崇祉十七年（1644）三月，大順軍會師北京城下。十七日，李自成親自指揮大軍環攻九門。十八日，大順軍將士架飛梯奮力攻城，越牆而入，攻佔外城。與此同時，明太監曹化淳獻彰義門投降。崇禎帝朱由檢聽到城破，立即命其三個兒子更衣出逃，逼周皇后自縊，劍砍長女樂安公主手臂，又殺妃嬪數人，然後換上便服，攜太監王承恩等數十人，出東華門，企圖出逃，沒成功，又返回宮內。十九日清晨，李自成軍攻破內城。崇禎親自響鐘召集百官，竟無一人響應，崇禎見大勢已去，便與太監王承恩入內苑，對縊於煤山（今景山）壽皇亭樹下，明朝至此宣告滅亡。
崇德八年（1643）八月初九日，清太宗病死。隨即在皇位繼承問題上，皇親貴族內部發生了尖銳的衝突。最終提出立太宗第九子，不滿六歲的福臨為帝，由睿親王多爾袞和鄭親王濟爾哈朗輔政，聲稱待到福臨年長之後即歸政。這一折衷方案被諸王貝勒所接受，從而避免了滿洲貴族的分裂。福臨於順治元年（1644）入關後，改元順治。
史可法，順天大興（今北京大興縣）人，明南京兵部尚書，參贊機務，控制著陪都、江南和淮揚地區。崇祉十七年（1644）二月，他曾受崇禎帝命，以督師名義出兵「勤王」。四月十一日，史可法傳令江南各鎮兵入援，誓師勤王。二十二日聽到京師已被農民軍攻破，北向痛哭，發喪，誓師浦口，欲長驅入京，與農民軍決一死戰。南京的群僚諸將因兵力不足，不敢與農民軍對抗，紛紛請史可法擇新君以定南都。於是，史可法只得回到了南京。
崇祉十七年（1644）四月初九日，多爾袞統率大軍，出師中原。先是，四月初七日清廷以多爾袞將出師中原，祭告太祖、太宗。祭文說，經過去年八月和今年二月的兩次戰鬥，山海關外地區盡為清廷所有，完成了太祖努爾哈赤的夙志，現特命多爾袞率軍伐明。初八日，順治親自召見多爾袞，特授給奉命大將軍印，掌管軍中一切賞罰大事，並要諸王、貝勒、貝子、公、大臣等聽從指揮，同心協力，以圖進取。初九日，多爾袞同多羅豫郡王多鐸、多羅武英郡王阿濟格、恭順王孔有德、懷順王耿仲明、智順王尚可喜、續順公沈志祥等，以及八旗固山額真、梅勒章京至堂子奏樂行禮，又陳列八纛向天行禮。然後，統領滿洲、蒙古兵及漢軍兵總計約十四萬人，鳴炮起行，討伐明朝。
李自成佔領北京後，雖然明朝滅亡了，但是距離北京不遠的山海關，還駐紮明寧遠總兵、平西伯吳三桂率領的精銳兵力，直接威脅著北京的安全。因此，李自成準備的招撫吳三桂後登極為帝，然後派大軍南下以完成一統大業。後來，由於吳三桂一再拒撫轉為公開對抗，李自成決定東徵，以剷除吳三桂的勢力。崇祉十七年（1644）四月十三日，他率軍由北京出發，二十一日到達山海關。這樣緩慢的行軍速度貽誤了戰機。四月二十一、二日，農民軍和吳軍展開了激戰，由於清軍猝然從陣中衝出，農民軍措手不及，吃了敗仗。李自成率騎兵數千急忙退至永平（今河北盧龍縣），各首領和散失的農民軍也乘夜回到了永平。二十四日，清軍和吳三桂軍追至永平。李自成因農民軍日夜戰鬥，疲乏已極，無法再戰，揮軍阻擊了一陣之後，放棄了永平，二十七日率軍回到了北京。至此，東徵失敗了。
