近年來，工傷認定案件逐年上升，一方面反映了用人單位勞動保護措施有待加強，提高安全生產意識，另一方面也反映了工傷職工的維權意識逐步提高。在實際工作中，工傷認定工作主要面臨如下幾個方面的問題：
一、建築行業、個人掛靠其他單位對外經營的情況認定難
《工傷保險條例》第十八條規定提出工傷認定應當提交下列材料：工傷認定申請表、與用人單位存在勞動關係（包括事實勞動關係）的證明材料、醫療診斷證明或者職業病診斷證明書（或者職業病診斷鑑定書）。按照《工傷保險條例》此條的規定，勞動關係是工傷認定的前提。但是對於用工單位違反法律法規規定將承包業務轉包給不具備用工主體資格的組織或者自然人，該組織或者自然人聘用的職工從事承包業務時因工傷亡和個人掛靠其他單位對外經營，其聘用人員因工傷亡的情形，目前仲裁委及法院民庭均不認可存在勞動關係（根據《全國民事審判工作會議紀要》第62條規定的對於發包人將建設工程發包給承包人，承包人又轉包或者分包給實際施工人，實際施工人招用的勞動者請求確認與發包人之間存在勞動關係的，人民法院不予支持；（2013）民一他字第16號最高人民法院關於車輛實際所有人聘用的司機與掛靠單位之間是否形成事實勞動關係的答覆意見：個人購買的車輛掛靠其他單位且以掛靠單位的名義對外經營的，根據2008年1月1日起實施的《勞動合同法》規定的精神，其聘用的司機與掛靠單位之間不具備勞動關係的基本特徵，不宜認定其形成了事實勞動關係）；而最高人民法院行政審判庭《關於車輛掛靠其他單位經營車輛實際所有人聘請的司機工作中傷亡能否認定為工傷問題的答覆》中認為,掛靠車主聘用的司機與掛靠單位之間是事實勞動關係，最高人民法院關於審理工傷保險行政案件若干問題的規定（法釋[2014]9號文）第三條第四、五款規定的用工單位和被掛靠單位為承擔工傷保險責任的單位。這就造成對於非法轉包、掛靠經營這兩種情形作出認定與否相互矛盾。如作出認定，則違反《工傷保險條例》，反之，則違反最高人民法院司法解釋。
二、責任劃分不清的交通事故認定工傷難
對上下班途中發生非本人主要責任的交通事故，需要以公安機關交通管理部門的事故責任認定為依據。但對於公安機關交通管理部門無法認定事故責任或責任認定有明顯錯誤的交通事故，如果社會保險行政部門對此出具不予認定決定書，法院往往會判社會保險行政部門敗訴，試想，公安機關交通管理部門都不能對交通事故作出責任劃分認定，社會保險行政部門又怎能對此作出認定？
三、調查取證難
如果用人單位沒有為職工參加工傷保險，社會保險行政部門調查取證時用人單位一般都不配合，用人單位在社會保險行政部門工作人員前來調查時拒不開門或送達工傷調查通知書時拒收，有的甚至採取語言或暴力相威脅，有的是老闆逃走或者單位地址更改根本就找不到；如果用人單位為職工參加工傷保險，有時則會出現用人單位和職工聯合造假材料以騙取工傷保險基金，有的用人單位在快到1個月的申請期限時才來申請工傷認定，第一現場可能已不存在，甚至相關證人也無從問詢，為查清事實真相造成了一定的困難。《工傷保險條例》中規定的舉證責任為舉證責任倒置，如果是用人單位為職工申請工傷，那麼社會保險行政部門即使在對證人調查時查出申報的為虛假材料，社會保險行政部門作出不予認定工傷決定，法院往往也以社會保險行政部門無法查清職工在何處受傷為由判社會保險行政部門敗訴。雖然人社部關於執行《工傷保險條例》若干問題的意見第六條已規定符合條例十五條第（一）項情形的用人單位原則上應自死亡之日起5個工作日內社會保險行政部門報告，但是此條僅規定突發疾病死亡視同工傷的情形，且並沒有的具體的操作細則，往往難以取得良好的效果。
