《五帝本紀》應該是《史記》的眾多章節中時間跨度最長的一篇，自黃帝到舜，相距千餘年。
《五帝本紀》把五位上古帝王濃縮到了一篇文章裡，其簡略程度是可想而知的，而關於這五位帝王的記述也是有所側重的，如顓頊和帝嚳的材料就很少，基本算是一筆帶過，黃帝、堯、舜是著重來寫的，尤其是舜，可謂濃墨重彩，一個人佔據了《五帝本紀》近半篇幅。
在解讀之前，先提供一張《五帝本紀》中的人物關係拓撲圖，以方便捋清人物關係。
黃帝
《五帝本紀》開篇即講黃帝，「黃帝者，少典之子，姓公孫，名曰軒轅。生而神靈，弱而能言，幼而徇齊，長而敦敏，成而聰明。」
前一句可能來自民間傳說，因為先秦時人不會把「公孫」這樣典型的「氏」稱之為「姓」，後一句摘自《黃帝內經》，並稍加改動，將「登天」換成了「聰明」，《五帝本紀》的宗旨是不講神明而只講帝王。
《黃帝內經·素問·上古天真論》有：「昔在黃帝，生而神靈，弱而能言，幼而徇齊，長而敦敏，成而登天。」
接下來就是黃帝與炎帝、蚩尤之間的戰爭，其中神農氏的形象是沒落的正統王權，因為「世衰」而「弗能徵」，炎帝和蚩尤被看作是後崛起的敵對勢力，其行為是「侵陵諸侯」，而黃帝就是在這個時候挺身而出的，擔負起神農氏沒盡到的責任，用《五帝本紀》的話來說，就是「神農氏弗能徵，於是軒轅乃習用幹戈，以徵不享」。
結合這些角色之間的關係，有沒有一種春秋諸侯爭霸的既視感呢？其中神農氏相當於周王室，黃帝相當於晉國，而炎帝、蚩尤相當於楚國。
總之，在《五帝本紀》裡，黃帝是被當作正統來看待的，是正義的，最後被諸侯推舉為帝，代替了衰落的正統神農氏成為新的天下共主，「諸侯鹹尊軒轅為天子，代神農氏，是為黃帝」，而炎帝和蚩尤是作為反派出場的，成了黃帝登基的墊腳石。
黃帝是開創者，接下來就是傳子嗣，《五帝本紀》收錄了《國語》中記載的黃帝二十五子的說法，「黃帝二十五子，其得姓者十四人」。
《國語·晉語四》有：「黃帝之子二十五人，其同姓者二人而已；唯青陽與夷鼓皆為己姓。青陽，方雷氏之甥也。夷鼓，彤魚氏之甥也。其同生而異姓者，四母之子別為十二姓。」
但太史公把這段理解成了「12+2」，於是有說黃帝十四子得姓，我們在此就不較真了。
這裡著重講的是「青陽」和「夷鼓 」，「青陽」與方雷氏有關，顯然對應的就是《山海經》裡的昌意，但如此一來就無法解釋「玄囂」了，因為太史公需要送「玄囂」去江水，所以，太史公可能在這裡進行了一次創造，捨棄彤魚氏的「夷鼓」，把「青陽」對應「玄囂」，說成是黃帝與嫘祖的第二子，因為嫘祖是正妃，玄囂也就根正苗紅了，這顯然是為玄囂後裔接帝位做鋪墊，如此一來就把青陽就一分為二了，成了昌意和玄囂，玄囂去江水，昌意去若水，兩者就存在緊密關係了，於是黃帝這二十五子中影響最大的兩個就成了：昌意和玄囂（青陽）。
作為正統的黃帝的嫡系子孫顯然也是正統，於是黃帝家族開始世代相傳，就像前面那個拓撲圖所體現的，《史記》裡的「五帝」其實是一家人，分出兩個支系，這兩個支系交叉承襲帝位，而且都是黃帝與嫘祖之後，屬於嫡系子孫。
顓頊
顓頊屬於昌意支系，作為黃帝之孫的他成為繼黃帝之後的第二個帝，《五帝本紀》中記載他與黃帝的關係如下：
帝顓頊高陽者，黃帝之孫而昌意之子也。
