2009年，黨中央、國務院領導強調，在複雜多變的國內外經濟形勢下，生態環境保護不能有一絲一毫放鬆。要把應對國際金融危機作為轉變經濟發展方式的重要機遇，把加強環境保護作為調整經濟結構的重要舉措，把生態建設作為培育新的經濟增長點的重要內容。各部門、各地區認真貫徹黨中央、國務院的重大部署，以做好國際金融危機形勢下的環境保護工作為主線，以解決危害人民群眾健康的突出問題為重點，積極探索中國生態環境保護的新道路。一年來，汙染減排取得明顯成效，汙染防治穩步推進，基礎能力建設取得積極進展，較好完成了各項工作任務。
一、重點流域汙染防治工作取得新進展。認真貫徹胡錦濤總書記「讓江河湖泊休養生息」的重要批示精神，召開全國環境保護部際聯席會議暨松花江、淮河及黃河中上遊流域水汙染防治專題會議，創新落實政策舉措。出臺了《重點流域水汙染防治專項規劃實施情況考核暫行辦法》，並全面建立了重點流域省界斷面水質考核制度。考核評估2008年度規劃實施情況結果顯示，水質斷面7成達標，淮河、海河、遼河、巢湖、滇池、松花江、三峽庫區及其上遊、黃河中遊8個流域完成汙染治理投資714.9億元，建成項目1270個，在建項目785個。水專項全面實施，啟動項目32個，課題230個，大部分示範工程和配套工程進入實施階段。完成九大湖庫生態安全評估，獲取數據82萬個，為制定「一湖一策」綜合治理方案創造了條件。首次明確4000多個城鎮集中式飲用水水源環境管理對象，城鎮集中式飲用水水源地環境調查進展順利。組織開展上海世博會和廣州亞運會空氣品質保障情況調研，全面部署長三角、珠三角區域聯防聯控工作。這些舉措為降低重點流域地區的汙染負荷發揮了重要作用。
二、著力解決關係民生的突出環境問題。2009年，陝西鳳翔、湖南武岡、雲南東川等地先後發生了12起重金屬、類金屬汙染事件。相關部門和地方及時組織專家趕赴現場，開展環境應急監測，確認汙染程度和範圍，進行事故調查和處置，救治受害群眾，責令關閉、停產汙染企業，督促追究政府部門和企業負責人的責任，維護了社會穩定。
三、農村環境保護工作廣泛開展。「以獎促治」是環境保護的一項重大政策創新。2009年，中央財政投資農村環境專項資金10億元，支持1460多個城鎮開展環境綜合整治和生態建設示範試點，900多萬名群眾直接受益，帶動各地農村環境保護投資近15億元。這一政策解決了一批人民群眾反映強烈的突出環境問題，使許多村莊的村容村貌明顯改善。生態保護工作積極推進，全國土壤汙染狀況調查完成了30個省市（自治區）數據接受入庫和初步審核工作，生態建設示範區工作進一步深化，生態文明建設試點有序進行。經國務院批准新增國家級自然保護區16處。
四、環境保護能力建設進一步加強。2007年以來，累積安排汙染減排統計監測考核「三大體系」建設資金60.6億元，新建、改造、接入自動站（點）787個，配備監測執法設備110501臺（套），配備交通工具（車、船、艇）6114輛（艘），配備信息設備31668臺（套）。建成汙染源監控中心306個，對1.2萬多家企業實施自動監控。去年，在應對國際金融危機的形勢下，中央環保專項、農村環保專項、汙染減排專項、中央預算內基建投資等能力建設和環境治理投入達到50億元左右。國家環境信息與統計能力建設項目全面啟動實施，以往「廢氣靠聞、廢水靠看、噪聲靠聽」的局面大為改觀。
五、環境保護政策法規體系不斷健全。一是制定並實施有利於生態環境保護的經濟政策。國家財政部、環保部和稅務總局聯合完成了開徵環境稅報告，組織制定並向經濟綜合部門提供290餘種「高汙染、高環境風險」產品目錄。國家環保部與中國人民銀行聯合推進綠色信貸，與中國保監會聯合推進環境汙染責任保險，積極推進排汙權有償使用和交易試點工作。二是環境保護法規不斷完善。相繼出臺了《規劃環境影響評價條例》、《廢棄電器電子產品回收處理管理條例》和《放射性物品運輸安全監督管理條例》。三是環保科技標準進一步強化。發布我國首個《環境保護技術發展報告》，制定（修訂）了140餘項國家環保技術標準，國家環保標準目前已達1200項。涉及火電廠氮氧化物、重金屬汙染和農村汙染防治的多項技術標準制定工作進展較大。四是規劃工作取得積極成效。
完成了「十一五」環保規劃執行情況中期評估。召開了「十二五」環保規劃編制前期工作會議，在指導思想、基本原則、主要目標、重點工程和政策保障等方面形成規劃的基本思路。
六、環評、環境監測和執法監察的力度加大。一是嚴把項目環評關。對簡單低水平重複建設、「兩高一資」和產能過剩項目不予批覆或暫緩審批；有序推進規劃環評。二是環境監測轉型加快推進。發布《關於進一步加強新時期環境監測工作的意見》等；7月1日起，向社會發布100個國家地表水水質自動監測站的實時監測數據。三是深入開展環境執法檢查活動。在高汙染行業執法檢查活動中，查處未批先建項目1824個，沒有落實環保「三同時」項目3164個，依法責令停止建設或停產，限期落實整改措施；在環保專項行動中，各地出動242萬多人次，檢查企業98萬多家，查處環境違法案件1萬多件，掛牌督辦2587件，119名責任人被追究責任；開展擴內需保增長建設項目專項檢查、規模化畜禽養殖場執法檢查等一系列專項檢查。
七、環境保護宣傳教育和國際合作工作積極推進。積極開展環境保護宣傳，營造全社會關心支持和參與環境保護的良好氛圍。環境保護在中美、中日、中哈高層對話中的地位日益突出，中俄環境保護合作互信互利、全面務實，中日韓、中國——東協環保合作進入新階段，與聯合國環境署合作進一步深化，與阿拉伯、非洲國家合作進一步加強。