925個PacBio測序注釋的細菌基因組現已上線,拿走不謝!

2021-02-13 希望組科技服務



近日由英國公共衛生部PHE（Public Health England）, 太平洋生命科學公司PacBio (Pacific Biosciences) 及維爾康姆基金會桑格研究所Sanger(the Wellcome Trust Sanger Institute) 三方合作的NCTC 3000項目公開了新項目進展，已上線了925個注釋的細菌基因組，NCTC 3000項目為「Public Health England reference collections」項目工程的一個主要部分，計劃通過PacBio SMRT測序技術完成英國公共衛生部國家標準菌庫NCTC的3,000 株菌株的基因組測序。

英國公共衛生部國家標準菌庫NCTC是世界上最大的菌庫之一，作為生物資源中心，為生物基礎及臨床研究提供已知種源地的菌株。然而，NCTC的大多數菌株目前都沒有參考基因組，這嚴重製約了NCTC菌株在研究中的參考應用。而PacBio SMRT測序技術不僅可以得到長讀長以及高準確率的序列，簡化了細菌完成圖的組裝，而且，在測序中直接識別鹼基修飾，在原始數據中獲得細菌表觀遺傳的數據。這些優勢讓NCTC與PacBio達成NCTC 3000這項合作項目。

在NCTC3000項目中，PHE負責提供3,000株菌株，PacBio負責菌株的測序工作，最後由Sanger組裝注釋這些菌株。目前925個細菌基因組已測序組裝注釋，需要的研究人員可以訪問：http://www.sanger.ac.uk/resources/downloads/bacteria/nctc/。

 

組學君語：未來組作為國內首家第三代測序服務的公司，致力於提供三代PacBio測序組裝技術服務，目前未來組已將NCTC3000項目中925個PacBio組裝注釋的細菌基因組數據更新到我們的基礎資料庫，為廣大科研工作者提供更完善的微生物基因注釋數據。

NCTC3000項目，惠及了微生物基礎領域及臨床各方面研究，作為中國國家科技基礎條件平臺之一的國家微生物資源平臺NIMR，其核心機構涵蓋農業微生物、醫學細菌、藥學微生物、工業微生物、獸醫微生物、普通微生物、林業微生物、海洋微生物等菌種的保藏和管理，NIMR是否也會啟動類似NCTC項目，讓我們一起期待吧！

 

關於武漢未來組

武漢未來組生物科技有限公司（Nextomics Biosciences）成立於2011年8月8日，總部位於武漢光谷生物城，目前在北京生命科學園和美國洛杉磯設立有分支機構，是中國首家第三代測序服務公司。

武漢未來組通過三代測序生物信息學工具和流程的開發，解決了複雜基因組組裝、微生物完成圖組裝、全長轉錄組分析、人類基因組變異檢測等領域的技術瓶頸，推動了基因組學研究的升級換代，目前已經完成數百個三代測序科研項目，發表了多篇三代測序的科學文獻。因為專注於三代測序技術開發和應用推廣，武漢未來組已經成為中國三代測序技術應用的領導者。

 

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