細菌分類體系：
1酸桿菌門(Acidobacteria)
1.1酸桿菌綱(Acidobacteria)
1.2全噬菌綱(Holophagae)
2 放線菌門(Actinobacteria)
2.1放線菌綱(Actinobacteria)
2.2酸微菌亞綱(Acidimicrobidae)
2.3放線菌亞綱(Actinobacteridae)
2.4紅色桿菌亞綱(Rubrobacteridae)
2.5球形桿菌亞綱(Sphaerobacteridae)
3產水菌門(Aquificae)
3.1產水菌綱(Aquificae)
4擬桿菌門(Bacteroidetes)
4.1擬桿菌綱(Bacteroidetes)
4.2黃桿菌綱(Flavobacteria)
4.3鞘脂桿菌綱(Sphingobacteria)
4.4綱未定
5衣原體門(Chlamydiae)
5.1衣原體綱(Chlamydiae)
6綠菌門(Chlorobi)
6.1綠菌綱(Chlorobia)
7綠彎菌門(Chloroflexi)
7.1厭氧繩菌綱(Anaerolineae)
7.2暖繩菌綱(Caldilineae)
7.3綠彎菌綱(Chloroflexi)
8產金菌門(Chrysiogenetes)
8.1產金菌綱(Chrysiogenetes)
9藍藻門(Cyanobacteria)
9.1藍藻綱(Cyanobacteria)
10脫鐵桿菌門(Deferribacteres)
10.1脫鐵桿菌綱(Deferribacteres)
11異常球菌-棲熱菌門(Deinococcus-Thermus)
11.1異常球菌綱(Deinococci)
12網團菌門(Dictyoglomi)
12.1網團菌綱(Dictyoglomi)
13纖維桿菌門(Fibrobacteres)
13.1纖維桿菌綱(Fibrobacteres)
14厚壁菌門(Firmicutes)（低G+C革蘭氏陽性菌）
14.1芽孢桿菌綱(Bacilli)
14.2梭菌綱(Clostridia)
14.3熱石桿菌綱(Thermolithobacteria)
15梭桿菌門(Fusobacteria)
15.1梭桿菌綱(Fusobacteria)
16芽單胞菌門(Gemmatimonadetes)
16.1芽單胞菌綱(Gemmatimonadetes)
17黏膠球形菌門(Lentisphaerae)
17.1黏膠球形菌綱(Lentisphaerae)
18硝化螺旋菌門(Nitrospirae)
18.1硝化螺旋菌綱(Nitrospira)
19浮黴菌門(Planctomycetes)
19.1浮黴菌綱(Planctomycetacia)
20海綿桿菌門(Poribacteria)
21變形菌門(Proteobacteria)
21.1α-變形菌綱(Alphaproteobacteria)
21.2 β-變形菌綱(Betaproteobacteria)
21.3 δ-變形菌綱(Deltaproteobacteria)
21.4 ε-變形菌綱(Epsilonproteobacteria)
21.5 γ-變形菌綱(Gammaproteobacteria)
22螺旋體門(Spirochaetes)
22.1螺旋體綱(Spirochaetes)
23柔膜菌門(Tenericutes)
23.1柔膜菌綱(Mollicutes)
24熱脫硫桿菌門(Thermodesulfobacteria)
24.1熱脫硫桿菌綱(Thermodesulfobacteria)
25熱微菌門(Thermomicrobia)
25.1熱微菌綱(Thermomicrobia)
26熱袍菌門(Thermotogae)
26.1熱袍菌綱(Thermotogae)
27疣微菌門(Verrucomicrobia)
27.1豐祐菌綱(Opitutae)
27.2疣微菌綱(Verrucomicrobiae)
28門未定
28.1纖線桿菌綱(Ktedonobacteria)
酸桿菌目(Acidobacteriales)
酸桿菌科(Acidobacteriaceae)
酸桿菌屬(Acidobacterium)
(Edaphobacter)(Terriglobus)
1.2全噬菌綱(Holophagae)石鱉桿菌目(Acanthopleuribacterales)
石鱉桿菌科(Acanthopleuribacteraceae)
石鱉桿菌屬(Acanthopleuribacter)
全噬菌目(Holophagales)
全噬菌科(Holophagaceae)
地發菌屬(Geothrix)
全噬菌屬(Holophaga)
2 放線菌門(Actinobacteria)2.1放線菌綱(Actinobacteria)2.2酸微菌亞綱(Acidimicrobidae)酸微菌目(Acidimicrobiales)
酸微菌亞目(Acidimicrobineae)
酸微菌科(Acidimicrobiaceae)
酸微菌屬(Acidimicrobium)
(Iamiaceae) (Iamia)
2.3放線菌亞綱(Actinobacteridae)放線菌目(Actinomycetales)
放線菌亞目(Actinomycineae)
放線菌科(Actinomycetaceae)
放線棒菌屬(Actinobaculum)
放線菌屬(Actinomyces)
隱秘桿菌屬(Arcanobacterium)
(Falcivibrio)
動彎桿菌屬(Mobiluncus)
(Varibaculum)(Actinopolysporineae) (Actinopolysporaceae) (Actinopolyspora)
(Catenulisporineae) (Actinospicaceae) (Actinospica)(Catenulisporaceae) (Catenulispora)
棒桿菌亞目(Corynebacterineae)
棒桿菌科(Corynebacteriaceae)
(Bacterionema)(Caseobacter)
棒桿菌屬(Corynebacterium)
(Turicella)
迪茨氏菌科(Dietziaceae)
迪茨氏菌屬(Dietzia)
分枝桿菌科(Mycobacteriaceae)
分枝桿菌屬(Mycobacterium) （含結核桿菌）
諾卡氏菌科(Nocardiaceae)
戈登氏菌屬(Gordonia)
(Micropolyspora)(Millisia)
諾卡氏菌屬(Nocardia)
紅球菌屬(Rhodococcus)
斯科曼氏菌屬(Skermania)
(Williamsia)(Smaragdicoccus)(Segniliparaceae) (Segniliparus)
束村氏菌科(Tsukamurellaceae)
束村氏菌屬(Tsukamurella)
弗蘭克氏菌亞目(Frankineae)
酸熱菌科(Acidothermaceae)
酸熱菌屬(Acidothermus)
弗蘭克氏菌科(Frankiaceae)
弗蘭克氏菌屬(Frankia)
地嗜皮菌科(Geodermatophilaceae)
芽球菌屬(Blastococcus)
地嗜皮菌屬(Geodermatophilus)
(Modestobacter)(Kineosporiaceae) (Cryptosporangium)(Kineococcus)
(Kineosporia)(Nakamurellaceae) (Humicoccus)(Nakamurella)(Quadrisphaera)
孢魚菌科(Sporichthyaceae)
孢魚菌屬(Sporichthya)
糖黴菌亞目(Glycomycineae)
糖黴菌科(Glycomycetaceae)
糖黴菌屬(Glycomyces)
(Stackerbrandtia)
微球菌亞目(Micrococcineae)
獲山氏菌科(Beutenbergiaceae)
獲山氏菌屬(Beutenbergia)
喬治菌屬(Georgenia)
薩勒河菌屬(Salana)
博戈裡亞湖菌科(Bogoriellaceae)
博戈裡亞湖菌屬(Bogoriella)
短桿菌科(Brevibacteriaceae)
短桿菌屬(Brevibacterium)
纖維素單胞菌科(Cellulomonadaceae)
纖維素單胞菌屬(Cellulomonas)
厄氏菌屬(Oerskovia)
(Tropheryma)(Dermabacteraceae)(Brachybacterium)(Dermabacter)(Dermacoccaceae)
(Demetria)(Dermacoccus)(Kytococcus)(Dermatophilaceae)(Dermatophilus)(Kineosphaera)
(Intrasporangiaceae)(Arsenicicoccus)(Humihabitans)(Intrasporangium)(Janibacter)(Knoellia)
(Kribbia)(Lapillicoccus)(Ornithinicoccus)(Ornithinimicrobium)(Oryzihumus)(Serinicoccus)
(Terrabacter)(Terracoccus)(Tetrasphaera)(Jonesiaceae)(Jonesia)(Microbacteriaceae)(Agreia)
(Agrococcus)(Agromyces)(Aureobacterium)(Clavibacter)(Cryobacterium)(Curtobacterium)
(Frigoribacterium)(Frondicola)(Gulosibacter)(Labedella)(Leifsonia)(Leucobacter)(Microbacterium)
(Microcella)(Mycetocola)(Okibacterium)(Plantibacter)(Pseudoclavibacter)(Rathayibacter)
(Rhodoglobus)(Salinibacterium)(Subtercola)(Yonghaparkia)(Zimmermannella)
微球菌科(Micrococcaceae)
(Acaricomes)
節桿菌屬(Arthrobacter)
(Citricoccus)(Kocuria)
微球菌屬(Micrococcus)
(Nesterenkonia)(Renibacterium)
羅氏菌屬(Rothia)
口腔球菌屬(Stomatococcus)
劉志恆菌屬(Zhihengliuella)
(Promicromonosporaceae) (Cellulosimicrobium)
(Isoptericola)(Myceligenerans)(Promicromonospora)
(Xylanibacterium)(Xylanimonas)(Rarobacteraceae) (Rarobacter)(Sanguibacteraceae)
血桿菌屬(Sanguibacter)
(Yaniaceae) (Yania)