吳三桂，遼東籍，武舉出身，崇禎十二年（1639）底任明遼東總兵官，在遼東專擅一方。順治元年（1644）三月被明廷封為平西伯。三月初六日，明廷鑑於李自成農民軍向京畿地區勝利進軍、北京局勢十分危急的情況，令吳三桂入援京師。吳三桂接到命令後，雖兵發京師，但行師遲緩，十四日抵豐潤（今河北豐潤縣）時聞京師失陷，即返師山海關。不久，他接到李自成的勸降信，心中猶疑未決：他一方面因缺乏糧餉，兵力也不足，不足以和農民軍對抗；另一方面因在遼東擁有大量田莊和財產，擔心投降農民軍會喪失自己擁有的勢力和地位。當他權衡再三，決定自率精銳赴北京投降時，得知愛妾陳圓圓被農民軍將領劉宗敏霸佔的消息，便以此為由與農民軍公開作對。二十七日，吳三桂看到農民軍大舉進攻山海關的跡象日益明顯，派副將楊坤等攜書信向清攝政王多爾袞「乞師」，書中要求與清合師抵北京，「滅流寇於宮廷」，並給其土地、財帛作為酬答。多爾袞接信後，立即覆信說清軍南下的目的要代明統治中國，如果吳三桂降清，必封以故土，晉為藩王。吳三桂在收得覆信時，農民軍的大隊人馬已逼近山海關，此時已無討價還價的餘地了，立即表示降清。吳三桂降清，為清廷打開了逐鹿中原的廈門，為其最後奪取全國鋪平了道路。
山海關之戰後，李自成敗歸北京。崇祉十七年（1644）四月二十七日，他從德勝門入東華門，原明廷一些官吏上表勸進，大將劉宗敏也說：「若不正大位，即求還關中，不可得也」。李自成決定從速登基。二十九日上等，他在明皇宮武英殿內即皇帝位，接受群臣的朝賀。定國號大順，建元永昌，追尊七代祖妣為帝後，立妻高氏為皇后。但這個匆忙的即位儀式實質上也是一個告別儀式。因為當時北京城內嚴重缺糧，明朝殘餘勢力待機而動，城外又沒有援兵，加之清兵和吳三桂軍正在窮追不捨，於是李自成決定暫留幾千農民軍守城外，其他束裝待發。次日五更，他率領農民軍出了阜城門，奔馳在回陝西的路上，永遠地離開了北京這座宏偉壯麗的古都。李自成離京後，北京又回到了明朝官僚地主手中。兩天後五月初二日，攝政王多爾袞在數萬名清兵的簇擁下進入北京，並居武英殿稱制，開始了清廷對北京的統治。
李自成率領農民軍離開北京、返回陝西時，曾攜帶明崇禎太子同行。剛出北京，即遭到吳三桂的襲擊，太子走失。於是，京師內外流傳吳三桂擁太子入都的謠言。崇祉十七年（1644）五月二日，原明官吏立崇禎牌位於午門哭臨，並忙備車駕儀仗出朝陽門迎接太子。不久，有數萬騎兵到來，臣民仰視，卻是清攝政王多爾袞。正在驚愕間，清兵已大隊入城。次日，故明官吏決定改換門庭，上表勸進多爾袞為帝。勸進表雖成廢紙，但多爾袞看到明官吏肯忠順清朝，於是著意籠絡和留用明朝大小官僚。他採取的主要措施有：按帝禮為崇禎發喪，諡崇禎為懷安端皇帝；地方官吏歸順者晉級，抗拒者予以嚴懲；明宗室來歸者，不奪王爵，繼續享有特權；安撫百姓，廢除明末三餉加派；繼續鎮壓農民軍，派平西王吳三桂、英親王阿濟格、豫親王多鐸率兵兼程追剿李自成、張獻忠領導的農民軍。這就使剛入關的清統治者很快取得了京畿一帶官僚、地主的支持，北京的形勢也得到了初步的穩定。
多爾袞入據北京後，認識到要維護滿族貴州的統治，除了籠絡、控制和利用漢族地主階級外，就必須充分依靠八旗武裝作為統治工具。為此，他把南城作為民居，盡圈東、西、北、中城為八旗營地，並使八旗按方位分訊駐守，以環拱紫禁城池。各旗在京城駐守的範圍如下：左翼－鑲黃旗在安定內門，正白旗在東直門內，鑲白旗在朝陽門內，正藍旗在崇文門內；右翼－正黃旗在德勝門內，正紅旗在西直門內，鑲紅旗在阜城門內，鑲藍旗在宣武門內。
