（1）免疫PCR（技術指數★★★）
免疫PCR集PCR的高靈敏度與抗原抗體反應的特異性於一體。與常規PCR和普通ELAS相比，優勢盡顯，其最為突出的特點是指數級的擴增效率帶來了極高的敏感度，能檢測出濃度低至2ng/L的抗原物質，為現行任何一種免疫定量方法所不及。
免疫PCR技術常被用於激素和細胞因子測、生化酶類、治病微生物、寄生蟲感染的檢測，因其檢測效率性，在醫學科研工作者中備受青睞。
（2）實時螢光定量PCR（技術指數★★★☆）
在常規PCR基礎上運用螢光能量傳遞技術，加入螢光標記探針，巧妙地把核算擴增、雜交、光譜分析和實時檢測技術結合在一起，藉助於螢光信號來檢測PCR產物。一方面提高了靈敏度，另一方面還可以做到PCR每循環一次便可收集一個數據，建立實時擴增曲線。
該技術除了具備常規PCR靈敏、快速、方便的特點外，還具有反應全封閉、無需凝膠電泳、環境汙染小、結果直觀等優點，因此在食源性致病菌的檢測中應用尤其廣泛。
（3）多重PCR（技術指數★★★☆）
將多條引物和單一或多個DNA模板混合在一個反應體系中，同時擴增出多個核酸片段。與傳統PCR相比，高效、靈敏、成本低廉，不但能夠快速檢測和鑑別病原體，更可以精確估計一個樣品中的模板數量。
多重PCR技術被廣泛應用用於病原體鑑別、性別鑑定、連鎖分析、法醫研究、模板檢測和基因的疾病診斷等方面，且目前已有多種商業化成品試劑盒，操作方便簡潔。
（4）原位PCR（技術指數★★★）
原位雜交細胞定位和PCR技術的有機結合，在組織或細胞水平直接對靶基因片段進行擴增，通過摻入標記基團直接顯色或結合原位雜交進行檢測。
原位PCR技術是細胞學科研與臨床診斷領域裡的一項有較大潛力的新技術。它既能分辯帶有靶序列的細胞，又能標出靶序列在細胞內的位置，於分子和細胞水平上研究腫瘤的發病機理和臨床過程及病理的轉歸有重大的實用價值。
（5）數字PCR（技術指數★★★★★）
由於定量PCR的分析最終結果依賴於Cq值，不同廠家生成的儀器確定Cq值的方法不同，甚至實驗者也可以隨意調節Cq值，所謂的「定量」也只是相對的。且在低拷貝靶分子、模板濃度差異細微的條件下，檢驗靈敏度、精確度都受到了限制。在這種背景下，數字PCR猶如一顆閃耀的「新星」橫空出世。
數字PCR是一種核酸分子絕對定量技術，它通過對樣品進行微滴化處理，將含有核酸分子的反應體系分散成千上萬個納升級的微滴，從而讓實驗者可直接讀出目標DNA分子的個數。
在醫學領域，正逐步被應用於癌症檢測、突變分析、組織內等位基因失衡評估等；在食品安全領域，也初步被應用於動物源性食品摻假檢測。