科未定
(Actinotalea)(Demequina)(Phycicoccus)(Ruania)
微單孢菌亞目(Micromonosporineae)
微單孢菌科(Micromonosporaceae)
(Actinocatenispora)(Actinoplanes)(Amorphosporangium)(Ampullariella)(Asanoa)(Catellatospora)(Catenuloplanes)(Couchiolanes)(Dactylosporangium)(Krasilnikovia)
(Longispora)(Luedemannella)
微單孢菌屬(Micromonospora)
(Pilimelia)(Planopolyspora)(Polymorphospora)(Salinispora)(Spirilliplanes)(Verrucosispora)(Virgisporangium)
丙酸桿菌亞目(Propionibacterineae)
(Nocardioidaceae)(Actinopolymorpha)(Aeromicrobium)(Friedmanniella)(Hongia)(Kribbella)(Marmoricola)(Micropruina)(Nocardioides)(Pimelobacter)(Propionicicella)
(Propionicimonas)
丙酸桿菌科(Propionibacteriaceae)
河口微菌屬(Aestuariimicrobium)
(Arachnia)(Brooklawnia)(Granulicoccus)
江氏菌屬(Jiangella)
(Luteococcus)(Microlunatus)
丙酸桿菌屬(Propionibacterium)
(Propioniferax)(Propionimicrobium)(Tessaracocccus)(Pseudonocardineae)(Actinosynnemataceae)
(Actinokineospora)(Actinosynnema)(Lechevalieria)(Lentzea)(Saccharothrix)(Umezawaea)
(Pseudonocardiaceae)(Actinoalloteichus)(Actinobispora)(Amycolata)(Amycolatopsis)(Crossiella)
(Faenia)(Goodfellowia)(Kibdelosporangium)(Kutzneria)(Prauserella)(Pseudoamycolata)
(Pseudonocardia)(Saccharomonospora)(Saccharopolyspora)(Streptoalloteichus)
(Thermobispora)(Thermocrispum)
鏈黴菌亞目(Streptomycineae)
鏈黴菌科(Sterptomycetaceae)
(Actinopycnidium)(Actinosporangium)(Chainia)(Elytrosporangium)
北裡菌屬(Kitasatoa)
北裡孢菌屬(Kitasatospora)
(Microellobosporia)(Streptacidiphilus)
鏈黴菌屬(Streptomyces)
(Streptoverticillium)(Streptosporangineae)(Nocardiopsaceae)(Nocardiopsis)(Streptomonospora)
(Thermobifida)(Streptosporangiaceae)(Acrocarpospora)(Herbidospora)(Microbispora)
(Microtetraspora)(Nonomuraea)(Planobispora)(Planomonospora)(Planotetraspora)
(Sphaerisporangium)(Streptosporangium)(Thermopolyspora)(Thermomonosporaceae)
珊瑚狀放線菌屬(Actinocorallia)
(Actinomadura)(Excellospora)(Spirillospora)(Thermomonospora)
雙歧桿菌目(Bifidobacteriales)
雙歧桿菌科(Bifidobacteriaceae)
(Aeriscardovia)(Alloscardovia)
雙歧桿菌屬(Bifidobacterium)
(Gardnerella)(Metascardovia)(Parascardovia)(Scardovia)
科未定
(Coriobacteridae) (Coriobacteriales) (Coriobacterineae) (Coriobacteriaceae)
奇異菌屬(Atopobium)
(Collinsella)(Coriobacterium)(Cryptobacterium)(Denitrobacterium)(Eggerthella)
(Olsenella)(Slackia)
2.4紅色桿菌亞綱(Rubrobacteridae)紅色桿菌目(Rubrobacterales)
紅色桿菌亞目(Rubrobacterineae)
(Conexibacteraceae) (Conexibacter)(Patulibacteraceae) (Patulibacter)
紅色桿菌科(Rubrobacteraceae)
紅色桿菌屬(Rubrobacter)
(Solirubrobacteraceae) (Solirubrobacter)(Thermoleophilaceae) (Thermoleophilum)
2.5球形桿菌亞綱(Sphaerobacteridae)球形桿菌目(Sphaerobacterales)
球形桿菌亞目(Sphaerobacterineae)
球形桿菌科(Sphaerobacteraceae)
球形桿菌屬(Sphaerobacter)
3產水菌門(Aquificae)3.1產水菌綱(Aquificae)產水菌目(Aquificales)
產水菌科(Aquificaceae)
產水菌屬(Aquifex)
(Calderobacterium)(Hydrogenivirga)(Hydrogenobacter)(Hydrogenobaculum)(Thermocrinis)
除硫桿菌科(Desulfurobacteriaceae)
(Balnearium)
除硫桿菌屬(Desulfurobacterium)
熱弧菌屬(Thermovibrio)
(Hydrogenothermaceae)(Hydrogenothermus)(Persephonella)(Sulfurihydrogenibium)
4擬桿菌門(Bacteroidetes)4.1擬桿菌綱(Bacteroidetes)擬桿菌目(Bacteroidales)
擬桿菌科(Bacteroidaceae)
(Acetomicrobium)(Anaerophaga)(Anaerorhabdus)
擬桿菌屬(Bacteroides)
(Pontibacter)
紫單胞菌科(Porphyromonadaceae)
(Barnesiella)(Capsularis)(Dysgonomonas)(Hallella)(Odoribacter)(Oribaculum)(Paludibacter)(Parabacteroides)
紫單胞菌屬(Porphyromonas)（多譯作「卟啉單胞菌」，但porphyro-應來源於希臘語「紫色」）
(Proteiniphilum)(Tannerella)(Xylanibacter)
普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)
普雷沃氏菌屬(Prevotella) （或譯作「普氏菌」）
理研菌科(Rikenellaceae)
(Alistipes)(Alkaliflexus)(Marinilabilia)(Petrimonas)
理研菌屬(Rikenella) （註：Riken是日語「理化學研究所」簡稱）
科未定
(Acetofilamentum)
(Acetothermus)
4.2黃桿菌綱(Flavobacteria)黃桿菌目(Flavobacteriales)
蟑螂杆狀體科(Blattabacteriaceae)
蟑螂杆狀體屬(Blattabacterium)
(Cryomorphaceae)(Algoriphagus)(Brumimicrobium)(Crocinitomix)(Cryomorpha)(Fluviicola)
李時珍菌屬(Lishizhenia)
(Owenweeksia)
黃桿菌科(Flavobacteriaceae)
(Actibacter)(Aequorivita)(Algibacter)(Aquimarina)(Arenibacter)
伯傑菌屬(Bergeyella)
(Bizionia)
碳酸噬胞菌屬(Capnocytophaga) （註：多譯作「二氧化碳噬纖維菌屬」）
噬纖維素菌屬(Cellulophaga)
金黃桿菌屬(Chryseobacterium)
(Cloacibacterium)(Coenonia)(Costertonia)(Croceibacter)
獨島菌屬(Dokdonia)東海菌屬(Donghaeana)
(Elizabethkingia)(Empedobacter)(Epilithonimonas)(Flaviramulus)
黃桿菌屬(Flavobacterium)
(Formosa)
泥灘桿菌屬(Gaetbulibacter)
泥灘微菌屬(Gaetbulimicrobium)
(Galbibacter)(Gelidibacter)(Gillisia)(Gilvibacter)
革蘭菌屬(Gramella)
(Kaistella)(Kordia)(Krokinobacter)(Lacinutrix)
列文虎克菌屬(Leeuwenhoekiella)
(Lutibacter)(Maribacter)(Mariniflexile)(Marixanthomonas)(Mesonia)(Muricauda)
(Myroides)(Nonlabens)(Olleya)(Ornithobacterium)(Persicivirga)(Pibocella)
極地桿菌屬(Polaribacter)
冷彎菌屬(Psychroflexus)
(Psychroserpens)(Riemerella)(Robiginitalea)
(Salegentibacter)(Sandarakinotalea)(Sediminibacter)(Sediminicola)
世宗菌屬(Sejongia)
(Stanierella)(Stenothermobacter)(Subsaxibacter)(Subsaximicrobium)(Tamlana)
