據中國網財經不完全統計，廣西、天津、黑龍江、遼寧、安徽、山東、福建、四川、北京、廣東等省市月餅都有被抽查出不合格的情況，不合格分為兩類：一是月餅的內在質量不合格；二是月餅的包裝、標誌不合格。
在月餅的內在質量抽查中，存在的主要問題是防腐劑、脫氫乙酸及其鈉鹽、菌落總數、大腸菌群等項目不符合標準。其中在食藥監總局抽檢出的10批次不合格月餅中有6批次是菌落總數不合格，包括大連佳利來食品有限公司生產的(黑芝麻)廣式老味月餅、廈門安德魯森食品有限公司生產的粒粒紅豆(廣式月餅)、南寧市麥香皇食品有限公司生產的麥香皇五仁金腿大月餅、天津市樂民糕點食品有限公司生產的京式月餅、哈爾濱裕昌食品有限公司生產的裕昌月餅(五仁)等6批次月餅。此外，河南食藥監局抽查出的永城市鴻宇食品廠生產的盛大芝麻酥月餅和寧陵縣張弓喬哥食品廠生產的喬哥油酥五仁月餅也存在菌落總數不合格的質量問題。
防腐劑抽查不合格的月餅品牌有：漯河正恆食品科技有限公司生產的妙妙奇金牌月餅(香芋)，魯山縣宏躍食品廠生產的豫魯小天鵝豆沙月餅(烘烤類糕點)，聊城市賜福食品有限公司生產的蛋皮月餅，聊城市賜福食品有限公司生產的脆皮月餅，桂林市順昌食品有限公司生產的富錦果仁叉燒月餅(廣式月餅)，漯河市國洪食品廠生產的國弘紫薯蓉月餅，標稱湖南前進食品有限公司生產的前進牌鳳梨味月餅，商丘市睢陽區德發食品廠生產的德金髮紫薯酥月餅，中國水電十一局有限公司三隆分公司生產的三隆月餅(特質五仁30g)，東莞市成香食品廠生產的成香牌豆沙味月餅。
月餅的酸價檢查超標的有：標稱南寧紅事業食品有限責任公司生產的叉燒月餅， 標稱南寧紅事業食品有限責任公司生產的五仁月餅，標稱合肥永生園食品有限公司生產的鳳梨味月餅，標稱夏津縣佳興齋食品廠生產的蜂蜜軟月餅，深圳市中洲港琪食品有限公司生產的港琪品牌的蛋黃白蓮蓉(廣式月餅)。
其中，四川食藥監局近日抽檢出武漢市江北冠生園食品有限公司成都分公司2016年8月6日生產的廣式蔥爆肉鬆蓉沙月餅(蓉沙類)因菌落總數超標近4倍上黑榜。
此外，還存在月餅的包裝、標識不合格的情況，北京最近引起熱議的就是宮頤府月餅出現月餅禮盒存在雙日期的問題產品，宮頤府回應稱使用隔年包裝是為減少浪費。目前，北京大興區食品藥品監督管理局已對其立案調查。
【艾尚海鷗提醒大家，注意選擇合格月餅廠家，不要圖小便宜，為了家人的健康，儘可能自己動手製作】
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