這句話的出處很可能是《山海經》，以現存的資料來看，《山海經》是唯一記載了黃帝與顓頊關係的材料，而且要比《五帝本紀》具體得多。
《山海經·海內經》載：「黃帝妻雷祖，生昌意。昌意降處若水，生韓流。韓流擢首、謹耳、人面、豕喙、麟身、渠股、豚止，取淖子曰阿女，生帝顓頊。」
但太史公在《五帝本紀》裡刪掉了頗顯荒誕的「韓流」，於是有了顓頊為黃帝之孫的說法。同時，《五帝本紀》可能是受到《離騷》的影響，接受了顓頊即高陽的觀點，作為顓頊之後的太史公自然知道楚人也是顓頊之後，而《離騷》開篇即「帝高陽之苗裔兮，朕皇考曰伯庸」，淮南王劉安向武帝獻《離騷》時，還有《離騷傳》，言其作者為屈平，羋姓屈氏自然是顓頊之後，如此一來，高陽即顓頊，自此成定論，這個謎題在此就不展開了，也許只有劉安知道真相是什麼。
帝嚳
顓頊之後的第三個帝是帝嚳，帝嚳是黃帝的另一個兒子玄囂的支系，太史公可能也找不到有關帝嚳的太多材料，所以記載極其簡略，可能是為了湊內容，堆砌了一些冗長而空洞的溢美之詞。
《史記·五帝本紀》載：「高辛生而神靈，自言其名。普施利物，不於其身。聰以知遠，明以察微。順天之義，知民之急。仁而威，惠而信，修身而天下服。取地之財而節用之，撫教萬民而利誨之，曆日月而迎送之，明鬼神而敬事之。其色鬱郁，其德嶷嶷。其動也時，其服也士。帝嚳溉執中而遍天下，日月所照，風雨所至，莫不從服。」
但也有一個關鍵點，就是把高辛等同於帝嚳，於是帝嚳就成了三大族群的始祖，分別是堯、商祖契、周祖棄，商祖出自高辛氏是《左傳》所載。
《左傳·昭公元年》有：「昔高辛氏有二子，伯曰閼伯，季曰實沈，居於曠林，不相能也。日尋幹戈，以相徵討。後帝不臧，遷閼伯於商丘，主辰。商人是因。」
周人祭祀嚳是《國語》所載。
《國語·展禽論祀爰居》載：「周人禘嚳而郊稷。」
但太史公又有意無意地忽略了《國語》中的另一條記載，「商人禘舜而祖契」，如此一來，契（閼伯）與棄也就共祖了，《左傳》記載閼伯曾擔任過陶唐氏火正，堯也就歸為帝嚳之子了。
帝嚳傳位於摯，摯之後才是堯，這個摯指的其實是少皞摯，這個人物在《左傳》中有記載，是郯子的祖先。
《左傳·昭公十七年》有：「我高祖少皞摯之立也，鳳鳥適至，故紀於鳥，為鳥師而鳥名。」
先秦時期的「五方上帝」中是有少皞一席的，《五帝本紀》中把他安排成了帝嚳的兒子，成為帝嚳到堯的過渡者，「帝嚳娶陳鋒氏女，生放勳。娶娵訾氏女，生摯。帝嚳崩，而摯代立。帝摯立，不善，而弟放勳立，是為帝堯。」，這也算是對「五方上帝」的致敬吧，其實，這段記載是有歷史背景的，牽扯到北來的堯舜集團對東夷勢力的徵服。
帝堯
帝堯是《五帝本紀》重點寫的人物，其內容主要取自《尚書·堯典》，甚至可以把《五帝本紀》中對堯的記載看作是太史公對《堯典》的解讀，《堯典》雖然歸為虞書，但應該是《尚書》諸篇中成文較晚的，其內容是典型的戰國時期的儒家思想。
《尚書·堯典》有：「曰若稽古帝堯，曰放勳，欽、明、文、思、安安，允恭克讓，光被四表，格於上下。克明峻德，以親九族。九族既睦，平章百姓。百姓昭明，協和萬邦。」
這段其實可以對照著《大學》來理解，屬儒家的曾子學派，無非是《大學》講理論，《堯典》講應用。個人的看法是《堯典》成書是要晚於《大學》的，這裡面有較多的整合和附會，其主旨不在歷史，而是政治。
