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科學家提出基因測序數據分類新標準
科學家提出基因測序數據分類新標準有助於開發出更有效的疫苗；更迅速應對潛在公共衛生突發事件 最近，美國洛斯阿拉莫斯國家實驗室（LANL）的一個遺傳學小組和一國際財團聯合提出了一套旨在闡明可公開獲取的基因測序數據信息的質量標準。
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利用Nanopore測序從微生物群系獲得完整、封閉成環的細菌基因組
本周佳作提出了一套測序流程（Lathe，結合三代測序和二代測序的測序數據對細菌基因組進行組裝），作者利用多樣本對該套測序流程進行驗證，並最終得出該測序流程相比其他方法，組裝結果更具有連續性且成本更低，在研究生物功能尤其是重複原件的作用等方面具有廣闊應用前景。
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戰勝超級細菌的關鍵基因線索——質粒測序
來自威爾康桑格研究所和牛津大學大數據研究所的基因組病原體監測中心的研究人員，一起使用基因組測序技術分析質粒和從歐洲醫院病人身上採集的肺炎克雷伯菌樣本中的細菌染色體。9 月 24 日發表在《PNAS》上的這項發現揭示了抗生素耐藥基因通過質粒在細菌群體中傳播的三種不同途徑。研究人員說，在追蹤抗生素耐藥性時，將質粒包括在內是至關重要的，這樣才能最大限度地阻止超級細菌。腸桿菌科細菌家族的成員可以對碳青黴烯類抗生素一線抗生素產生耐藥性，並被收入世界衛生組織優先病原體嚴重疾病名單。
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測序技術找到對抗「超級細菌」耐藥性的基因突變
科技日報倫敦6月24日電 （記者田學科）由英國、丹麥等多國研究人員組成的團隊通過基因測序技術，發現了針對一種已經對抗生素產生耐藥性的「超級細菌」的治療方法，為解決抗生素耐藥性問題提供了新思路。「超級細菌」耐甲氧西林金葡菌（MRSA）目前已經對青黴素及其衍生物家族產生了廣泛的耐藥性，迫使醫生不得不尋求替代抗生素或不同藥物混和物。在早前的研究中，劍橋大學研究人員發現了一種MRSA分離物，即在病人感染處生長的一種細菌樣本，該樣本顯示出對青黴素和克拉維酸聯合使用的敏感性。
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水庫細菌群落分類組成與抗生素耐藥功能基因變化過程研究獲進展
水環境是抗生素抗性基因重要的儲存庫，自然水體受市政汙水、農業徑流等人類活動影響，可為抗性基因的增殖和傳播提供理想的環境條件。研究表明，在生活汙水、養殖廢水等抗生素含量較高的環境中，細菌群落物種分類組成變化與抗生素抗性基因動態密切相關。然而，在低抗生素選擇壓力的自然水體中，細菌群落組成對抗生素抗性基因動態變化的影響研究較少。
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科學家首次用單細胞測序方法分類神經細胞
現在，美國研究人員朝著這個方向邁出一大步。 美國史丹福大學駱利群和史蒂芬·夸克兩名教授領導的研究小組，在最新一期美國《細胞》雜誌上發表論文說，他們首次將單細胞ＲＮＡ（核糖核酸）測序技術運用到果蠅的嗅覺神經研究上，發現通過分析基因表達圖譜，能準確地把神經細胞分類。這是在基因水平上首次給不同神經細胞準確分類。
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16款測序平臺性能大PK！人類和細菌基因組DNA水平測序數據研究
自1977年第一代測序技術問世以來，經過四十餘年的探索，DNA測序技術取得了重大進展。隨著對測序成本降低的需求，以高通量為特點的第二代測序技術（NGS）應運而生並逐步成熟，以單分子測序為特點的第三代測序技術也已經誕生。DNA大規模平行測序已然成為基因組學研究和臨床診斷的重要工具。
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925個PacBio測序注釋的細菌基因組現已上線,拿走不謝!
而PacBio SMRT測序技術不僅可以得到長讀長以及高準確率的序列，簡化了細菌完成圖的組裝，而且，在測序中直接識別鹼基修飾，在原始數據中獲得細菌表觀遺傳的數據。這些優勢讓NCTC與PacBio達成NCTC 3000這項合作項目。
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Genome Biology 口腔中令人難以置信的細菌-研究人員仔細研究了...
研究人員檢查了人類口腔微生物組，發現了生活在口腔某些區域的細菌亞群的巨大變異性。 在許多情況下，能夠鑑定出少數基因，可以解釋特定細菌群體的棲息地特異性。該項新研究中，出於對細菌如何花粉棲息地以及在人體內的構型充滿好奇，由哈佛大學領導的微生物生態學研究人員檢查和研究了人類口腔微生物組，發現了生活在口腔某些區域的細菌亞群的驚人變化。 內容 得力於最新的測序和分析方法，可以更好地了解口腔微生物組，提供了解決細菌群落複雜性的新方法。
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Genome Biology | 口腔中令人難以置信的細菌-研究人員仔細研究了...
