引 言
炎症性腸病(Inflammatory Bowel Disease, 簡稱IBD)是一組特定的腸道慢性疾病的統稱,主要包括克羅恩病和潰瘍性結腸炎兩種。IBD的特徵是慢性和復發性胃腸道炎症,其可增加患結腸炎相關癌症的風險。
化學致炎劑DSS 是一種人工合成的硫酸鹽多糖,小鼠經飼餵含有DSS 的飲水可以形成炎症性腸病模型( 簡稱DSS 模型)。其病理改變接近人類潰瘍性結腸炎(UC),往往出現以血便、腸道黏膜潰瘍和粒細胞浸潤為特徵的結腸炎症。
DSS模型構建相對簡單且經濟,廣泛用於篩選治療炎症性腸病(IBD)的新方法和臨床前新藥物的開發,也用於研究IBD的發病機制,在生物學研究中被廣泛使用。
DSS知多少?
DSS(Dextran sulfate sodium),中文名:硫酸葡聚糖鈉
產品名稱:硫酸葡聚糖鈉
別名:葡聚糖硫酸酯鈉,DSS,右旋糖酐硫酸酯鈉,葡聚糖硫酸鈉鹽
英文名稱:Dextran sulfate sodium
CAS No.:9011-18-1
結構:
但DSS抑制PCR反應的現象已被廣泛關注,有多篇文獻報導過。如果不對樣本做額外的處理,可能導致PCR失敗或數據失真,導致得出錯誤的結論。
DSS造成的影響?
1、DSS處理並不會導致組織樣本DNA和RNA完整性改變。
2、DSS處理對PCR擴增造成了嚴重的抑制。DSS處理組的樣本PCR擴增沒有特異條帶。
另外,腸道微生態的改變也是很多老師利用DSS模型研究的內容之一。DSS處理的樣本對16srDNA的擴增也有很大的影響。
降低DSS影響的辦法
DSS模型樣本需要經過怎樣的處理才能降低PCR的抑制呢?
1、RNA層面 用LiCl對抽提好的RNA進行純化
經過LiCl處理的RNA樣本能特異性的擴增出目的產物。
2、DNA層面
研究表明,帶有高價陽性電荷的精胺能有效中和陰性電荷的DSS分子,通過添加一定量的精胺能有效抑制DSS對PCR擴增的影響。
DSS濃度和精胺濃度都會對後期的PCR反應造成不同程度的影響,需要對樣本處理條件做一定的優化。
歐易生物經過多輪測試,針對DSS處理的糞便樣品研發出獨特的純化方案,PCR成功率得到極大提升。
圖1 | DSS處理樣品未純化
圖2 | DSS處理樣品純化後
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參考文獻:
1. Thouvenot, Pierre at el. Have you tried spermine? A rapid and cost-effective method to eliminate dextran sodium sulfate inhibition of PCR and RT-PCR. JOURNAL OF MICROBIOLOGICAL METHODS, Volume 144, Number 1, 2018, pp. 29-32(4)
2.Emilie Viennois at el. Dextran sodium sulfate inhibits the activities of both polymerase and reverse transcriptase: lithium chloride purification, a rapid and efficient technique to purify RNA.BMC Research Notes 2013, 6:360