【華智技術貼】分子標記技術及育種應用(中):基於PCR技術的第二代分子標記

2021-02-13 華智生物官微

簡單序列重複（Simple Sequence Repeat，SSR）也稱為微衛星DNA（Microsatellite DNA），其串聯重複的核心序列為2-6 bp，其中最常見是雙核苷酸重複，如(CA)n和(TG)n。每個微衛星DNA的核心序列結構相同，重複單位數目不同。其高度多態性主要來源於串聯數目的不同。SSR標記的基本原理是在重複序列兩端的外圍設計引物，通過PCR反應擴增包括微衛星的片段，由於核心序列串聯重複數目不同，因而能夠用PCR的方法擴增出不同長度的PCR產物，將擴增產物進行凝膠電泳，根據擴增片段的大小確定基因型。SSR具有以下一些優點：(l)一般檢測到的是一個單一的多等位基因位點；⑵微衛星呈共顯性遺傳，故可鑑別雜合子和純合子；⑶所需DNA量少。SSR標記是第二代分子標記中應用最為廣泛的分子標記之一，由於其檢測方法簡單，至今仍然在很多實驗室廣泛應用。

根據SSR的特點，Zietkeiwitcz等於1994年研發了ISSR（inter-simple sequence repeat）標記。其基本原理是用錨定的微衛星DNA為引物，即在SSR序列的3'端或5'端加上2-4個隨機核苷酸，在PCR反應中可以擴增間隔不太大的重複序列間DNA片段。所擴增的inter SSR區域的多個條帶通過聚丙烯醯胺凝膠電泳得以分辨，擴增譜帶多為顯性。ISSR引物的開發不像SSR引物那樣需測序獲得SSR兩側的單拷貝序列，開發費用降低。ISSR實際上是一種類似於RAPD的隨機引物標記，其PCR引物可以在不同的物種間通用，但其精確度遠高於RAPD標記。

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