(Tenacibaculum)(Ulvibacter)(Vitellibacter)(Wautersiella)(Weeksella)(Winogradskyella)
麗水菌屬(Yeosuana)
(Zeaxanthinibacter)
周氏菌屬(Zhouia)
(Zobellia)
王祖農菌屬(Zunongwangia)
4.3鞘脂桿菌綱(Sphingobacteria)鞘脂桿菌目(Sphingobacteriales)
泉發菌科(Crenotrichaceae) (Balneola)
(Chitinophaga)
泉發菌屬(Crenothrix)
(Rhodothermus)(Salinibacter)(Terrimonas)(Toxothrix)
(Flammeovirgaceae)(Flammeovirga)(Flexithrix)(Perexilibacter)
(Persicobacter)(Rapidithrix)(Sediminitomix)(Thermonema)
屈撓桿菌科(Flexibacteraceae)
(Adhaeribacter)(Aquiflexum)(Arcicella)(Belliella)(Chimaereicella)(Cyclobacterium)
噬胞菌屬(Cytophaga) （註：目前多稱此屬為「噬纖維菌屬」，此處依拉丁文）
(Dyadobacter)(Echinicola)(Effluviibacter)(Emticicia)(Fabibacter)(Flectobacillus)
屈撓桿菌屬(Flexibacter)
(Hongiella)(Hymenobacter)(Larkinella)(Leadbetterella)
(Marinicola)(Meniscus)(Microscilla)(Niastella)(Persicitalea)
(Reichenbachiella)(Rhodonellum)(Roseivirga)(Runella)(Spirosoma)
生孢噬胞菌屬(Sporocytophaga)
腐螺旋菌科(Saprospiraceae)
(Aureispira)(Haliscomenobacter)(Lewinella)
腐螺旋菌屬(Saprospira)
鞘脂桿菌科(Sphingobacteriaceae)
(Mucilaginibacter)(Olivibacter)(Parapedobacter)(Pedobacter)(Pseudosphingobacterium)
鞘脂桿菌屬(Sphingobacterium)
科未定
(Niabella)
4.4綱未定(Flavisolibacter)
(Fulvivirga)
(Prolixibacter)(Segetibacter)
5衣原體門(Chlamydiae)5.1衣原體綱(Chlamydiae)衣原體目(Chlamydiales)
衣原體科(Chlamydiaceae)
衣原體屬(Chlamydia)
嗜衣體屬(Chlamydophila)
副衣原體屬(Parachlamydiaceae)
新衣原體屬(Neochlamydia)
副衣原體屬(Parachlamydia)
芯卡體科(Simkaniaceae)
芯卡體屬(Simkania)（註：人名縮寫簡稱，此處用音譯）
棍衣原體屬(Rhabdochlamydia)*
華診體科(Waddliaceae)
華診體屬(Waddlia) （註：WADDL為「華盛頓動物病診斷實驗室」縮寫）
6綠菌門(Chlorobi)6.1綠菌綱(Chlorobia)綠菌目(Chlorobiales)
綠菌科(Chlorobiaceae)
臂綠菌屬(Ancalochloris)
綠棒菌屬(Chlorobaculum)
綠菌屬(Chlorobium)
綠爬菌屬(Chloroherpeton)
暗網菌屬(Pelodictyon)
突柄綠菌屬(Prosthecochloris)
7綠彎菌門(Chloroflexi)7.1厭氧繩菌綱(Anaerolineae)厭氧繩菌目(Anaerolineales)
厭氧繩菌科(Anaerolineaceae)
厭氧繩菌屬(Anaerolinea)
(Bellilinea)
縴繩菌屬(Leptolinea)
(Levilinea)
長繩菌屬(Longilinea)
7.2暖繩菌綱(Caldilineae)暖繩菌目(Caldilineales)
暖繩菌科(Caldilineaceae)
暖繩菌屬(Caldilinea)
7.3綠彎菌綱(Chloroflexi)綠彎菌目(Chloroflexales)
綠彎菌科(Chloroflexaceae)
綠彎菌屬(Chloroflexus)
綠線菌屬(Chloronema)
太陽發菌屬(Heliothrix)
玫瑰彎菌屬(Roseiflexus)
顫綠菌科(Oscillochloridaceae)
顫綠菌屬(Oscillochloris)
爬管菌目(Herpetosiphonales)
爬管菌科(Herpetosiphonaceae)
爬管菌屬(Herpetosiphon)
8產金菌門(Chrysiogenetes)8.1產金菌綱(Chrysiogenetes)產金菌目(Chrysiogenales)
產金菌科(Chrysiogenaceae)
產金菌屬(Chrysiogenes)
9藍藻門(Cyanobacteria)9.1藍藻綱(Cyanobacteria)註：目前有三套藍藻分類系統，分別為NCBI、Bergey's手冊及Cavalier-Smith（2002年，僅分至目)。
本文採用的Bergey's手冊中藍藻內的分類，不論目科屬，均為形態分類，其中目在手冊中為「Subsection」而非「Order」，目、科均未列名稱，此處目名稱為習慣用法，科不列名稱；屬除Halospirulina和Trichodesmium之外均標為「形態屬」(Form Genus)而非「屬」(Genus)。表中在形態分類後面加注"@"。預料不久的將來整個藍藻分類系統將會大調，與其它細菌統一為系統發育分類系統。
此外，因漢語「藻」字可指多種水生光合產氧生物，包括多支互不相關的原生生物甚至高等水生植物，此處仍用按照「藻」翻譯藍藻門(Cyanobacteria)細菌。但也可依據個人理念將名稱定為「某菌」或「某藍菌」，但應注意避免與其餘細菌重名。
第一目（色球藻目(Chroococcales)）@
第一科@
管孢藻屬(Chamaesiphon)@
色球藻屬(Chroococcus)@
(Cyanobacterium)@(Cyanobium)@(Cyanothece)@
藍纖維藻屬(Dactylococcopsis)@
(Gloeobacter)@
黏球藻屬(Gloeocapsa)@
黏杆藻屬(Gloeothece)@
微囊藻屬(Microcystis)@
原綠球藻屬(Prochlorococcus)@
原綠藻屬(Prochloron)@
聚球藻屬(Synechococcus)@
集胞藻屬(Synechocystis)@
第二目（寬球藻目(Pleurocapsales)）@
第一科@
(Cyanocystis)@(Dermocarpella)@(Stanieria)@
異球藻屬(Xenococcus)@
第二科@
擬色球藻屬(Chroococcidiopsis)@
黏囊藻屬(Myxosarcina)@
寬球藻屬(Pleurocapsa)@
第三目（顫藻目(Oscillatoriales)）@
第一科@
節螺藻屬(Arthrospira)@ （包含商業化螺旋藻）
(Borzia)@(Crinalium)@(Geitlerinema)@
鹽螺旋藻屬(Halospirulina)
(Leptolyngbya)@(Limnothrix)@
鞘絲藻屬(Lyngbya)@
微鞘藻屬(Microcoleus)@
顫藻屬(Oscillatoria)@
(Planktothrix)@
原綠髮藻屬(Prochlorothrix)@
(Pseudanabaena)@
螺旋藻屬(Spirulina)@
(Starria)@
束藻屬(Symploca)@
束毛藻屬(Trichodesmium)
(Tychonema)@
第四目（念珠藻目(Nostocales)）@
第一科@
魚腥藻屬(Anabaena)@
項圈藻屬(Anabaenopsis)@
束絲藻屬(Aphanizomenon)@
(Cyanospira)@(Cylindrospermopsis)@
筒孢藻屬(Cylindrospermum)@
節球藻屬(Nodularia)@
念珠藻屬(Nostoc)@
偽枝藻屬(Scytonema)@
第二科@
眉藻屬(Calothrix)@
膠須藻屬(Rivularia)@
單歧藻屬(Tolypothrix)@
第五目（真枝藻目(Stigonematales)）@
第一科@
(Chlorogloeopsis)@
費氏藻屬(Fischerella)@
(Geitleria)@(Iyengariella)@
擬念珠藻屬(Nostochopsis)@
真枝藻屬(Stigonema)@
10脫鐵桿菌門(Deferribacteres)10.1脫鐵桿菌綱(Deferribacteres)脫鐵桿菌目(Deferribacterales)
脫鐵桿菌科(Deferribacteraceae)
脫鐵桿菌屬(Deferribacter)
(Denitrovibrio)(Flexistipes)
地弧菌屬(Geovibrio)
(Mucispirillum)
科未定
暖發菌屬(Caldithrix)
(Synergistes)
11異常球菌-棲熱菌門(Deinococcus-Thermus)11.1異常球菌綱(Deinococci)異常球菌目(Deinococcales)
異常球菌科(Deinococcaceae)
異常桿菌屬(Deinobacter)
異常球菌屬(Deinococcus)
特呂珀菌科(Trueperaceae)
特呂珀菌屬(Truepera)
棲熱菌目(Thermales)
棲熱菌科(Thermaceae)
海棲熱菌屬(Marinithermus)
亞棲熱菌屬(Meiothermus)
海洋棲熱菌屬(Oceanithermus)
棲熱菌屬(Thermus)
火山棲熱菌屬(Vulcanithermus)
12網團菌門(Dictyoglomi)12.1網團菌綱(Dictyoglomi)網團菌目(Dictyoglomales)
網團菌科(Dictyoglomaceae)
網團菌屬(Dictyoglomus)
13纖維桿菌門(Fibrobacteres)13.1纖維桿菌綱(Fibrobacteres)纖維桿菌目(Fibrobacterales)
纖維桿菌科(Fibrobacteraceae)
纖維桿菌屬(Fibrobacter)
14厚壁菌門(Firmicutes)（低G+C革蘭氏陽性菌）14.1芽孢桿菌綱(Bacilli)芽孢桿菌目(Bacillales)
(Alicyclobacillaceae) (Alicyclobacillus)(Pasteuria)(Sulfobacillus)
芽孢桿菌科(Bacillaceae)
(Alkalibacillus)