順治元年（1644），清廷定都北京後，設立了步軍統領（或稱九門提督），以統轄滿、蒙、漢八旗步軍營及九門官兵，同時兼管巡捕二營（南北二營）事務。順治十六年，清廷又添設巡捕中營，隸步軍統領麾下。至此，步軍統領的全稱為「提督九門步軍巡捕三營統領。」
崇祉十七年、順治元年（1644）五月初三日，攝政王多爾袞在給故明內外官民的諭旨中下令：「凡投誠官吏軍民皆著剃髮」，是為剃髮令。漢人的習俗，原本是將頭髮束在頭頂；而滿人的習俗，則是在頭髮中間編成髮辮，垂於腦後，周圍剃去。強制漢人剃髮，改變民族習俗，實質是要在精神上徵服漢人，自然引起了漢族人民的強烈反對。二十四日，多爾袞鑑於清統治尚未穩固，宣布收回成命，允許漢人照舊束髮。順治二年（1645）六月十五日，清廷在消滅了南明福王政權之後，認為自己的統治已經穩固，再次頒布剃髮令。宣布自布告發出後，京城內外軍民限十日內剃髮，各省軍民自部文到日起也限十日內剃髮。剃髮令措詞極其嚴厲：「遵依者為我國之民，遲疑者同逆命之寇，必置重罪。」但是，這不僅沒有嚇倒大江南北的漢民，反而激發了他們的反抗情緒。廣大農民、工商業者，有氣節的士大夫和中小地主、總分官僚豪紳，都堅決反對剃髮。此後，隨著清軍的逐步深入，江南各地更展開了轟轟烈烈的反剃髮鬥爭。
順治元年（1644）四五月，當崇禎帝自殺、明朝滅亡，以及清兵入據燕京的消息傳到南京時，陪都南京陷入了一片混亂之中。明在南京的地主、官僚和軍閥為了逃避徹底覆亡的命運，議立新君。以馬士英為首的實力派以武力相威脅，擁立明神宗之孫、福王朱由崧。五月初三日，福王監國於南京，南朝政權由此建立。五月初五日，福王政權以馬士英、史可法等為東閣大學士，分江北為四鎮，由總兵劉澤清、高傑、劉良佐和靖南伯南得功分別駐守淮安、泗州（今安徽泗縣）、臨淮（今安徽鳳陽臨淮關）、廬州（今安徽合肥），以屏障南京，防範農民軍的進攻。
順治元年（1644），清廷定都北京後，滿族貴族統治集團強制推行圈地、緝逃人、剃髮、屠城等民族奴役、民族壓迫的措施，激起了漢族各階層人士一場持續的、廣泛的、有組織的民族抵抗運動。其中，一部分明朝遺民和其他地主階級及其知識分子標榜「君親之尊」、「華夏之防」，打著恢復「大明江山」的旗號，披髮跣足，奔走呼號，掀起了重要波瀾。這就是清初歷史上著名的復明運動。隨著反清鬥爭的深入，復明運動的目的有很大不同：一部分地主、官僚哭祭崇禎，聲稱要相隨高皇（明太祖），恢復朱明皇的統治；另一部分地主縉紳、士大夫不是一般地倡言封建綱常、死心塌地忠於一家一姓、眷戀明朝統治，而是首先在於反對滿族貴族統治集團的民族奴役和民族壓迫措施，恢復漢族地主的統治。
順治元年（1644）六月十一日，攝政王多爾袞與諸王、貝勒、大臣等定議，應建都燕京，派遣輔國公吞齊喀等攜奏章迎駕。七月初八日，順治帝在告上帝文中宣布：接受多爾袞的奏請，「遷都定鼎，作京於燕」。八月二十日，順治車駕自盛京啟行，九月十九日至京師，自正陽門入宮。
