最全小麥重測序合集:小麥基因組變異聯合資料庫(WheatUnion)

2021-01-11 網易

2020-12-31 11:39:25　來源: 重賞之下必有

舉報

　　為了繼承和發揚老一輩小麥科研工作者合作共贏，資源共享的傳統，助力全國小麥科研共同體的良性發展，加快我國小麥科研的進展，由河北師範大學

　　劉西崗

　　教授建議並聯繫，在中國農業大學

　　孫其信

　　教授和

　　倪中福

　　教授的關心和大力支持下，中科院遺傳發育所

　　焦雨鈴

　　研究員和

　　魯非

　　研究員以及中國農科院作科所

　　張學勇

　　研究員積極參與並無私奉獻，最後由中國農業大學小麥研究中心

　　郭偉龍

　　老師和生信協作組同學們一起在自主開發的生物信息學分析平臺SnpHub（一作解讀|GigaScience:可快速部署的SNP數據檢索分析資料庫模型SnpHub及在小麥中的應用）的基礎上，將我國學者近期發表的四篇文章中共計627份六倍體小麥重測序數據（表一）整合在一起，構建了」小麥基因組變異聯合資料庫」——WheatUnion（簡稱「WUdatabase」，或「WU資料庫」）。

　　訪問連結：

　　http://wheat.cau.edu.cn/WheatUnion/

　　表一：WU-database中的數據集說明

　　

　　目前結果經內部測試驗證後，現面向全體小麥科研工作者釋放。

　　——劉西崗教授（河北師範大學）

　　至2020年底，我國小麥研究的同行們公開發表的重測序數據已經接近700份。原始測序數據已經按照要求上傳到了NCBI等基因組學資料庫中，其中很多材料是我國國內同行使用和所關心的。在今年2月份上推送的文章（拿什麼迎接你：即將到來的海量重測序數據？）中討論過「海量重測序數據」所帶來的諸多挑戰：我們雖然都能下載原始數據，但是要完成比對、分析、整合等過程，對於小麥這樣基因組龐大的作物來說，無論是時間成本還是經濟成本，都很難由一個研究團隊可以在短期內完成。

　　如何快速整合這些數據來幫助同行們的研究？2020年，國內已經多家單位在數據整合、共享和資料庫建設方面做出了貢獻（表二）。此外，特別值得一提的是，小麥研究聯盟公眾號團隊維護的「小麥多組學網站（

　　http://202.194.139.32/

　　）」自2018年開放運行以來目前已經有117萬的點擊量，已被國內外廣大同行使用。

　　表二：2020年我國在小麥相關資料庫/數據集建設方向的工作匯總

　　

　　隨著諸多數據集合的快速發表，在短時間內整合不同文章的大數據依然有諸多難點和挑戰。值得慶幸的是，在劉西崗老師的倡議和聯繫下，各個相關團隊的領導和責任導師都在第一時間對」整合我國幾家單位已經發表小麥重測序數據」這一提議非常支持，並提供了鼎力相助！在此一併感謝！也很感謝各位前輩們的信任，讓我們能夠有機會承擔這樣一份「有分量」的資料庫的建設工作。同時也感謝王梓豪、王文熙、謝小明等研究生的連續幾周的努力，在解決了諸多問題後能夠在2020年底完成一個可供同行使用的資料庫系統。當然還有許多不完美和不夠完善的地方，還望同行們建議以及海涵！期待更多反饋！

　　讓我們繼續協力齊心，變得更強！

　　——郭偉龍副教授（中國農業大學小麥研究中心）

　　

　　小麥族多組學網站：

　　http://202.194.139.32

　　投稿、合作等郵箱：

　　13148474750@163.com

　　微信群:

　　加群點擊

　　小麥研究聯盟交流群

　　雜誌影響因子查詢：

特別聲明：以上內容(如有圖片或視頻亦包括在內)為自媒體平臺「網易號」用戶上傳並發布，本平臺僅提供信息存儲服務。

Notice: The content above (including the pictures and videos if any) is uploaded and posted by a user of NetEase Hao, which is a social media platform and only provides information storage services.