(Amphibacillus)
(Anoxybacillus)
芽孢桿菌屬(Bacillus)
(Caldalkalibacillus)(Cerasibacillus)(Exiguobacterium)(Filobacillus)(Geobacillus)(Gracilibacillus)
(Halalkalibacillus)(Halobacillus)(Haloactibacillus)(Jeotgalibacillus)(Lentibacillus)(Lysinibacillus)
(Marinibacillus)(Oceanobacillus)(Ornithinibacillus)(Paraliobacillus)
(Paucisalibacillus)(Pelagibacillus)(Piscibacillus)(Pontibacillus)
糖球菌屬(Saccharococcus)
(Salibacillus)(Salimicrobium)(Salinibacillus)(Salirhabdus)(Sasuginibacillus)(Tenuibacillus)
(Terribacillus)(Thalassobacillus)(Ureibacillus)(Virgibacillus)(Vulcanibacillus)
(Caryophanaceae) (Caryophanon)
李斯特氏菌科(Listeriaceae)
環絲菌屬(Brochothrix)
李斯特氏菌屬(Listeria)
(Paenibacillaceae) (Ammoniphilus)(Aneurinibacillus)(Brevibacillus)(Cohnella)
(Oxalophagus)(Paenibacillus)(Thermicanus)(Thermobacillus)(Planococcaceae) (Filibacter)(Kurthia)(Planococcus)(Planomicrobium)(Sporosarcina)
芽孢乳桿菌科(Sporolactobacillaceae)
(Marinococcus)(Sinococcus)
芽孢乳桿菌屬(Sporolactobacillus)
(Tuberibacillus)
葡萄球菌科(Staphylococcaceae)
孿生菌屬(Gemella)
(Joetgalicoccus)
(Macrococcus)
(Salinicoccus)
葡萄球菌屬(Staphylococcus)
(Thermoactinomycetaceae) (Laceyella)(Mechercharimyces)(Planifilum)(Seinonella)
(Shimazuella)(Thermoactinomyces)(Thermoflavimicrobium)(Turicibacteraceae) (Turicibacter)
科未定
(Pullulanibacillus)
乳桿菌目(Lactobacillales)
氣球菌科(Aerococcaceae)
(Abiotrophia)
氣球菌屬(Aerococcus)
(Dolosicoccus)(Eremococcus)(Facklamia)(Globicatella)(Ignavigranum)
肉桿菌科(Carnobacteriaceae)
(Agitococcus)(Alkalibacterium)(Allofustis)(Alloiococcus)(Atopococcus)
(Atopostipes)
肉桿菌屬(Carnobacterium)
德庫菌屬(Desemzia) （DSMZ，德國微生物與細胞保藏中心）
(Dolosigranulum)(Granulicatella)(Isobaculum)(Lactosphaera)(Marinilactibacillus)(Trichococcus)
腸球菌科(Enterococcaceae)
(Atopobacter)(Catellicoccus)
腸球菌屬(Enterococcus)
(Melissococcus)(Pilibacter)(Tetragenococcus)
漫遊球菌屬(Vagococcus)
乳桿菌科(Lactobacillaceae)
乳桿菌屬(Lactobacillus)
(Paralactobacillus)
片球菌屬(Pediococcus)
明串珠菌科(Leuconostocaceae)
明串珠菌屬(Leuconostoc)
(Oenococcus)(Weissella)
顫螺旋菌科(Oscillospiraceae)
顫桿菌克(Oscillibacter)
顫螺旋菌屬(Oscillospira)
鏈球菌科(Streptococcaceae)
乳球菌屬(Lactococcus)
(Lactovum)
鏈球菌屬(Streptococcus)
科未定
(Acetoanaerobium)
互營球菌屬(Syntrophococcus)
14.2梭菌綱(Clostridia)梭菌目(Clostridiales)
梭菌科(Clostridiaceae)
(Acetanaerobacterium)(Acetivibrio)(Acidaminobacter)(Alkaliphilus)(Anaerobacter)(Anaerotruncus)
(Anoxynatronum)(Bryantella)(Caloramator)(Caloranaerobacter)(Caminicella)(Clostridiisalibacter)
梭菌屬(Clostridium)
(Coprobacillus)(Dorea)(Ethanoligenens)(Faecalibacterium)(Fastidiosipila)(Garciella)(Gracilibacter)
(Guggenheimella)(Hespellia)(Natronincola)(Oxobacter)(Parasporobacterium)
八疊球菌屬(Sarcina)
(Soehngenia)(Sporacetigenium)(Sporobacter)(Subdoligranulum)(Tepidibacter)(Tepidimicrobium)
(Thermobrachium)(Thermohalobacter)(Tindallia)
優桿菌科(Eubacteriaceae)
醋桿菌屬(Acetobacterium)
(Alkalibacter)(Anaerofustis)(Anaerovorax)
優桿菌屬(Eubacterium)
(Mogibacterium)
(Pseudoramibacter)
太陽桿菌科(Heliobacteriaceae)
太陽杆狀菌屬(Heliobacillus)
太陽桿菌屬(Heliobacterium)
嗜日菌屬(Heliophilum)
(Heliorestis)
毛螺旋菌科(Lachnospiraceae)
(Acetitomaculum)(Anaerofilum)(Anaerostipes)
丁酸弧菌屬(Butyrivibrio)
(Catenibacterium)(Catonella)
糞球菌屬(Coprococcus)
(Johnsonella)
(Lachnobacterium)
毛螺旋菌屬(Lachnospira)
(Moryella)(Oribacterium)
假丁酸弧菌屬(Pseudobutyrivibrio)
(Roseburia)
瘤胃球菌屬(Ruminococcus)
(Shuttleworthia)(Sporobacterium)
消化球菌科(Peptococcaceae)
(Carboxydothermus)(Cryptanaerobacter)(Dehalobacter)(Desulfitobacterium)(Desulfonispora)
(Desulfosporosinus)(Desulfotomaculum)(Pelotomaculum)
消化球菌屬(Peptococcus)
(Syntrophobotulus)(Thermincola)(Thermoterrabacterium)
消化鏈球菌科(Peptostreptococcaceae)
(Anaerococcus)(Filifactor)(Finegoldia)(Fusibacter)(Gallicola)(Helcococcus)
微單胞菌屬(Parvimonas) （原名Micromonas）
(Peptoniphilus)
消化鏈球菌屬(Peptostreptococcus)
(Sedimentibacter)(Sporanaerobacter)(Tissierella)
互營單胞菌科(Syntrophomonadaceae)
(Aminiphilus)(Aminobacterium)(Aminomonas)(Anaerobaculum)(Anaerobranca)(Caldicellulosiruptor)(Carboxydocella)(Dethiosulfovibrio)(Pelospora)
互營單胞菌屬(Syntrophomonas)
(Syntrophospora)
互營熱菌屬(Syntrophothermus)
(Thermaerobacter)(Thermanaerovibrio)(Thermohydrogenium)(Thermosyntropha)(Thermovirga)
韋榮氏菌科(Veillonellaceae)
(Acetonema)
胺基酸球菌屬(Acidaminococcus)
(Allisonella)(Anaeroarcus)(Anaeroglobus)(Anaeromusa)(Anaerosinus)(Anaerovibrio)
(Centipeda)(Dendrosporobacter)(Dialister)(Megamonas)(Megasphaera)
光岡菌屬(Mitsuokella)
(Papillibacter)(Pectinatus)(Pelosinus)(Phascolarctobacterium)(Propionispira)(Propionispora)
(Quinella)(Schwartzia)
新月形單胞菌屬(Selenomonas)
鼠孢菌屬(Sporomusa)
(Sporotalea)(Succiniclasticum)(Succinispira)(Thermosinus)
韋榮氏菌屬(Veillonella)
(Zymophilus)
科未定
(Anaerovirgula)(Dethiosulfatibacter)(Geosporobacter)(Howardella)(Proteiniborus)
鹽厭氧菌目(Halanaerobiales)
鹽厭氧菌科(Halanaerobiaceae)
鹽厭氧菌屬(Halanaerobium)
(Halocella)(Haloincola)(Halothermothrix)
鹽擬桿菌科(Halobacteroidaceae)
(Acetohalobium)(Halanaerobacter)