堯的功績很多，其中最大的就是禪位於舜，這個是可信的，這是一種部落聯盟的輪政制度。在《五帝本紀》裡，這相當於堯把帝位又還給了昌意支系，這個說法值得商榷。
帝舜
舜是神一樣的人物，有非常豐富的史料，所以太史公在寫舜的時候手頭資料過於豐富，還是以《尚書》為主，吸收了《左傳》的記載，並且有接受了一些傳說和眾家文獻的內容，典型的像儒家的《孟子》，墨家的《墨子》等，如此一來，舜這個人物的形象就很分裂。
講忠孝，甚至是愚孝。
《五帝本紀》有：舜父瞽叟盲，而舜母死，瞽叟更娶妻而生象，象傲。瞽叟愛後妻子，常欲殺舜，舜避逃；及有小過，則受罪。順事父及後母與弟，日以篤謹，匪有解。
這取材於《孟子》。
講親力親為，耕作捕魚。
《五帝本紀》有：舜耕歷山，漁雷澤，陶河濱，作什器於壽丘，就時於負夏。
這取材於《墨子》。
講功績，驅逐「四兇」，徵討「三苗」。
《五帝本紀》有：昔帝鴻氏有不才子，掩義隱賊，好行兇慝，天下謂之渾沌。少暤氏有不才子，毀信惡忠，崇飾惡言，天下謂之窮奇。顓頊氏有不才子，不可教訓，不知話言，天下謂之檮杌。此三族世憂之。至於堯，堯未能去。縉雲氏有不才子，貪於飲食，冒於貨賄，天下謂之饕餮。天下惡之，比之三兇。舜賓於四門，乃流四兇族，遷於四裔，以御螭魅，於是四門闢，言毋兇人也。
這取材於《左傳》。
講施政治國。
《五帝本紀》有：此二十二人鹹成厥功：皋陶為大理，平，民各伏得其實；伯夷主禮，上下鹹讓；垂主工師，百工致功；益主虞，山澤闢；棄主稷，百穀時茂；契主司徒，百姓親和；龍主賓客，遠人至；十二牧行而九州莫敢闢違；唯禹之功為大，披九山，通九澤，決九河，定九州，各以其職來貢，不失厥宜。方五千裡，至於荒服。南撫交趾、北發，西戎、析枝、渠廋、氐、羌，北山戎、發、息慎，東長、鳥夷，四海之內鹹戴帝舜之功。於是禹乃興九招之樂，致異物，鳳皇來翔。天下明德皆自虞帝始。
這取材於《尚書》。
也就是說，舜相當於集道德楷模、軍事天才、政治領袖、勤懇農民標籤於一身，這哪裡是人，簡直是神，自古以來，能與舜相比的人不曾有過，也不可能有過，因為有些標籤本身就是相矛盾的。如果非得在歷史上找一個能與舜相接近的，也許只有王莽了，除了軍事天才，其它三個標籤是可以勉強貼上的。
小結
拆解《五帝本紀》不是否定「五帝」的存在，相反，我堅信「五帝」是存在的，只是希望大家不要過於迷信《史記》，至少不要迷信《五帝本紀》，《五帝本紀》是真假材料雜糅的，其中取自《左傳》、《國語》和《山海經》的部分最可靠，太史公實地走訪得到的民間傳說也是比較可信的，取自《尚書》的內容真假參半，而取自《孟子》及其它儒家文獻的內容的可信度都不高，因為孟子講的舜壓根就不是孔子講的舜，孔子講的舜是政治領袖，與《尚書》的立場相近。
《論語》有：子曰：「無為而治者，其舜也與？夫何為哉。恭己正南面而已矣。」
而孟子講的舜是道德楷模，來自他的老家東夷。
最不可信的自然是以政治正確為宗旨進行的上古人物大整合，這個工作不一定是太史公所為，但太史公採信了這些有目的的整合，當然，這並不是什麼過錯，對一個具體的時代而言，時代的需要遠比歷史的客觀更重要，但是作為後來者，我們不能還迷信過往時代的那個「需要」。