順治元年（1644）五月，江南金壇「削鼻班」參加抗清鬥爭。明代，江南的地主豪紳稱其家內奴僕為「鼻頭」，任意驅使，橫加撻罰。明末，隨著階級矛盾的尖銳化，這些家內奴僕也起而反抗地主豪紳。他們為了洗刷「鼻頭」的侮辱，自稱為「削鼻州」。清軍南下後，「削鼻班」也加入到轟轟烈烈的反清鬥爭洪流中。金壇彭氏奴僕，「削鼻班」首領潘茂、潘珍自稱主帥，聚集數萬人，於順治元年五月攻下金壇縣城，接著又進攻附近州縣，屢敗清軍，擾得清統治者不得安寧。次年，清昂邦章京哈哈木親統大軍前來圍剿，由於原明錦衣指揮、金壇縣人史順震的告密，清軍採用突然襲擊的戰術，捕獲了潘茂、潘珍，並將他們解往南京處死。
順治元年（1644）七月初十日，金聲、江天一在安徽績溪起兵抗清。金聲，字正希，安徽休寧人。崇禎曾封他為翰林院修撰。福王監國時，他被封為左僉都御史，但因與馬士英有矛盾而未到任，與門人江天一在家鄉日夜操練鄉勇，準備抗清。七月初十日，金聲率紳衿士民哭於明太祖朱元璋像前，舉起了反清大旗。之後，他聽從江天一的建議，在績溪築起了叢山關，屯軍其中，並號召各地起義。不久，一些回到原籍的明朝官吏，如山東御史、寧國人丘祖德，職方郎中、涇縣人尹民興，徽州推官溫璜、池州人吳應箕等紛起響應，很快攻克了寧國、涇縣、旌德。八月，清兵三路來攻，但金聲等毫不畏懼，採取聲東擊西，乘間出擊的戰術，殺傷眾多清兵。雙方相持累月，終於寡不敵眾，旌德、寧國、涇縣先後落入清軍之手。十月初九日，降將黃澍詐稱援兵，騙取了金聲的信任。次日，清兵裡應外合，攻陷績溪。金聲、江一聲被俘後，威武不屈，從容就死。
多爾袞入據京師後，京南的真定（今河北正定縣）、保定、內黃、大名、冀州（今河北冀縣）等地燃遍了抗清的烽火，到處樹起抗清義幟。其中，保定香爐寨農民錢子亮、錢樓，喬家寨農民趙建英，寧晉泊農民韓國壁等，號稱大王、都司；內黃農民蘇自興聯絡李自成部將王鼎鉉，各稱總督、大元帥。他們紛紛據險要為基地，起兵抗清，聲勢浩大。有的還聯絡山東、河南義軍，有的潛入北京，散布流言，諸如當年八月中秋，清軍要屠城，殺掉老、壯，僅留青年和小孩；「滿州的頭子們馬上要滾回老家了」等等，攪得人心惶惶，統治者也張皇失措，手忙腳亂。順治元年七月二十七日，清廷以降將沈文奎為右副都御史，巡撫保定。他一到任，各州縣告急文書紛沓而至。沈文奎「拮据宵旦，多方調遣」，首先招降了真定義軍首領趙崇陽，通過趙崇陽捕斬了韓國壁；接著令總兵王燝帶兵圍剿各路義軍，先後擒殺了錢子亮、趙建英、蘇自興等。至該年底，畿南農民軍基本上被清廷鎮壓。
清廷入關以後，統治者為了維護滿族貴族的特權地位，增加奴僕的數量，實行了逼民「投充」的政策，準許各旗招收失去生計的貧民，以供「役使之用」。後來因遭到人民的反對，攝政王多爾袞在順治元年（1644）七月十七日下令：凡能自贍的新附軍民，不準投充為奴。但這一紙禁令不能解決任何問題，在滿族貴族的逼迫下，發展到「不論貧富，相率投率」的地步。許多人因害怕土地被圈，或因逃避賦役，攜帶土地投充旗下；還有的將他姓地土認為己業帶投旗下，造成一人投充而一家皆冒為旗下，府縣無冊可查，真假莫辨，政府控制的人戶大為減少。此後，清廷又數次下令，重申禁止投充，但直至康熙初年，「投充」事件仍時有發生。