鹽擬桿菌屬(Halobacteroides)
(Halonatronum)(Natroniella)(Orenia)(Selenihalanaerobacter)(Sporohalobacter)
鹽鹼厭氧菌目(Natranaerobiales)
鹽鹼厭氧菌科(Natranaerobiaceae)
鹽鹼厭氧菌屬(Natranaerobius)
熱厭氧桿菌目(Thermoanaerobacteriales)
熱厭氧桿菌科(Thermoanaerobacteriaceae)
(Acetogenium)(Ammonifex)(Caldanaerobacter)(Carboxydibrachium)(Coprothermobacter)
(Desulfovirgula)(Gelria)(Mahella)(Moorella)(Sporotomaculum)
(Tepidanaerobacter)(Thermacetogenium)
熱厭氧單胞菌屬(Thermanaeromonas)
(Thermoanaerobacter)(Thermoanaerobium)(Thermoanaerobacterium)
熱厭氧菌屬(Thermoanaerobium)(Thermobacteroides)(Thermosediminibacter)
(Thermovenabulum)
熱脫硫菌科(Thermodesulfobiaceae)
熱脫硫菌屬(Thermodesulfobium)
目未定
(Desulfitibacter)
(Symbiobacterium)
14.3熱石桿菌綱(Thermolithobacteria)熱石菌目(Thermolithobacterales) 熱石桿菌科(Thermolithobacteraceae) 熱石桿菌屬(Thermolithobacter)
15梭桿菌門(Fusobacteria)15.1梭桿菌綱(Fusobacteria)梭桿菌目(Fuobacteriales) 梭桿菌科(Fusobacteriaceae) 梭桿菌屬(Fusobacterium)
(Ilyobcter)
纖毛菌屬(Letotrichia)
(Propiongenium)(Sebaldel)(Sneathia)(reptobacils)
科未定
(Cetobacteium)
16芽單胞菌門(Gemmatimonadetes)16.1芽單胞菌綱(Gemmatimonadetes)芽單胞菌目(Gemmatimonadals)
芽單胞菌科(Gemmatimonadaceae)
芽單胞菌屬(Gemmatimonas)
17黏膠球形菌門(Lentisphaerae)17.1黏膠球形菌綱(Lentisphaerae)黏膠球形菌目(Lentisphaerale)
黏膠球形菌科(Lentisphaeraceae)
黏膠球形菌屬(Lentisphaera)食物谷菌目(Victivallales)
食物谷菌科(Victivallaceae)
食物谷菌屬(Victivallis)
18硝化螺旋菌門(Nitrospirae)18.1硝化螺旋菌綱(Nitrospira)硝化螺旋菌目(Nitrospirales)
硝化螺旋菌科(Nitrospiraceae)
鉤端螺菌屬(Leptospirillum)
硝化螺旋菌屬(Nitrospira)磁桿菌屬(Magnetobacterium)*熱脫硫弧菌屬(Thermodesulfovibrio)
19浮黴菌門(Planctomycetes)19.1浮黴菌綱(Planctomycetacia)浮黴菌目(Planctomycetales)
浮黴菌科(Planctomycetaceae)
(Blastopirellula)(Gemmata)(Isosphaera)
小梨形菌屬(Pirellula)浮黴菌屬(Planctomycetes)紅小梨形菌屬(Rhodopirellula)(Schlesneria)科未定 （均未能分離培養，見厭氧氨氧化菌）
(Brocadia)*(Kuenenia)*(Scalindua)*
20海綿桿菌門(Poribacteria)*21變形菌門(Proteobacteria)21.1α-變形菌綱(Alphaproteobacteria)柄桿菌目(Caulobacterales)
柄桿菌科(Caulobacteraceae)
(Asticcacaulis)短波單胞菌屬(Brevundimonas)柄桿菌屬(Caulobacter)苯基桿菌屬(Phenylobacterium)(Kordiimonadales) (Kordiimonadaceae) (Kordiimonas)短小盒菌目(Parvularculales)
短小盒菌科(Parvularculaceae)
短小盒菌屬(Parvularcula)根瘤菌目(Rhizobiales)
橙單胞菌科(Aurantimonadaceae)
橙單胞菌屬(Aurantimonas)(Fulvimarina)(Martelella)巴通體科(Bartonellaceae)
巴通體屬(Bartonella)
(Grahamella)(Rochalimaea)
拜葉林克氏菌科(Beijerinckiaceae)
拜葉林克氏菌屬(Beijerinckia)
(Chelatococcus)(Methylocapsa)(Methylocella)
慢生根瘤菌科(Bradyrhizobiaceae)
阿菲波菌屬(Afipia)
農單胞菌屬(Agromonas)
(Balneimonas)
芽生桿菌屬(Blastobacter)
(Bosea)慢生根瘤菌屬(Bradyrhizobium)硝化桿菌屬(Nitrobacter)(Oligotropha)(Rhodoblastus)
紅假單胞菌屬(Rhodopseudomonas)
布魯氏菌科(Brucellaceae)
布魯氏菌屬(Brucella)
(Crabtreella)(Daeguia)
支動菌屬(Mycoplana)
蒼白桿菌屬(Ochrobactrum)
(Pseudochrobactrum)
黏著桿菌科(Cohaesibacteraceae)
黏著桿菌屬(Cohaesibacter)
生絲微菌科(Hyphomicrobiaceae)
(Ancalomicrobium)(Angulomicrobium)水桿菌屬(Aquabacter)芽綠菌屬(Blastochloris)(Devosia)(Dichotomicrobium)(Filomicrobium)(Gemmiger)生絲微菌屬(Hyphomicrobium)(Methylorhabdus)土微菌屬(Pedomicrobium)突柄微菌屬(Prosthecomicrobium)紅微菌屬(Rhodomicrobium)(Rhodoplanes)(Seliberia)甲基桿菌科(Methylobacteriaceae)
(Meganema)甲基桿菌屬(Methylobacterium)
(Microvirga)(Protomonas)
甲基孢囊菌科(Methylocystaceae)
(Albibacter)
甲基孢囊菌屬(Methylocystis)
(Methylopila)(Methylosinus)(Pleomorphomonas)(Terasakiella)
葉桿菌科(Phyllobacteriaceae)
(Aminobacter)(Aquamicrobium)(Defluvibacter)(Hoeflea)
中慢生根瘤菌屬(Mesorhizobium)
(Nitratireductor)
葉桿菌屬(Phyllobacterium)
(Pseudaminobacter)
根瘤菌科(Rhizobiaceae)
土壤桿菌屬(Agrobacterium)
異根瘤菌屬(Allorhizobium)
嗜碳菌屬(Carbophilus)
螯合桿菌屬(Chelatobacter)
劍菌屬(Ensifer)
(Kaistia)
韌皮桿菌屬(Liberibacter)*
根瘤菌屬(Rhizobium)
中華根瘤菌屬(Sinorhizobium)
紅菌科(Rhodobiaceae)
(Anderseniella)(Parvibaculum)紅菌屬(Rhodobium)玫瑰螺菌屬(Roseospirillum)黃色桿菌科(Xanthobacteraceae)
(Ancylobacter)(Azorhizobium)(Labrys)(Pseudolabrys)(Starkeya)
黃色桿菌屬(Xanthobacter)
科未定
(Sneathiella)
紅桿菌目(Rhodobacterales)
生絲單胞菌科(Hyphomonadaceae)
(Hirschia)
生絲單胞菌屬(Hyphomonas)
(Maricaulis)(Oceanicaulis)(Robiginitomaculum)
紅桿菌科(Rhodobacteraceae)
(Ahrensia)(Albidovulum)(Amaricoccus)(Antarctobacter)
(Catellibacterium)(Citreicella)(Citreimonas)(Dinoroseobacter)
(Donghicola)(Gemmobacter)(Haematobacter)(Jannaschia)
(Ketogulonicigenium)(Labrenzia)(Leisingera)(Loktanella)(Maribius)(Marinovum)(Maritimibacter)(Methylarcula)(Nereida)
(Nesiotobacter)(Oceanibulbus)
海洋生菌屬(Oceanicola)
(Octadecabacter)(Palleronia)(Pannonibacter)
副球菌屬(Paracoccus)
(Pelagibaca)(Phaeobacter)假紅桿菌屬(Pseudorhodobacter)(Pseudovibrio)(Rhodobaca)紅桿菌屬(Rhodobacter)
(Rhodothalassium)小紅卵菌屬(Rhodovulum)(Roseibacterium)(Roseibium)(Roseicyclus)(Roseinatronobacter)(Roseisalinus)(Roseivivax)玫瑰桿菌屬(Roseobacter)
(Roseovarius)(Rubellimicrobium)(Rubrimonas)(Ruegeria)
(Sagittula)(Salipiger)(Shimia)(Silicibacter)(Staleya)(Stappia)
(Sulfitobacter)(Tateyamaria)(Thalassobacter)(Thalassobius)
(Thalassococcus)(Thioclava)
硫球形菌屬(Thiosphaera)
(Wenxinia)
木洞菌屬(Woodsholea)
楊氏菌屬(Yangia)
紅螺菌目(Rhodospirillales)
醋桿菌科(Acetobacteraceae)
