一、汙染的預防
預防是防止細胞培養過程中發生汙染的最好辦法。只有預防工作做在前，才能將發生汙染的可能性降到最小程度。一般預防可從以下幾方面著手：
(一)從操作者做起
1、操作者責任心要強，要細心穩重，操作技術要熟練。進無菌室前要用肥皂洗手或用5%新潔爾滅浸泡5分鐘，按規定穿隔離衣。進入後關好門，坐下來儘量少走動。工作開始要先用75%酒精棉球擦手、擦瓶口和燒灼瓶口。事先要嚴格檢查器材、溶液和培養物，不要把汙染品或未經消毒的物品帶入無菌室內，更不能隨便使用，以免造成大批汙染。
2、操作者動作要輕，必須在火焰周圍無菌區內打開瓶口，並將瓶口轉動燒灼。操作時儘量不要談話，若打噴嚏或咳嗽應轉向背面。
3、操作時要常更換吸管，切勿一根吸管做到底。一旦發現吸管口接觸了手和其他汙染物品應棄去。實驗完畢及時收拾，保持實驗室清潔整齊，最後用消毒水浸泡的紗布擦臺面。
(二)從物品、用品消毒滅菌著手
細胞培養所用物品清洗、消毒要徹底，各種溶液滅菌除菌要仔細，並在無菌試驗陰性後才能使用。操作室及剩餘的無菌器材要定期清潔消毒滅菌。
(三)防止細胞交叉汙染
在進行多種細胞培養操作時，所用器具要嚴格區分，最好做上標記便於辨別。並按順序進行操作，避免一起進行時易發生混亂。
在進行換液或傳代操作時，注射器和滴管不要觸及細胞培養瓶瓶口，以免把細胞帶到培養液中汙染其他細胞。
所有細胞一旦購置，或從別處引入，或自己建立，均應及早留種凍存，一旦發生汙染可棄之復甦，重新培養。
二、汙染的清除
培養細胞一經汙染，多數較難處理。如果汙染細胞價值不大，宜棄之;有細胞株留存的或可購置的，可在尋找原因後徹底消毒操作室，復甦或重新購置細胞，再培養。若汙染細胞價值較大，又難於重新得到，可採取以下辦法清除。
(一)使用抗生素
抗生素對殺滅細菌較有效。聯合用藥比單獨用藥效果好。預防用藥比汙染後再用藥效果好。預防用藥一般用雙抗生素(青黴素100u/mL加鏈黴素100μg/mL)，汙染後清除用藥需採用大於常用量5～10倍的衝洗法，於加藥後作用24～48小時，再換常規培養液。此法在汙染早期可能有效。所用抗生素品種除青黴素、鏈黴素外，還可用慶大黴素、卡那黴素、多粘菌素、四環素、制黴菌素等。常用400～800μg/mL卡那黴素或200μg/mL四環素處理，每隔2～3日換液1次，傳1～2代進行治療。近年來有報導，4-氟，2-羥基喹啉(Ciprofloxacin,Cip)、截耳素衍生物(Pleu-romutilinderivative,BM-Cyclin2:BM-1和四環素衍生物(BM-2)等三種抗生素單用或合用對殺滅支原體有效。這三種抗生素均用PBS配成250X濃縮液，-20℃保存備用，使用濃度Cip為10μg/mL，BM-1為10μg/mL，BM-2為5μg/mL。使用時先吸除汙染的培養液，加入含BM-1的RPMI1640培養液，3天後再吸除培養液，加入含BM-2的RPMI1640培養液，培養4天，如此連續3個輪次，直至用33258螢光染色鏡檢證明已清除支原體後，再加正常培養液培養傳代3-4次。
(二)使用支原體特異性血清
用5%的兔支原體免疫血清(血凝效價1:320以上)可去除支原體汙染，因特異抗體可抑制支原體生長，故經抗血清處理後11天即轉為陰性，並且5個月後仍為陰性。但此法比較麻煩，不如用抗生素方便、經濟。
(三)加溫處理
將汙染的組織培養物放在41℃培養18小時，可殺死支原體，但對細胞有不良影響。所以在處理前要進行預試驗，摸索能最大限度殺死支原體又對細胞影響最小的加熱時間。此法有時不可靠。若先用藥物處理後，再以41℃加溫處理效果更佳。
(四)其他方法
除了上述去除汙染的方法外，還有動物體內接種除菌法、巨噬細胞吞噬法、汙染培養瓶中加溴尿嘧啶再用光照射的方法及過濾法等，但均較麻煩，且效果不確定。所以一旦支原體汙染，除非有特別重要價值，一般均棄之重新培養。