烏龍會是明末清初江南農民和家內奴僕反抗封建統治的組織。順治元年（1644），李自成農民軍攻破北京的消息傳到江南後，鼓舞了當地受壓迫的農民和家內奴僕。家奴出身的顧慎卿和貧寒士人呂茂成在松江、上海等地組織烏龍會，宣布大地主恃強凌弱的罪狀，勒令其交出家產。清兵南下後，他們又積極地在軍事上作抗清的準備，並計劃攻佔松江城，以抗拒清兵蠻橫殘暴的剃髮命令。七月三十日，在清兵的殘暴鎮壓下，顧慎卿受重傷，呂茂成英勇犧牲，烏龍會受到了一次沉重打擊。但是，烏龍會的成員繼續進行抗清鬥爭，他們中有的和太湖赤腳張三領導的白頭軍合流，有的加入到聲援鄭成功抗清活動的行列之中，成為抗清的重要力量之一。
順治帝入關定都北京後，即設立了內務府，以管理宮禁事務。順治十一年（1654）裁撤，順治十八年康熙即帝位後又重新恢復。內務府衙門當時分「內務府堂」（簡稱「堂上」，又稱「本府」）及所屬「七司」、「二院」等，總機關稱「總管內務府衙門」。其最高官員為「總管內務府」。所屬「七司」是：御用監，係為內務府掌管府藏及出納總匯的機構；尚膳監，掌內務府所屬武職官的銓選、任用及圍獵、捕魚之事，順治十八年改為採捕衙門；鐘鼓司，掌內廷禮樂並考核太監品級，順治十三年改為禮儀監，順治十七年又易名為禮儀院；內官監，管理內務府帑項出納及莊園地畝之事，順治十七年易名為宣徽院；借薪司，掌宮廷繕修工程事務，順治十八年易名為內工部；三旗牛羊群牧處，掌牛羊畜牧事務；尚方司，掌審擬上三旗的刑名案件，順治十一年設，十二年改為尚方院。所屬「二院」是：御馬，掌掌「御用」馬匹，順治十八年易名為「阿敦衙門」（阿敦系滿語，意為馬群）；鞍樓，是製備兵具、器械的機構，順治十一年易名為兵仗局，順治十八年又改為武備院。
順治初年，清廷為解決軍費的不足和財政困難，實行捐納。允許士子「納粟入監」，但是不能得官。後來放寬一步，允許被革職的官員納糧，以恢復原來的官職。
順治元年（1644）清廷入關後，建立起八旗常備兵制，仍嚴格實行按民族分別編制的原則，則滿州、蒙古、漢軍各為八旗，兵額總數約為二十二萬餘人。八旗兵以滿州八旗為基幹，採取世襲兵制，在年十六歲以上的八旗子弟中挑補旗兵。滿、蒙、漢八旗，每旗各設都統（滿語稱固山額真）一人，副都統（滿語稱梅勒章京）二人；所屬驍騎參領（滿語稱甲喇章京），滿洲、漢軍每旗各五人，蒙古每旗二人。鑲黃、正黃、正白為上三旗，其兵丁負責保衛宮廷；鑲白、正紅、鑲紅、正藍、鑲黃為下五旗。行軍巡狩以上三旗和正藍共四旗居左為左翼，其餘四旗居右為右翼。
順治元年（1644），清廷略仿明制，制定了內外文武官制。設翰林院，置漢掌院學士一人，侍讀、侍講學士各二人。改部院左右參政為左右侍郎。改理事官為郎中，付理事官為員外郎。
順治帝和歷代統治者一樣，也把儒家思想奉為正統，極力提倡尊孔讀經。順治元年（1644）六月十六日，清廷遣官祭先師孔子，是為入關後的首次祭孔。順治於定鼎登基禮的第二天，即在十月初一日，便以孔子六十五代孫孔允植仍襲封衍聖公，兼太子太傅；孔允鈺等仍襲五經博士。第二年的正月二十七日，改孔子神牌為「大成至聖文宣先師孔子」。順治十四年（1657）二月十六日，順治又從吏科都給事中張文光奏請，將孔子神牌仍改為至聖先師。