醋桿菌屬(Acetobacter)
(Acidicaldus)
嗜酸菌屬(Acidiphilium)
酸球形菌屬(Acidisphaera)
酸胞菌屬(Acidocella)
酸單胞菌屬(Acidomonas)
(Asaia)(Belnapia)
脆弱球菌屬(Craurococcus)
葡糖醋桿菌屬(Gluconacetobacter)
葡糖桿菌屬(Gluconobacter)
(Granulibacter)(Kozakia)
鼠球菌屬(Muricoccus)
(Neoasaia)(Paracraurococcus)
紅球狀菌屬(Rhodopila)
(Rhodovarius)
玫瑰球菌屬(Roseococcus)
玫瑰單胞菌屬(Roseomonas)
(Rubritepida)(Saccharibacter)(Stella)(Swaminathania)
(Teichococcus)(Zavarzinia)
紅螺菌科(Rhodospirillaceae)
固氮螺菌屬(Azospirillum)
(Conglomeromonas)(Defluviicoccus)(Inquilinus)
磁螺菌屬(Magnetospirillum)
(Phaeospirillum)(Rhodocista)
紅螺旋菌屬(Rhodospira)
紅螺菌屬(Rhodospirillum)
紅弧菌屬(Rhodovibrio)玫瑰螺旋菌屬(Roseospira)(Skermanella)(Telmatospirillum)(Thalassospira)(Tistrella)
立克次體目(Rickettsiales)
無形體科(Anaplasmataceae)
(Aegyptianella)
無形體屬(Anaplasma)
(Cowdria)
埃裡希體屬(Ehrlichia)
新立克次體屬(Neorickettsia)
沃巴赫體屬(Wolbachia)
(Xenohaliotis)*
全孢菌科(Holosporaceae)
全孢菌屬(Holospora)
立克次體科(Rickettsiaceae)
(Orientia)立克次體屬(Rickettsia)SAR 11群*
遠洋桿菌屬(Pelagibacter)*科未定
(Lyticum)(Odyssella)*(Pseudocaedibacter)(Symbiotes)(Tectibacter)鞘脂單胞菌目(Sphingomonadales)
赤桿菌科(Erythrobacteraceae)
(Altererythrobacter)赤桿菌屬(Erythrobacter)赤微菌屬(Erythromicrobium)紫桿菌屬(Porphyrobacter)鞘脂單胞菌科(Sphingomonadaceae)
芽單胞菌屬(Blastomonas)
檸檬酸微菌屬(Citromicrobium)*
赤單胞菌屬(Erythromonas)
新鞘脂菌屬(Novosphingobium)
(Sandaracinobacter)(Sandaracinorhabdus）
鞘脂菌屬(Sphingobium)
鞘脂單胞菌屬(Sphingomonas)
(Sphingopyxis)(Sphingosinicella)
發酵單胞菌屬(Zymomonas)
目未定
(Albimonas)
(Caenispirillum)(Insolitispirillum)(Novispirillum)
21.2 β-變形菌綱(Betaproteobacteria)伯克氏菌目(Burkholderiales)
產鹼菌科(Alcaligenaceae)
無色桿菌屬(Achromobacter)(Advenella)產鹼菌屬(Alcaligenes)
(Azohydromonas)
博德氏菌屬(Bordetella)
(Brackiella)(Castellaniela)
德克斯氏菌屬(Derxia)
(Kerstersia)(Oligella)(Pelistega)(Pigmentiphaga)(Pusillimonas)
(Sutterella)(Taylorella)(Tetrathiobacter)伯克氏菌科(Burkholderiaceae)
伯克氏菌屬(Burkholderia)
(Chitinimonas)(Cupriavidus)(Lautropia)(Limnobacter)
(Pandoraea)(Paucimonas)(Polynucleobacter)
青枯菌屬(Ralstonia)
(Thermothrix)
沃特氏菌屬(Wautersia)
叢毛單胞菌科(Comamonadaceae)
食酸菌屬(Acidovorax)
(Alcycliphilus)(Brachymonas)(Caenibacterium)(Caldimonas)叢毛單胞菌屬(Comamonas)(Curvibacter)代爾夫特菌屬(Delftia)(Diaphorobacter)(Giesbergeria)噬氫菌屬(Hydrogenophaga)(Hylemonella)(Lampropedia)(Macromonas)(Malikia)(Ottowia)(Pelomonas)(Polaromonas)(Ramlibacter)紅育菌屬(Rhodoferax)
(Schlegelella)(Simplicispira)
貪食菌屬(Variovorax)
(Xenophilus)
草酸桿菌科(Oxalobacteraceae)
(Collimonas)(Duganella)(Herbaspirillum)(Herminiimonas)
(Janthinobacterium)(Massilia)(Naxibacter)(Oxalicibacterium)
草酸桿菌屬(Oxalobacter)
(Telluria)(Undibacterium)
科未定
(Aquabacterium)(Aquincola)(Ideonella)
纖發菌屬(Leptothrix)
(Methylibium(Mitsuaria)(Paucibacter)(Roseateles)
紅長命菌屬(Rubrivivax)
(Sphaerotilus)(Tepidicella)(Tepidimonas)(Thiobacter)
硫單胞菌屬(Thiomonas)
(Xylophilus)
嗜氫菌目(Hydrogenophilales)
嗜氫菌科(Hydrogenophilaceae)
嗜氫菌屬(Hydrogenophilus)
(Petrobacter)(Tepidiphilus)
硫杆狀菌屬(Thiobacillus)
嗜甲基菌目(Methylophilales)
嗜甲基菌科(Methylophilaceae)
(Methylobacillus)
嗜甲基菌屬(Methylophilus)
(Methylotenera)(Methylovorus)奈瑟菌目(Neisseriales)
奈瑟菌科(Neisseriaceae)
(Alysiella)(Andreprevotia)
水螺菌屬(Aquaspirillum)
(Aquitalea)(Bergeriella)(Chitinibacter)(Chitinilyticum)
色桿菌屬(Chromobacterium)
(Conchiformibius)(Deefgea)
艾肯氏菌屬(Eikenella)
(Formivibrio)(Gulbenkiania)(Iodobacter)金氏菌屬(Kingella)鷗桿菌屬(Laribacter)
(Leeia)(Microvirgula)(Morococcus)
奈瑟菌屬(Neisseria)
(Paludibacterium)(Prolinoborus)(Silvimonas)(Simonsiella)
(Uruburuella)(Vitreoscilla)(Vogesella)
亞硝化單胞菌目(Nitrosomonadales)
嘉利翁氏菌科(Gallionellaceae)
嘉利翁氏菌屬(Gallionella)亞硝化單胞菌科(Nitrosomonadaceae)
亞硝化葉菌屬(Nitrosolobus)亞硝化單胞菌屬(Nitrosomonas)
亞硝化螺旋菌屬(Nitrosospira)
螺菌科(Spirillaceae)
螺菌屬(Spirillum)
普羅卡桿菌目(Procabacteriales)*
普羅卡桿菌科(Procabacteriaceae)*
普羅卡桿菌屬(Procabacter)*
紅環菌目(Rhodocyclales)
紅環菌科(Rhodocyclaceae)
固氮弓菌屬(Azoarcus)
(Azonexus)(Azospira)(Azovibrio)(Dechloromonas)(Dechlorosoma)
(Denitratisoma)(Ferribacterium)(Methyloversatilis)丙酸桿菌屬(Propionibacter)(Propionivibrio)(Quatrionicoccus)紅環菌屬(Rhodocyclus)(Shinella)(Sterolibacterium)陶厄氏菌屬(Thauera)
(Uliginosibacterium)動膠菌屬(Zoogloea)
21.3 δ-變形菌綱(Deltaproteobacteria)蛭弧菌目(Bdellovibrionales)
(Bacteriovoracaceae)
(Bacteriovorax)(Peredibacter)蛭弧菌科(Bdellovibrionaceae)
蛭弧菌屬(Bdellovibrio)(Micavibrio)(Vampirovibrio)脫硫盒菌目(Desulfarculales)
脫硫盒菌科(Desulfarculaceae)
脫硫盒菌屬(Desulfarculus)
脫硫桿菌目(Desulfobacterales)
脫硫桿菌科(Desulfobacteraceae)
(Desulfatibacillum)(Desulfatiferula)(Desulfatirhabdium)
脫硫桿菌屬(Desulfobacter)
(Desulfobacterium)(Desulfobacula)(Desulfobotulus)*(Desulfocella)
(Desulfococcus)(Desulfofaba)(Desulfofrigus)(Desulfomusa)(Desulfonema)(Desulforegula)(Desulfosarcina)(Desulfospira)(Desulfotignum)(Desulfobulbaceae) (Desulfobulbus)
(Desulfocapsa)(Desulfofustis)(Desulfopila)(Desulforhopalus)
(Desulfotalea)(Nitrospinaceae) (Nitrospina)
脫硫弧菌目(Desulfovibrionales)
(Desulfohalobiaceae)
(Desulfohalobium)(Desulfonatronovibrio)(Desulfonauticus)(Desulfothermus)