相關焦點

  • ...最為全面的小麥基因組圖譜,揭示小麥現代育種進程中的遺傳變異
    該研究選取了全球小麥育種進程中具有代表性的16個品種進行全基因組測序，提供了迄今為止最為全面的小麥基因組圖譜，使從事小麥研究的科學家和育種家們快速鑑定與小麥產量性狀、抗病蟲害及其他重要農藝性狀相關的基因，從而為提高小麥的產量及病蟲害抗性等多方面的研究提供了極大的幫助。小麥是全球種植範圍最廣也是消費最多的一種主要糧食作物，為世界上三分之一的人口供給了主糧。
  • 科學網—全基因組測序重現小麥「家世」
    10月26日，中國科學院遺傳與發育生物學研究所研究員魯非和焦雨鈴團隊合作，對共計414種有代表性的普通小麥和近緣麥類物種進行全基因組的重測序，並結合群體遺傳學分析重現了小麥演化歷史。該研究同時挖掘了小麥的基因組多態性，為跨物種轉移適應性成功以進行作物改良奠定了基礎並提供了新視角。相關成果在線發表於《自然—遺傳學》。
  • [重磅] Nature|一作解讀|10+小麥基因組項目:揭示全球小麥當代育種材料豐富的變異
    10+基因組團隊(http://www.10wheatgenomes.com/)在國際著名雜誌《自然》上在線發表了標題為「MULTIPLE  WHEAT GENOMES REVEAL GLOBAL VARIATION IN MODERN BREEDING」的最新研究成果, 揭示多個小麥基因組的結構和變異以及對當代小麥育種的影響
  • Nature | 迄今最為全面的小麥基因組圖譜,揭示小麥現代育種進程中...
    該研究選取了全球小麥育種進程中具有代表性的16個品種進行全基因組測序，提供了迄今為止最為全面的小麥基因組圖譜，使從事小麥研究的科學家和育種家們快速鑑定與小麥產量性狀、抗病蟲害及其他重要農藝性狀相關的基因，從而為提高小麥的產量及病蟲害抗性等多方面的研究提供了極大的幫助。
  • 全基因組測序重現小麥「家世」—新聞—科學網
    10月26日晚，中國科學院遺傳與發育生物學研究所研究員魯非和焦雨鈴團隊合作，通過對共計414種有代表性的普通小麥和近緣麥類物種進行全基因組的重測序，並結合群體遺傳學分析「重現」了小麥的演化歷史。該研究同時挖掘了小麥的基因組多態性，為跨物種轉移適應性成功以進行作物改良奠定基礎並提供新視角。相關研究成果在線發表於《自然—遺傳學》雜誌。
  • 西藏半野生小麥基因組結構變異、起源與演化規律和高原適應性機制
    Nature Comm | 中國農業大學研究團隊揭示西藏半野生小麥基因組結構變異、起源與演化規律和高原適應性機制的研究論文，從基因組水平上全面揭示了西藏半野生小麥基因組結構變異、起源與演化規律和高原適應性機制，填補了國內外相關研究領域的空白
  • 魯非/焦雨鈴團隊合作通過全基因組測序重現小麥「家世」
    中國科學院遺傳與發育生物學研究所研究員魯非和焦雨鈴團隊合作通過對共計414種有代表性的普通小麥和近緣麥類物種進行全基因組的重測序，並結合群體遺傳學分析「重現」了小麥的演化歷史。該研究同時挖掘了小麥的基因組多態性，為跨物種轉移適應性成功以進行作物改良奠定基礎並提供新視角。
  • 多個小麥基因組揭示現代育種的全球變異
    多個小麥基因組揭示現代育種的全球變異 作者：小柯機器人 發布時間：2020/11/27 13:55:57 加拿大薩斯喀徹溫大學Curt A.
  • IJMS:全基因組水平解析小麥抗葉銹病Lr47基因轉錄調控網絡
    目前已鑑定出的70多個Lr基因中，來自斯貝爾圖山羊草（Aegilops speltoides）的Lr47基因被初步定位於普通小麥7號染色體的短臂。攜帶Lr47基因的小麥品種對我國全部葉鏽菌生理小種均表現出較高抗性水平。然而，該基因在我國小麥育種中尚未得到廣泛應用，基因克隆工作仍在進行，其轉錄調控網絡同樣亟待明確。
  • Nature Protocol|六倍體小麥基因組編輯系統
    2014年9月，中科院遺傳所高彩霞團隊在《Nature Protocols》雜誌上發表了題為「Genome editing in rice and wheat using the CRISPR/Cas system」的文章，詳細描述了利用CRISPR/Cas系統實現水稻和小麥基因組編輯的實驗方案。