研究人員檢查了人類口腔微生物組，發現了生活在口腔某些區域的細菌亞群的巨大變異性。 在許多情況下，能夠鑑定出少數基因，可以解釋特定細菌群體的棲息地特異性。該項新研究中，出於對細菌如何花粉棲息地以及在人體內的構型充滿好奇，由哈佛大學領導的微生物生態學研究人員檢查和研究了人類口腔微生物組，發現了生活在口腔某些區域的細菌亞群的驚人變化。內容得力於最新的測序和分析方法，可以更好地了解口腔微生物組，提供了解決細菌群落複雜性的新方法。
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細菌與古細菌的基因組草圖
日前，美國科學家利用單細胞基因組學技術，對從未在實驗室中被培養過的細菌與古細菌進行測序，獲得了201種細菌與古細菌的基因組草圖，大大拓寬了人類對「微生物暗物質」的認識。研究結果發表在7月14日的《自然》。
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細菌16s rDNA微生物多樣性研究中可變區的選擇
rRNA基因可變區進行特異性引物設計，採用不同標籤序列區分不同樣品，利用高通量測序平臺進行不同樣品的高通量測序，進而獲得測序數據，針對環境中細菌進行分析的技術。 16s rrna基因全長測序隨後被發現能夠將細菌分類到新種，甚至新屬中。 5. 用來描述從未被成功培養的新物種。
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研究:新一代測序技術開闢古基因研究新競技場
Ust』-Ishim地區發現的距今4.5萬年的股骨，研究人員對人類最古老的基因進行了測序。她學會了如何用複雜的下一代DNA測序技術檢測古老的人體組織樣本。 「後來我回到美國，把這項技術教給了ASU的所有研究生。」她說。這項精準的、有著上百年歷史的微生物測序技術讓她取得了一項驚人的發現：新世界（即南、北美洲及其附近島嶼）的古結核病有可能來自於海洋哺乳動物。 Harkins的經歷和古遺傳學研究領域的開拓者Svante P?覿?覿bo可謂異曲同工。
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研究人員完成古老綠藻基因組測序
新華社華盛頓4月9日電(記者任海軍)一個國際研究小組日前對兩株被認為屬於同一種藻類的古老綠藻進行了基因組測序,結果發現二者的基因只有90%相同。由於研究所用的綠藻位於真核生物生命樹底部,科學家認為,這一發現為研究藻類以及陸地植物的進化提供了新線索。
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...白菜 全基因組測序 基因組圖譜 科學家 油菜品種 異源四倍體...
東方網10月14日消息：由中國科學家領銜的白菜、甘藍和油菜全基因組測序項目取得階段性重大成果，項目組日前獲得了白菜全基因組的精細圖，甘藍和油菜全基因組的框架圖。 白菜、甘藍和油菜全基因組測序項目於去年９月啟動，吸引了中國農科院、華中農業大學、湖南大學等多所國內研究機構以及韓、英、加、澳、美等國的相關研究機構科研人員參與，其中中國農科院蔬菜花卉研究所和油料作物研究所為項目主持單位。此次測序所用材料為大白菜品種Ｃｈｉｉｆｕ、中國自主培育的甘藍品系１１－０２和油菜品種中雙１１號。
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From 16S rDNA測序 To 宏基因組學研究—技術發展及異同點
②保守區為所有細菌共有，細菌間無差別，能反映生物物種的親緣關係，可變區具有屬或種的特異性，序列則隨菌間的親緣關係不同而有一定的差異，所以能揭示生物物種的特徵核酸序列，被認為是最適於細菌系統發育和分類鑑定的指標。③根據保守區設計引物位點，擴增可變區獲得的序列可以用於菌種鑑定。一種快速、廉價的菌種鑑定方法。
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《核酸研究》發表全球模式微生物基因組測序計劃重要進展
10月29日，《核酸研究（Nucleic AcidsResearch）》gcType是由我國牽頭的全球模式微生物基因組測序計劃的重要成果。模式菌株（type strains）是在給微生物定名、分類記載和發表時，以純菌狀態所保存的菌種，是微生物分類學的標準參考物質，也是理想的生物技術研究工具，具有重要的科研和產業價值
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澳洲新南威爾斯大學研究人員在南極發現一種吃空氣的細菌
澳洲新南威爾斯大學（UNSW）的研究人員，2017年在南極發現一種「吃空氣的細菌」，不過最新研究發現，這些細菌會把空氣裡的氫氣新南威爾斯大學的研究人員在南極發現了一種細菌，透過空氣本身獲取能量，低營養的土壤中無法獲得充足的養分，所以它們把氫氣、二氧化碳及一氧化碳分離出來，這種現象被稱為「大氣化學合成 」。
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研究人員開發出高覆蓋度的單細胞拉曼分選-測序技術RAGE-Seq
拉曼激活細胞分選耦合測序是菌群單細胞分析的重要手段，但其低基因組覆蓋度一直困擾著業界。中國科學院青島生物能源與過程研究所單細胞中心發明了全新的單細胞拉曼分選-測序技術RAGE-Seq，實現了菌群中單個目標細胞近100%覆蓋度的精準測序。該工作發表於Small。
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弗萊明留下的青黴菌,最近終於得到了基因測序
英國研究人員首次對亞歷山大·弗萊明（Alexander Fleming）留下的青黴菌進行了基因組測序，發現它和目前用於工業生產的青黴菌有一些不同