(Desulfovermiculus)(Desulfomicrobiaceae) (Desulfomicrobium)
(Desulfonatronaceae) (Desulfonatronum)
脫硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)
(Bilophila)(Desulfomonas)
脫硫弧菌屬(Desulfovibrio)
(Lawsonia)
硫還原菌目(Desulfurellales)
硫還原菌科(Desulfurellaceae)
硫還原菌屬(Desulfurella)
(Hippea)
除硫單胞菌目(Desulfuromonadales)
除硫單胞菌科(Desulfuromonadaceae)
除硫單胞菌屬(Desulfuromonas)
(Desulfuromusa)(Malonomonas)(Pelobacter)地桿菌科(Geobacteraceae)
(Geoalkalibacter)
地桿菌屬(Geobacter)
(Geopsychrobacter)(Geothermobacter)(Trichlorobacter)
黏球菌目(Myxococcales)
孢囊桿菌亞目(Cystobacterineae)
孢囊桿菌科(Cystobacteraceae)
(Anaeromyxobacter)(Archangium)
孢囊桿菌屬(Cystobacter)
(Hyalangium)(Melittangium)(Stigmatella)
黏球菌科(Myxococcaceae)
(Angiococcus)(Corallococcus)黏球菌屬(Myxococcus)(Pyxidicoccus)侏囊菌亞目(Nannocystineae)
(Haliangiaceae)
(Haliangium)(Kofleriaceae) (Kofleria)侏囊菌科(Nannocystaceae)
(Enhygromyxa)侏囊菌屬(Nannocystis)(Plesiocystis)堆囊菌亞目(Sorangineae)
多囊菌科(Polyangiaceae)
(Byssovorax)(Chondromyces)(Haploangium)*(Jahnella)多囊菌屬(Polyangium)堆囊菌屬(Sorangium)
互營桿菌目(Syntrophobacterales)
互營菌科(Syntrophaceae)
(Desulfobacca)(Desulfomonile)(Smithella)
互營菌屬(Syntrophus)
互營桿菌科(Syntrophobacteraceae)
(Desulfacinum)(Desulfoglaeba)(Desulforhabdus)(Desulfovirga)
互營桿菌屬(Syntrophobacter)
(Thermodesulforhabdus)
21.4 ε-變形菌綱(Epsilonproteobacteria)彎曲菌目(Campylobacterales)
彎曲菌科(Campylobacteraceae)
弓形桿菌屬(Arcobacter)
彎曲菌屬(Campylobacter)
(Dehalospirillum)硫磺單胞菌屬(Sulfurospirillum)螺桿菌科(Helicobacteraceae)
螺桿菌屬(Helicobacter)(Sulfuricurvum)(Sulfurimonas)(Sulfurovum)(Thiovulum)
沃林氏菌屬(Wolinella)
氫單胞菌科(Hydrogenimonadaceae)
氫單胞菌屬(Hydrogenimonas)
(Nautiliales) (Nautiliaceae) (Caminibacter)(Lebetimonas)
(Nautilia)(Nitratifractor)(Nitratiruptor)(Thioreductor)
21.5 γ-變形菌綱(Gammaproteobacteria)酸硫杆狀菌目(Acidithiobacillales)
酸硫杆狀菌科(Acidithiobacillaceae)
酸硫杆狀菌屬(Acidithiobacillus)熱硫杆狀菌科(Thermithiobacillaceae)
熱硫杆狀菌屬(Thermithiobacillus)氣單胞菌目(Aeromonadales)
氣單胞菌科(Aeromonadaceae)
氣單胞菌屬(Aeromonas)(Oceanimonas)(Oceanisphaera)(Tolumonas)(Zobellella)琥珀酸弧菌科(Succinivibrionaceae)
厭氧螺菌屬(Anaerobiospirillum)反芻桿菌屬(Ruminobacter)琥珀酸單胞菌屬(Succinimonas)琥珀酸弧菌屬(Succinivibrio)交替單胞菌目(Alteromonadales)
交替單胞菌科(Alteromonadaceae)
(Aestuariibacter)(Agarivorans)(Alishewanella)交替單胞菌屬(Alteromonas)(Glaciecola)(Marinimicrobium)
海桿菌屬(Marinobacter)
海細菌屬(Marinobacterium)
產微球莖菌屬(Microbulbifer)
(Saccharophagus)(Salinimonas)(Colwelliaceae) (Colwellia)
(Thalassomonas)(Ferrimonadaceae) (Ferrimonas)(Paraferrimonas)
(Idiomarinaceae) (Idiomarina)(Pseudidiomarina)(Moritellaceae) (Moritella)假交替單胞菌科(Pseudoalteromonadaceae)
(Algicola)
假交替單胞菌屬(Pseudoalteromonas)
冷單胞菌科(Psychromonadaceae)
冷單胞菌屬(Psychromonas)
希萬氏菌科(Shewanellaceae)
希萬氏菌屬(Shewanella)
科未定
(Teredinibacter)
(Endobugula)*
心桿菌目(Cardiobacteriales)
心桿菌科(Cardiobacteriaceae)
心桿菌屬(Cardiobacterium)
(Dichelobacter)(Suttonella)
著色菌目(Chromatiales)
著色菌科(Chromatiaceae)
(Allochromatium)(Amoebobacter)
著色菌屬(Chromatium)
鹽著色菌屬(Halochromatium)(Isochromatium)(Lamprobacter)(Lamprocystis)(Marichromatium)亞硝化球菌屬(Nitrosococcus)
芬尼氏菌屬(Pfennigia)棍著色菌屬(Rhabdochromatium)(Rheinheimera)熱著色菌屬(Thermochromatium)硫鹼球菌屬(Thioalkalicoccus)硫橄欖菌屬(Thiobaca)硫匣菌屬(Thiocapsa)硫球菌屬(Thiococcus)
硫囊菌屬(Thiocystis)
硫網菌屬(Thiodictyon)
硫黃球菌屬(Thioflavicoccus)
硫鹽匣菌屬(Thiohalocapsa)
(Thiolamprovum)
(Thiopedia)
硫紅球菌屬(Thiorhodococcus)
硫紅弧菌屬(Thiorhodovibrio)
硫螺菌屬(Thiospirillum)
外硫紅螺旋菌科(Ectothiorhodospiraceae)
鹼湖生菌屬(Alkalilimnicola)
鹼螺菌屬(Alkalispirillum)
(Aquisalimonas)(Arhodomonas)(Ectothiorhodosinus)外硫紅螺旋菌屬(Ectothiorhodospira)鹽紅螺旋菌屬(Halorhodospira)(Natronocella)
硝化球菌屬(Nitrococcus)
硫鹼螺旋菌屬(Thioalkalispira)
硫鹼弧菌屬(Thialkalivibrio)
硫紅螺旋菌屬(Thiorhodospira)
顆粒狀球菌科(Granulosicoccaceae)
顆粒狀球菌屬(Granulosicoccus)
鹽硫杆狀菌科(Halothiobacillaceae)
鹽硫杆狀菌屬(Halothiobacillus)
(Thiovirga)
腸桿菌目(Enterobacteriales)
腸桿菌科(Enterobacteriaceae)
(Arsenophonus)(Brenneria)
布赫納氏菌屬(Buchnera)
(Budvicia)
布丘氏菌屬(Buttiauxella)(Calymmatobacterium)西地西菌屬(Cedecea)
檸檬酸桿菌屬(Citrobacter)
(Dickeya)
愛德華氏菌屬(Edwardsiella)
腸桿菌屬(Enterobacter)
歐文氏菌屬(Erwinia)
埃希氏菌屬(Escherichia) （包含大腸桿菌）
(Ewingella)
哈夫尼菌屬(Hafnia)
克雷伯氏菌屬(Klebsiella)
克呂沃氏菌屬(Kluyvera)
(Leclercia)(Leminorella)(Levinea)(Moellerella)(Morganella)(Obesumbacterium)泛菌屬(Pantoea)(Pectobacterium)(Phlomobacter)*(Photorhabdus)鄰單胞菌屬(Plesiomonas)(Pragia)變形桿菌屬(Proteus) （註：或譯作「變形菌屬」，此處把「變形菌」一詞留給Proteobacteria）普羅維登斯菌屬(Providencia)(Rahnella)(Raoultella)糖桿菌屬(Saccharobacter)
沙門氏菌屬(Salmonella)
(Samsonia)
沙雷氏菌屬(Serratia)
志賀氏菌屬(Shigella)
(Sodalis)(Tatumella)(Thorsellia)(Trabulsiella)(Wigglesworthia)
致病桿菌屬(Xenorhabdus)
耶爾辛氏菌屬(Yersinia) （包含鼠疫桿菌）
(Yokenella)
軍團菌目(Legionellales)
柯克斯體科(Coxiellaceae)
(Aquicella)
柯克斯體屬(Coxiella)
立克次小體屬(Rickettsiella)
軍團菌科(Legionellaceae)
(Fluoribacter)
軍團菌屬(Legionella)
(Sarcobium)(Tatlockia)
甲基球菌目(Methylococcales)
甲基球菌科(Methylococcaceae)
甲基桿菌屬(Methylobacter)
甲基暖菌屬(Methylocaldum)
甲基球菌屬(Methylococcus)
甲基鹽菌屬(Methylohalobius)
