粗略地講，人類的思想發展經過了三個階段，分別是神學、哲學和科學。當然，我並不是說有了哲學就沒有神學，同樣也不是有了科學就沒有哲學與神學。並不是簡單的替代關係。因為新的思想出現之後，舊的並不會消失。而且有些問題科學是解決不了的，比如關於人生的那些終極問題，理性很難給出令人滿意的答案。
之前我們講過，在希臘城邦文明興起之前的「黑暗時代」末期，荷馬和赫西俄德整理出了一套神話譜系，這套神話譜系構成了後來古希臘人的精神世界。荷馬和赫西俄德都提到了命運的概念，在神表面的喜怒無常背後有著一種連神也無法抗拒的力量。以此為基礎再往前走就出現了自然是受非人格的自然規律控制的想法。
邁出這關鍵一步的是米利都的三個哲學家：泰勒斯、阿那克西曼德和阿那克西米尼。哲學史我們就不細講了，直接看結果。時間來到幾百年之後的亞里斯多德時代，亞里斯多德是古希臘哲學的集大成者，他總結了前人的智慧，發展出了一套包羅萬象的思想體系。
要理解亞里斯多德就要弄明白他的「四因說」，「四因說」是他在分析實體時提出來的。分別是形式因、質料因、動力因、目的因。簡單來說就是，當看見一個物體時，我們會問它是什麼樣子的？它是由什麼構成的？它是誰創造的？造它的目的是什麼？比如分析一把椅子的四因就是，它是一把椅子(的樣子)，由木頭構成，一個木匠製作，為了坐人。
有人可能會說這是人造物，自然物哪有動力因和目的因啊？這裡就是亞里斯多德和我們不同的地方，他認為自然物也是有動力和目的的，只不過是在事物內部(這可能是他喜歡研究生物的結果）。比如分析一棵橡樹，他說橡樹的質料因是種子，形式因是種子長成之後的橡樹，而種子長成橡樹的過程就表明橡樹是種子的動力因和目的因，因此在研究自然物的時候他把形式因、動力因、目的因統一起來。這樣四因就剩下兩個，質料因和形式因。
有人又要問了還有無生命的呢？比如石頭？這也不是問題。亞里斯多德把形式（橡樹）是質料（種子）的動力和目的的想法進一步推廣，認為宇宙間的所有事物都是這樣逐層遞進而來。例如，磚頭是泥土的動力和目的，房屋又是磚頭的動力和目的，以此類推。這樣宇宙就成了一個從低到高的階梯式的動態系統，所有事物都有了自己的位置。
在這些基本信念的基礎上，亞里斯多德形成了一套獨特的目的論的世界觀。宇宙分月上天和月下天。月下天的物體由土、水、氣、火四種基本元素按照不同比例混合而成。按重量排列，最重的元素是土、其次是水、再次是氣、火最輕。亞氏根據觀察，發現重的物體下降，輕的上升。他認為物體的本性（目的）是回到它的「自然位置」，正如橡樹種子的目的是長成橡樹。他也注意到了有些運動是違反「自然的」，比如我們向上扔一塊石頭，他管這叫受迫運動，他認為只有在受外力作用下物體才會違反自己的本性，並且外力一旦消失物體就會回到自然位置。
月上天是不朽的（這就是為什麼沒人相信伽利略的觀測），由以太構成，以太構成的物體的自然運動是圓周運動。所以天體做圓周運動是它們的本性（克卜勒為此糾結了好久）。亞氏就這樣解釋了物體的不同運動。這與我們今天的認識——物體運動是外力作用的結果——完全不同。
從大約公元前300年到公元1600年，亞氏的目的論宇宙觀影響了西方世界近2000年，中間雖然有所改動，但是大框架始終沒變。一直到伽利略、克卜勒、牛頓的出現，才終於被拋棄。