山東西部曹州一帶的榆園農民軍，原是一支堅強的反明起義隊伍。順治元年（1644）清軍佔領北京之後，榆園軍在李化鯨等人的領導下轉入抗清鬥爭，成為直魯豫三省交界地區的抗清中心力量。李化鯨等人以濮州、範縣（今河南範縣）為基地，率軍四出攻擊清軍，並奉明宗室忠義王為號召。反清隊伍發展很快，人數達數十萬。順治四年（1647），榆園軍還準備與河北農民軍會師圍攻大名，直逼北京。這時，降清後居住北京的劉澤清（南明福王政權江北四鎮之一）也致書李化鯨，要為農民軍作內應，事洩被清廷逮捕。清廷看到榆園軍勢力強大和河北危急，急調出徵浙江的原明降將張存仁，總督直魯豫三省軍務，駐紮大名，集中力量剿殺榆園軍。李化鯨等揮師山東，於順治五年七月間連陷曹縣、定陶、城武等地，並立天正年號，設官分部，封王、公、候，任命州縣官。八月初一日，清廷調重兵圍困曹縣城。榆園軍奮起抵抗，炮火轟天，矢石如雨，殺傷了大量清兵。清廷看到單靠武力圍困不能迅速攻下曹縣，便派河督楊方興前往「撫慰」，九月十五日李化鯨等人出城與清軍談判時被生擒，十八日又被押解進京，十一月十二日與劉澤清並其弟、侄被清廷處死。李化鯨犧牲後，榆園軍的抗清活動仍在魯西地區進行著。
順治元年（1644）五月，李自成率大順軍西撤後，山東袞、沂二州所屬各縣農民紛起抗清。山東嘉祥縣滿家洞農民軍，就是其中著名而又突出的一支。滿家洞界連嘉祥、金鄉等四縣，周圍二三百裡，有大小洞穴千餘個。八月間，當地農民軍領袖宮文彩，自稱擎天王，擁眾二萬餘人豎旗抗擊清軍南下，旗幟上大書「大順」年號，公開表示追隨李自成領導的大順農民軍。他們以滿家洞為根據地，聯合周圍的農民軍，經常神出鬼沒地打擊清軍。清廷獲知消息後，即派濟寧道朱國治率軍前往鎮壓。朱國治等人剿撫兼施，多次派人宣諭詔安，起義軍虛與周旋，實則擺列火炮、槍刀與清軍「相角」。次年初，肅親王豪格親自坐鎮濟寧，調動滿兵、鄉兵約六千餘人圍困滿家洞，宮文彩等二十餘人被誘斬。後來，豪格離任回京。六月，清軍在河道總督楊方興的指揮下，大肆進行燒殺，切斷水源，堵塞二百五十一個山洞，農民軍將士大多自縊身亡，寧死不屈。至此，滿家洞農民軍的抗清鬥爭才宣告結束。
弘光政權建立後，弘光帝本人在過著逐酒徵歌、荒淫無恥生活的同時，深恐有人奪取他的皇帝寶座，於是發生了南渡三疑案。一是大悲獄案。大悲是安徽人，父親姓朱。早年在蘇州出家為僧時，與潞王常淓相遇，認做本家。順治元年冬天，他從蘇州來到南京，自稱定王，因「國變出家」，法號大悲。並在刑部審訊時高叫：潞王賢明，應為天子，弘光應該讓位。最後被弘光帝斬首。二是皇妃童氏案。弘光帝在明崇禎十四年（1641）初李自成農民軍攻破洛陽後，逃到開封，與周王府宮人童氏一見鍾情，封她為妃，不久兩人在荒亂中散失。弘光帝即位後，童氏前去投奔，弘光帝毫不眷戀恩愛之情，拒絕見面，並將其下獄。童氏呼天大哭，大罵弘光：「這短命人，少不得死我眼前。」並將一封細書其入宮日月、相離情事的信，求獄官轉交。豈知弘光接信後竟棄之不看，口喊：「吾不認得妖婦，速速嚴訊！」結果童氏被餓死。三是偽太子案。崇禎太子朱慈烺在李自成退出北京後，散失民間，久無消息，忽於順治二年二月來到南京。弘光群臣在審訊真偽時，有說此人是故明駙馬都尉王昺侄孫，被教詐冒東宮。弘光深恐他是真太子，奪自己帝位，但又懾於輿論，只得下詔旨說，暫交人護養，勿驟加刑，待天下百姓均明真相後再申以法律。弘光政權有此三案，弄得人心浮動，有人懷疑弘光帝也是假冒出來的，這更進一步加深了統治集團的矛盾。