四、申請人作虛假材料懲處難
尤其是用人單位為職工繳納工傷保險的情形，社會保險行政部門調查出申請人提交虛假材料或者證人作偽證，沒有相應的懲罰措施。《工傷保險條例》第六十一條也僅是規定:「用人單位、工傷職工或者近親屬騙取工傷保險待遇，…由社會保險行政部門責令返還…,情節嚴重，構成犯罪的，依法追究刑事責任」。對於申請人提交虛假材料或證人作偽證但沒有騙取到工傷保險待遇的情形，目前沒有相關懲罰措施的法律依據。
五、工傷認定及取得待遇賠償難
未繳納工傷保險的職工，如果發生傷亡，用人單位往往賠償積極性不高，甚至有意拖延時間。職工發生傷亡後，用人單位往往會窮盡所有程序，要求先確認勞動關係一裁兩審-工傷認定下達後行政複議、行政訴訟一審、二審、勞動能力鑑定、再次申請鑑定-工傷保險待遇一裁兩審，有的甚至在工傷認定程序中申請再審、抗訴，待所有司法程序完成後，可能要1-2年甚至更長時間，這樣在很大程度上增加了工傷職工維權成本。而且，還存在執行難、用人單位註銷或破產的風險。
解決工傷認定問題的對策建議
一、依法督促用人單位依法為職工參加工傷保險。工傷保險是國家通過立法確立的社會保險制度，具有強制性的特徵，用人單位應該為全部職工依法參加工傷保險，對用人單位應當參保而未參保或未全員參保的，社會保險行政部門要督促用人單位依法參加工傷保險。
二、社會保險行政部門行政執法人員應加強對《社會保險法》、《工傷保險條例》及其相關勞動法律法規的學習，依法公平公正的辦理工傷認定案件，對於事實清楚、權力義務明確的工傷認定申請，依法快速作出決定，依法維護用人單位和受傷害職工的合法權益；對於複雜疑難案件，又要依法嚴格履行調查核實程序，杜絕違規騙保行為。
三、通過普法增強單位和職工的法律意識。加大《勞動法》、《社會保險法》、《工傷保險條例》等法律法規的宣傳教育力度，提高單位和職工的法律意識和法律素質。採取靈活多樣的法律法規宣傳形式，擴大法律宣傳面，同時，將《工傷保險條例》有關工傷認定的相關法條印製成宣傳單，深入企業發放，以形成良好的工傷保險法律宣傳氛圍。
四、建議上級部門建立健全工傷認定的相關法律法規。第一，在工傷認定案件中存在的各種問題，很大程度上源於有關工傷認定法律法規規定的不明確、不完善、不具體，導致社會保險行政部門對工傷事故進行認定時，對法律理解適用產生分歧的情況時有發生。因此，要從根本上解決處理工傷認定案件遇到的各種問題，必須完善有關法律法規。特別是建築行業非法轉包、個人掛靠其他單位對外經營、交通事故責任無法劃分、突發疾病死亡視同工傷的認定問題，是目前爭議和分歧最大的地方。而《工傷保險條例》對此規定得比較簡單、抽象，使案件的處理有較大的靈活性和自由裁量空間。建議有關部門制定工傷認定的相關補充規定、實施細則，規範處理標準，有效地指導工傷認定工作；第二，建議在《工傷保險條例》中增加相關規定，凡重大工傷事故，應要求用人單位在事故發生後第一時間（如24小時內）向社會保險行政部門報告，社會保險行政部門應及時對事實及證人進行調查，以保證工傷認定的客觀、準確；第三，對於社會保險行政部門調查出申請人提交虛假材料或證人作偽證的情況，應配套相關懲罰措施的法律依據。