  • 一作解讀｜BSE-Seq助力小麥基因克隆
    隨著高通量測序（Next-Generation Sequencing，NGS）的發展，全基因組測序（whole-genome sequencing，WGS）、外顯子捕獲測序（exome capture sequencing）、轉錄組測序（RNA-Sequencing）、抗病基因富集測序（R gene enrichment sequencing，RenSeq）以及結合集群分離分析方法（Bulked segregant
  • 小麥基因定位與基因組研究平臺構建
    近日，中國農業科學院作物科學研究所（以下簡稱作科所）小麥基因資源發掘與利用創新團隊牽頭構建了小麥基因定位與基因組研究平臺-WheatGmap（https://www.wheatgmap.org），為高效克隆小麥功能基因提供了一個有效的數據利用、分析和共享平臺。近日，相關研究成果在線發表於《分子植物》。
  • 農科院科研團隊揭示小麥品種基因組演變規律
    新京報訊（記者 周懷宗）隨著分子生物學的發展，育種技術正在從「技術加經驗」的育種模式，轉向基於基因測序的新型育種模式。近日，中國農科院相關課題組發現，小麥育種中，三個亞基因組間存在顯著的育種選擇非對稱性。該現象由中國農業科學院作物科學研究所小麥基因資源發掘與利用創新團隊發現。相關研究成果在線發表在《分子植物》上。
  • 多國合作編纂「小麥字典」:六倍體小麥基因測序完成—新聞—科學網
    8月17日，《科學》在線發布了一項歷時13年的研究：完整版六倍體小麥「中國春」的基因組圖譜。這一成果由國際小麥基因組測序聯盟（IWGSC）牽頭，署名作者來自20餘個國家的70多家機構。 這本「字典」能幹嗎？小麥倒不倒伏、耐不耐旱、種子是大還是小、營養價值高不高，可都和它有關。
  • 【學術前沿】中科院遺傳發育所魯非/焦雨鈴合作開發小麥屬全基因組...
    【學術前沿】中科院遺傳發育所魯非/焦雨鈴合作開發小麥屬全基因組遺傳變異圖譜，揭示小麥適應性進化關鍵… 2020-10-28 17:23 來源：澎湃新聞·澎湃號·政務
  • 研究揭示六倍體小麥遺傳多樣性來源—新聞—科學網
    本報訊（通訊員李曉春、王學鋒 記者張行勇）7月12日，西北農林科技大學旱區作物逆境生物學國家重點實驗室研究人員在《基因組生物學》上發表研究論文，揭示出六倍體小麥遺傳多樣性來源於頻繁地與野生小麥的種內雜交以及與更遠緣野草的種間雜交
  • 【小麥重磅】10+ Wheat Genomes Project基因組序列釋放
    [重磅]10+ Wheat Genomes Project基因組序列釋放 以前的推送中，我們向大家推薦過這個資源，以前只能進行blast（https://webblast.ipk-gatersleben.de/wheat_ten_genomes
  • 兩對小麥分櫱近等基因系的lncRNA鑑定分析
    分櫱是小麥生長發育的重要階段，也是產量形成的重要因素，受到包括環境條件、轉錄水平、轉錄後水平等的綜合調控。前人研究發現，lncRNA-LRK Antisense Intergenic RNA可影響富亮氨酸重複受體激酶基因簇，從而影響水稻分櫱和產量(Wang et al. 2018)。
  • 史上最全小麥基因組序列圖集問世
    科技日報北京12月2日電 （記者馮衛東）據最新一期《自然》雜誌報導，加拿大薩斯喀徹溫大學領導的國際團隊在一項對全球小麥生產具有裡程碑意義的研究——10+基因組計劃中，對代表全球育種計劃的15個小麥品種的基因組進行了測序。這將使科學家和育種人員能夠更快地識別出具有影響力的基因，從而提高小麥產量、害蟲抗性和其他重要的農作物性狀。
  • 劉志勇團隊與李洪傑團隊合作連續克隆兩個小麥抗白粉病基因!
    從精細定位群體中篩選重組體，用15個純合抗病和20個純合感病重組家系再次構建抗、感混合池，進行第二次轉錄組測序，並繼續開發分子標記，將Pm5e定位在分子標記WGGB2和WGGB3之間0.04 cM遺傳區間，對應中國春基因組13.5 kb的物理區間。