順治元年（1644）十月初十日，順治帝在皇極門向全國頒發即位詔書，提出了「合行條例」凡五十五款。主要內容有：加封親王宗至及滿洲開國功臣；察敘滿洲將領及入關後降順之文武官紳；減免刑法，加恤出徵兵丁；地畝錢糧俱照明朝會計錄原額，自順治元年五月初一起徵；蠲免加徵之遼餉、新餉、練餉等項，以及清兵經過地方之錢糧；保護明朝及歷代帝王陵寢；徵聘隱逸山林中有才華者；敘用不貪贓枉法之明朝降謫官員，祿養或敘用歸順之明朝宗室、勳臣及其子弟；禁火耗、重科加罰、巧取民財；蠲免若干種折色銀、本色錢糧；對山陝「被流寇要挾，今悔過自新」的軍民，予以赦宥；禁重利放債、折準房地，等。
順治元年（1644）十月十七日，清廷制定了歲給諸王以下俸祿：攝政王每年俸銀三萬兩，輔政王一萬五千兩，親王一萬兩，郡王五千兩，貝勒二千五百兩，貝子一千二百五十兩，公六百二十五兩。順治三年（1646）二月初二日，減攝政王俸銀一萬兩。順治七年更定王以下官員俸銀為：和碩親王一萬兩，郡王四千兩，貝勒二千兩，貝子一千兩，宗室公五百兩，一二三等公俱一百兩，二三等伯俱九十兩，二三等鎮國將軍、三等精奇尼哈番俱八十兩，一三等阿思哈尼哈番俱七十兩，一三等阿達哈哈番俱六十兩，二等拜他喇布勒哈番四十兩，以次至驍騎校、護軍校、他赤哈哈番各二十五兩。順治七年（1650）正月十九日，清廷又定王以下官員每年支給俸米數；和碩親王六千石，郡王二千石，貝勒一千四百石，貝子八百石，宗室公六百石。公以下各有差，最低者驍騎校、護軍校等各三十石。
順治元年（1644）初，當李自成率領的大順農民軍向京師進軍時，張獻忠率領的大西農民軍在四川和明軍進行著殊死的戰鬥，八月前後攻佔了成都，接著派兵攻取四處州縣，所至皆克，降遵義和兩處土司未下外，據有全蜀。十一月十六日，張獻忠在成都建國稱帝，國號大西，建元大順，改成都為西京。他還採用了明初官制，任命左右丞相；設內閣六部，任命六尚書；封養子孫可望、李定國、劉文秀、艾能奇四人為王；立軍都督府以統率全軍，等等。大西政權建立後，立即遭到了明軍和地主武裝的圍剿。順治三年（1647）七月，張獻忠被迫放棄成都，退守西充縣。不料，這時清肅親王豪格正率軍進攻四川。十一月二十七日，清軍由叛變的大西軍將領劉進忠引路，突然襲擊西充鳳凰山張獻忠營地。張獻忠率馬步軍迎敵，打死了許多清將，一度包圍了清軍。不久，清援軍至，大破張獻忠軍，反敗為勝。張獻忠在混戰中犧牲。此後，孫可望、李定國等人也採取了聯明抗清的策略。
順治元年（1644）九月二十九日，李自成部將趙應元偵察到駐山東青州的清兵人少，於是假意向招撫山東侍郎王鰲永投降，入城後即將其執殺，豎旗抗清，並派人聯絡附近的農民軍。青州知府張文衡聞訊後，好言撫慰趙應元，騙取了趙的信任。十月初，清廷派梅勒額真和託等出徵山東，在青州西北駐防。初八日，張文衡和趙應元出城拜謁和託。當張、趙回城時，和託密令清兵隨之入城。夜晚，清兵乘趙應元不備，將他和親信數十人殺死，佔據了青州城。趙應元佔據青州不久，山東省兩支農民軍起兵響應：一支是高密人張輿稱總鎮大元帥，與武印、徐振、管相國等人聯絡趙應元的部隊，在膠州一帶抗擊清軍。十一月十八日，這支軍隊為清總兵柯永盛所敗，張輿被殺；另一支是由秦尚行、王家忠、翟從諤領導的登萊農民軍，這支軍隊聚眾萬人，共扶生員楊威為帝，在周圍三百裡內，「勢甚猖獗」。清總兵柯永盛在鎮壓張輿領導的農民軍之後，即趕赴登萊「徵剿」，秦尚行、楊威先後犧牲，「散其黨七千人」。