學研究相關的文獻。
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基因頭條 | 最大規模巴豆醯化修飾組學揭示其在DNA損傷修復中重要...
科研進展 1、最大規模巴豆醯化修飾組學分析揭示其在DNA損傷修復中的重要作用 巴豆醯化在生殖發育、腫瘤發生、轉錄調控、抗逆脅迫等方面有重要的作用。
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人類基因組時代的泛基因組學
薩爾茲伯格是一位橫跨計算機領域和生物學領域的專家,名氣很大,他是約翰霍普金斯大學計算生物學中心的主任,同時在計算機系和醫學院任職,專門從事基因測序和基因組學應用研究,人類基因組計劃的參與者之一,最近還主持了非洲裔美國人的基因組學項目等。開發過很多有名的生物信息算法,大家使用過的生信軟體如:bowtie、TopHat、cufflinks等都出自於他的實驗室,今天要談的泛基因組學也是他的研究內容之一。
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【中國科學報】功能基因組學渴盼技術突圍
為此,功能基因組學應運而生。中國科學院遺傳與發育生物學研究所研究員馬潤林表示,功能基因組學就是要解析生物的遺傳信息,從基因組水平和層次上,對其內的各個基因或特定序列進行功能分析,揭示目標基因組的功能及調控機制。