甲基微菌屬(Methylomicrobium)
甲基單胞菌屬(Methylomonas)
甲基八疊球菌屬(Methylosarcina)(Methylosoma)甲基球形菌屬(Methylosphaera)
甲基熱菌屬(Methylothermus)
海洋螺菌目(Oceanospirillales)
食鹼菌科(Alcanivoraceae)
食鹼菌屬(Alcanivorax)
(Fundibacter)(Kangiella)
河氏菌科(Hahellaceae)
(Endozoicomonas)
河氏菌屬(Hahella)
(Halospina)(Zooshikella)
鹽單胞菌科(Halomonadaceae)
(Carnimonas)
色鹽桿菌屬(Chromohalobacter)
(Cobetia)(Deleya)
鹽單胞菌屬(Halomonas)(Halotalea)(Halovibrio)(Modicisalibacter)(Salicola)(Volcaniella)發酵桿菌屬(Zymobacter)岸生菌科(Litoricolaceae)
岸生菌屬(Litoricola)海洋螺菌科(Oceanospirillaceae)
(Amphritea)
巴氏發菌屬(Balneatrix)
海單胞菌屬(Marinomonas)
海螺菌屬(Marinospirillum)(Neptuniibacter)(Neptunomonas)(Nitrincola)
海洋桿菌屬(Oceanobacter)
海洋螺菌屬(Oceanospirillum)
油螺旋菌屬(Oleispira)
假螺菌屬(Pseudospirillum)
(Reinekea)(Thalassolituus)
嗜油菌科(Oleiphilaceae)
嗜油菌屬(Oleiphilus)
糖螺菌科(Saccharospirillaceae)
糖螺菌屬(Saccharospirillum)
巴斯德氏菌目(Pasteurellales)
巴斯德氏菌科(Pasteurellaceae)
放線桿菌屬(Actinobacillus)
(Aggregatibacter)(Avibacterium)(Bibersteinia)(Gallibacterium)嗜血菌屬(Haemophilus)(Histophilus)(Lonepinella)(Mannheimia)(Nicoletella)
巴斯德氏菌屬(Pasteurella)
(Phocoenobacter)(Volucribacter)
假單胞菌目(Pseudomonadales)
莫拉菌科(Moraxellaceae)
不動桿菌屬(Acinetobacter)
(Alkanindiges)
布蘭漢氏菌(Branhamella)
(Enhydrobacter)
莫拉菌屬(Moraxella)
(Perlucidibaca)
冷桿菌屬(Psychrobacter)假單胞菌科(Pseudomonadaceae)
(Azomonas)(Azomonotrichon)(Azorhizophilus)(Azotobacter)
纖維弧菌屬(Cellvibrio)
(Chryseomonas)(Flavimonas)(Mesophilobacter)
假單胞菌屬(Pseudomonas)
根瘤桿菌屬(Rhizobacter)
皺紋單胞菌屬(Rugamonas)
蛇形菌屬(Serpens)
鹹水球形菌目(Salinisphaerales)
鹹水球形菌科(Salinisphaeraceae)
鹹水球形菌屬(Salinisphaera)
硫發菌目(Thiotrichales)
(Francisellaceae)
(Francisella)
魚立克次體科(Piscirickettsiaceae)
(Cycloclasticus)(Hydrogenovibrio)(Methylophaga)魚立克次體屬(Piscirickettsia)(Sulfurivirga)(Thioalkalimicrobium)(Thiomicrospira)硫發菌科(Thiotrichaceae)
無色菌屬(Achromatium)貝扎託菌屬(Beggiatoa)亮發菌屬(Leucothrix)硫桿菌屬(Thiobacterium)硫珠菌屬(Thiomargarita)硫辮菌屬(Thioploca)
硫螺旋菌屬(Thiospira)
硫發菌屬(Thiothrix)
科未定
(Caedibacter)
(Fangia)
弧菌目(Vibrionales)
弧菌科(Vibrionaceae)
(Aliivibrio)
異單胞菌屬(Allomonas)
(Beneckea)
鏈狀球菌屬(Catenococcus)
腸弧菌屬(Enterovibrio)
(Grimontia)(Listonella)(Lucibacterium)
發光桿菌屬(Photobacterium)(Salinivibrio)弧菌屬(Vibrio)黃色單胞菌目(Xanthomonadales)
華桿菌科(Sinobacteraceae)
(Hydrocarboniphaga)(Nevskia)
華桿菌屬(Sinobacter)
黃色單胞菌科(Xanthomonadaceae)
水單胞菌屬(Aquimonas)
(Arenimonas)(Aspromonas)(Dokdonella)(Dyella)
(Frateuria)(Fulvimonas)(Ignatzschineria)(Luteibacter)(Luteimonas)(Lysobacter)假黃色單胞菌屬(Pseudoxanthomonas)(Rhodanobacter)(Silanimonas)(Stenotrophomonas)
熱單胞菌屬(Thermomonas)
黃色單胞菌屬(Xanthomonas)
(Xylella)
目未定
鹼單胞菌屬(Alkalimonas)
(Bowmanella)
聚集桿菌屬(Congregibacter)*
(Methylohalomonas)(Methylonatrum)(Sedimenticola)(Solimonas)(Thiohalomonas)(Thiohalophilus)
22螺旋體門(Spirochaetes)22.1螺旋體綱(Spirochaetes)螺旋體目(Spirochaetales)
短螺旋體科(Brachyspiraceae)
短螺旋體屬(Brachyspira)
小蛇菌屬(Serpulina)
鉤端螺旋體科(Leptospiraceae)
纖線菌屬(Leptonema)
鉤端螺旋體屬(Leptospira)
(Turneriella)
螺旋體科(Spirochaetaceae)
疏螺旋體屬(Borrelia)
(Brevinema)(Clevelandina)(Cristispira)(Diplocalyx)(Hollandina)(Pillotina)螺旋體屬(Spirochaeta)
密螺旋體屬(Treponema)
23柔膜菌門(Tenericutes)註：此處Tenericutes不同於原先基於形態分類的「軟壁菌門」，而僅包括支原體及其基於分子演化分類的親屬
23.1柔膜菌綱(Mollicutes)無膽甾原體目(Acholeplasmatales)
無膽甾原體科(Acholeplasmataceae)
無膽甾原體屬(Acholeplasma)植原體屬(Phytoplasma)*厭氧原體目(Anaeroplasmatales)
厭氧原體科(Anaeroplasmataceae)
厭氧原體屬(Anaeroplasma)無甾醇原體屬(Asteroleplasma)蟲原體目(Entomoplasmatales)
蟲原體科(Entomoplasmataceae)
蟲原體屬(Entomoplasma)中間原體屬(Mesoplasma)螺原體科(Spiroplasmataceae)
螺原體屬(Spiroplasma)支原體目(Mycoplasmatales)
支原體科(Mycoplasmataceae)
(Allobaculum)(Eperythrozoon)(Haemobartonella)
支原體屬(Mycoplasma)
脲原體屬(Ureaplasma)
目未定
丹毒絲菌科(Erysipelothrichaceae)
(Bulleidia)
丹毒絲菌屬(Erysipelothrix)
(Holdemania)(Solobacterium)
24熱脫硫桿菌門(Thermodesulfobacteria)24.1熱脫硫桿菌綱(Thermodesulfobacteria)熱脫硫桿菌目(Thermodesulfobacteriales)
熱脫硫桿菌科(Thermodesulfobacteriaceae)
(Thermodesulfatator)
熱脫硫桿菌屬(Thermodesulfobacterium)
25熱微菌門(Thermomicrobia)25.1熱微菌綱(Thermomicrobia)熱微菌目(Thermomicrobiales)
熱微菌科(Thermomicrobiaceae)
熱微菌屬(Thermomicrobium)
26熱袍菌門(Thermotogae)26.1熱袍菌綱(Thermotogae)熱袍菌目(Thermotogales)
熱袍菌科(Thermotogaceae)
(Fervidobacterium)(Geotoga)(Marinitoga)(Petrotoga)(Thermosipho)熱袍菌屬(Thermotoga)
27疣微菌門(Verrucomicrobia)27.1豐祐菌綱(Opitutae)豐祐菌目(Opitutales)
豐祐菌科(Opitutaceae)
交替球菌屬(Alterococcus)豐祐菌屬(Opitutus)紫紅球菌目(Puniceicoccales)
紫紅球菌科(Puniceicoccaceae)
(Cerasicoccus)(Coraliomargarita)(Pelagicoccus)
紫紅球菌屬(Puniceicoccus)
27.2疣微菌綱(Verrucomicrobiae)疣微菌目(Verrucomicrobiales)
疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)
(Akkermansia)
突柄桿菌屬(Prosthecobacter)
(Rubritalea)
疣微菌屬(Verrucomicrobium)
(Xiphinematobacteraceae)* (Xiphinematobacter)*
28門未定(Jonquetella)
28.1纖線桿菌綱(Ktedonobacteria)纖線桿菌目(Ktedonobacterales)
纖線桿菌科(Ktedonobacteraceae)
纖線桿菌屬(Ktedonobacter)
內容來自https://max.book118.com/html/2017/1031/138336166.shtm
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