編者按:
16S rRNA基因測序是目前主要的高通量測序依賴的腸道微生物研究的方法之一,16S rRNA基因測序測序可以對腸道微生物中的所有菌種進行精確定量,可以回答「樣本當中有哪些微生物,他們具有哪些功能」。然而蛋白質組學和代謝組學等下遊組學研究可以回答「這些功能是否真的發生了,發生的程度是什麼樣的」。因此,16S rRNA基因測序與代謝組等多組學聯用可在一定程度上克服上述單一組學研究的局限性,在腸道微生物與健康疾病關係研究等方面取得眾多進展,顯示良好應用前景。
本篇小鹿總結了16S+代謝組學的研究熱點方向,希望這6篇16S+代謝組學文章可以更好的助力您的科學研究。
1.移植餵食了褐藻寡糖的小鼠糞菌便可改善精子質量和精子形成
英文標題:Improvement in sperm quality and spermatogenesis following faecal microbiota transplantation from alginate oligosaccharide dosed mice
研究材料:小鼠糞便
影響因子:19.819
發表期刊:GUT
主要運用歐易/鹿明生物技術:LC-MS非靶向代謝組(由鹿明生物提供技術支持)、16S rRNA基因測序、轉錄組
最近在《Gut》和其它雜誌上發表的12篇文章表明,腸道微生物群影響生育能力。應用糞便微生物群移植(FMT)手段改善生育能力是一個新興的研究領域。本篇由中國農業科學院聯合鹿明生物合作客戶青島農業大學等實驗團隊在Gut發表 「Improvement in sperm quality and spermatogenesis following faecal microbiota transplantation from alginate oligosaccharide dosed mice」的文章,文章運用LC-MS非靶向代謝組、16S rRNA基因測序、轉錄組等多種檢測手段發現了腸道微生物群與挽救精子形成和精子質量聯繫起來的機制。首次說明,腸道微生物群可以通過改善精子形成來治療男性不育。
2.藻酸鹽寡糖化小鼠的微生物群成功減輕了小腸黏膜炎
英文標題:Microbiota from alginate oligosaccharidedosed mice successfully mitigated small intestinal mucositis
研究對象:小鼠
影響因子:11.607
發表期刊:Microbiome
運用歐易/鹿明生物技術:LC-MS非靶向代謝組學(由鹿明生物提供技術支持)、轉錄組、16S rRNA基因測序等;
2020年8月歐易/鹿明生物合作客戶中國農業科學院及青島農業大學等實驗團隊在Microbiome發表的題為 「Microbiota from alginate oligosaccharidedosed mice successfully mitigated small intestinal mucositis 」的研究成果,通過LC-MS非靶向代謝組、16S rRNA基因測序、轉錄組等多種檢測手段發現了海藻酸鈉寡糖(AOS)通過增強細胞連接、恢復小腸功能以及改善可能有助於基因表達的轉錄因子來改善busulfan幹擾的腸細胞膜;AOS改善血液代謝,以支持小腸功能的恢復。
3.EphB6基因缺陷小鼠的腸道菌群通過介導維生素B6動態平衡調節自閉症樣行為
英文標題:The gut microbiota regulates autism-like behavior by mediating vitamin B6 homeostasis in EphB6-deficient mice
研究材料:小鼠糞便、腦組織
影響因子:11.607
發表期刊:Microbiome
主要運用歐易/鹿明生物技術:16S rRNA基因測序(歐易生物提供技術服務),LC-MS非靶標代謝組(鹿明生物提供技術服務)
2020年8月歐易/鹿明生物合作客戶孫逸仙紀念醫院李建明團隊在Microbiome(IF:11.607)發表了題為 「The gut microbiota regulates autism-like behavior by mediating vitamin B6 homeostasis in EphB6-deficient mice」的文章,通過16S rRNA基因測序和LC-MS非靶向代謝組學聯合分析等手段,揭示了腸腦微生物群軸對自閉症譜系障礙(ASD)的發展有重大影響,深入而透徹地闡明了腸道菌群影響小鼠腦功能缺陷的新機制。
4.植物根際微生物對開花時間影響的研究
英文標題:Rhizosphere microorganisms can influence the timing of plant flowering
研究材料:野生型和突變型擬南芥根系分泌物、根際土壤
影響因子:11.607
發表期刊:Microbiome
運用歐易/鹿明生物技術:GC-MS非靶標代謝組(鹿明生物提供技術支持)、16S rRNA基因測序
候變化改變了植物物候學。這對生物圈和地球系統具有重要的生物、物理和化學影響。這些物候變化已成為生態學和環境科學的一個重要課題。本篇為鹿明生物合作客戶浙江工業大學環境學院陸濤博士團隊在一區期刊Microbiome發表的 「Rhizosphere microorganisms can influence the timing of plant flowering」的文章,通過整合GC-MS非靶標代謝組學和轉錄組測序、16S rRNA基因測序數據,發現根際微生物群對植物關鍵功能的調控發揮重要作用,揭示了擬南芥根部微生物將色氨酸轉化為植物激素吲哚乙酸從而延遲開花的代謝調控網絡和作用機制。
5.銀納米顆粒改變種植和未種植黃瓜土壤中的微生物群落組成和代謝物譜
英文標題:Silver Nanoparticles Alter Soil Microbial Community Compositions and Metabolite Profiles in Unplanted and Cucumber-planted Soil
研究材料:黃瓜土壤
影響因子:7.864
發表期刊:Environmental Science & Technology
運用歐易/鹿明生物技術:16S rRNA基因測序、GC-MS非靶向代謝組(由鹿明生物提供技術支持)
隨著納米材料的產業化,各種形式的納米材料將以不同途徑進入人們的生活,納米材料的生物安全性問題正受到世界各國科學家的廣泛關注,本篇為2020年2月鹿明生物合作客戶南京大學趙麗娟課題組在Environmental Science & Technology雜誌發表題為「Silver Nanoparticles Alter Soil Microbial Community Compositions and Metabolite Profiles in Unplanted and Cucumber-planted Soil」的研究論文。該研究運用16S rRNA基因測序、GC-MS非靶向代謝組技術對土壤微生物組和代謝組學分析技術的獨特結合,提供了對AgNPs生態影響的全新視角,全面了解了AgNPs暴露對土壤微生物的影響。
6.甲基雙氯酚對水稻根際微生物群及反硝化作用的影響
英文標題:Interacting effect of diclofop-methyl on the rice rhizosphere microbiome and denitrification
研究材料:水稻根際土壤微生物
影響因子:2.751
發表期刊:Pesticide Biochemistry and Physiology
運用歐易/鹿明生物技術:GC-MS代謝組學(由鹿明生物提供技術支持)、16S rRNA基因測序
環境管理需要更好地了解植物生理和微生物等對地球化學循環的相互作用。本篇由歐易/鹿明合作客戶浙江工業大學傅正偉教授團隊發表於Pesticide Biochemistry and Physiology的題為「Interacting effect of diclofop-methyl on the rice rhizosphere microbiome and denitrification」的研究,該研究採用GC-MS非靶向代謝組學和16S rRNA基因測序研究水稻培養物中殘留的DM濃度可能通過影響水稻根際微生物群落而影響氮素循環,該研究對農藥與水稻微生物群與氮循環之間複雜的生物地球化學相互作用提供了新的見解。
看點
16S+代謝組學組學研究倒計時10天
歐易/鹿明生物推出了16S+代謝組學聯合大促活動
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文章來源於鹿明生物