編者按：
在新一年的開端，小鹿首先要祝願所有的科研工作者新年快樂，願在這一年中心想事成，科研文章都上榜SCI~~
本期，小鹿推出時下熱點技術DIA技術，通過熱門技術與前沿科技相結合，用3篇影響因子總計66分的文章告訴您DIA技術的應用。
DIA技術用於永久定量數字保存
對科研研究者來說，科研樣本對研究起著決定性的因素。微量樣本、獨特樣本、珍貴樣本、甚至有些樣本是難以獲取的，針對這些樣本可能由於研究時間局限性，樣本收集不全面，樣本失效等損失會帶來課題延期、重製樣、甚至錯失發文先機。本篇由蘇黎世聯邦理工學院Ruedi Aebersold教授團隊在Nature Medicine雜誌（IF=30.641）發表題為「Rapid mass spectrometric conversion of tissue biopsy samples into permanent quantitative digital proteome maps」的研究論文，該研究提出了一個方法，可以快速穩定地將組織樣本轉化為一份數據文檔，永久地存貯這個樣本經質譜分析得到的蛋白質組結果。
影響因子：30.641
材料：組織活檢樣品
發表期刊：Nat.Med.
主要技術：PCT-SWATH/DIA
中文標題：將組織活檢樣品快速質譜轉換為永久定量數字蛋白質組圖譜
這篇文章中，作者用PCT-DIA技術方法將來自9個腎癌病人的18個組織切片分別轉化為(DIA)SWATH-MS多肽離子碎片譜圖，並從這些譜圖中對2000個蛋白樣本進行定性和定量分析。作者發現腎組織切片的蛋白質組測序結果具有很好的可重複性，而且能完全將腎癌病人和健康人，以及不同組織形態的腎癌亞型區分開來。該方法特別適合大隊列（幾十上百甚至上千個樣品）、少量樣品（比如組織活檢樣品）蛋白組批量分析。
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DIA技術在定量準確性和重現性上的優勢
嚴格說來：人體各系統器官的疾病都可以在血液當中有一定的呈現，通過測定血液中的蛋白可反映病人的生理病理狀態。因此，運用質譜技術來測定蛋白定量的準確性和重現性成了研究的焦點。本文發表在《Theranostics》上由國家蛋白質科學中心的於曉波教授、廣東省中醫院盧傳堅教授、西湖大學郭天南研究員等合作發表的In-depth serum proteomics reveals biomarkers of psoriasis severity and response to traditional Chinese medicin，詳細的總結了運用DIA技術對血液標誌物進行探索，進一步的驗證DIA 技術在定量的準確性和重現性的優勢；
材料：血清
影響因子：8.063
發表期刊：Theranostics
主要運用技術：DIA技術、抗體微陣列
中文標題：血清蛋白質組學鑑定銀屑病及其中藥療效的生物標誌物
英文標題：In-depth serum proteomics reveals biomarkers of psoriasis severity and response to traditional Chinese medicin
本文通過DIA技術和抗體微陣列技術，以銀屑病為疾病模型，對銀屑病治療前、銀屑病中藥（銀屑靈）治療後、健康對照共50例血清樣本建立蛋白質表達譜。鑑定到了106種參與血液凝固、炎症、細胞凋亡和血管生成等銀屑病相關生物過程的差異蛋白。聚類和主成分分析發現58種蛋白可區分健康組和銀屑病患者，12種蛋白可預測中藥治療效果，相關性分析發現三個血清蛋白（PI3，CCL22，IL-12B）與銀屑病面積和嚴重程度指數（psoriasis area and severity index, PASI）評分呈正相關。質譜DIA技術適合大規模臨床樣本的檢測，抗體微陣列技術可補充質譜無法鑑定到的血清低豐度蛋白，本文結合DIA技術和抗體微陣列技術研究血液生物標誌物的思路值得借鑑。
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DIA技術與人工智慧相結合
2019年11月，英國劍橋大學生物化學系和米爾納治療學研究所（Department of Biochemistry and The Milner Therapeutics Institute, University of Cambridge）等多家機構在一區期刊Nature Methods（IF=28.467）發表題為「DIA-NN：通過神經網絡和幹擾校正實現高通量蛋白質組的深度覆蓋」的文章，該文章作者提出了一種方便的集成軟體包DIA-NN，它利用深層神經網絡和新的量化及信號校正策略來處理DIA蛋白質組學的實驗結果。DIA-NN提高了傳統DIA蛋白質組定性和定量的能力，特別在高通量應用方面具有快捷的優勢，與快速色譜方法結合使用時能夠對蛋白質實現準確的深度覆蓋。
影響因子：28.467
發表期刊：Nature Methods
運用技術：DIA蛋白質組學
中文標題：DIA-NN：通過神經網絡和幹擾校正實現高通量蛋白質組的深度覆蓋
軟體版本：DIA-NN（1.6.0）、OpenSWATH18、Spectronaut、Specter、Skyline
平臺：QExactiveTM HF（Thermo Fisher Scientific ）、TripleTOF 6600 (SCIEX)
材料：酵母蛋白提取物、人臍帶血血漿、酶解的人K562細胞裂解物、Hela細胞蛋白提取物、大腸桿菌蛋白提取物
在DIA-NN中引入的計算方法穩定且顯著地增加了不同複雜度樣品及不同質譜平臺上獲得定性和準確定量的肽和蛋白質的數量。DIA-NN首次通過使用短色譜梯度實現了蛋白質組的全面覆蓋，從而顯著縮短了質譜儀的運行時間，為以前無法實現的對高通量蛋白質組進行快速而精確的測量打開了大門。
鹿明生物自2017年初建立了DIA、PRM等蛋白組學技術平臺，是國內早期開展DIA/PRM技術服務的領跑者；近2餘年來，鹿明生物積累了豐富的DIA、PRM蛋白組學等組學項目經驗，公司採用高端精密的儀器設備Thermo QE-HF等，迄今為止，鹿明生物已處理DIA+PRM項目樣品3000+例，擁有豐富完善的項目經驗；目前鹿明生物也已經自主研發了大容量水稻DIA資料庫及深度水稻磷酸化DIA資料庫、PCT-DIA技術等希望能夠為您的科研助力添彩；目前鹿明生物也推出蛋白組學檢測+驗證一體化--1+1>2的蛋白組學黃金組合服務:DIA +PRM技術，具體可掃碼添加技術交流群哦~~
鹿明生物
上海鹿明生物科技有限公司，一直專注於生命科學和生命技術領域，是國內早期開展以蛋白組和代謝組為基礎的多層組學整合實驗與分析的團隊。經過近數年的發展沉澱，公司建立起了iTRAQ/TMT、DIA、PRM、修飾蛋白組等蛋白組學技術平臺和全譜代謝組、靶向代謝組、擬靶向代謝組、脂質組等代謝組學技術平臺以及相應的數據整合分析平臺，並建立了科學完整的服務流程和精細規範的操作標準。
公司擁有：
SCIEX-QTRAP-6500,
SCIEX-QTRAP-6500 plus，
SCIEX-QTRAP-4000,
Waters Xevo G2-XS,
Thermo-TSQ-Altis,
Thermo-Obritrap-QE,
Thermo-Obritrap-QE-HF,
Aglient-GCMS-7890B/5977A,
AglientGCMS7890B/5977A（帶頂空進樣裝置）
及雲計算分析平臺等大型檢測設備以及完整的樣品前處理系統和數據分析系統（擁有各類分析軟體及資料庫）。
公司榮獲國家高新技術企業，通過ISO9001認證，獲得代謝組學專利及軟體著作等近20餘項智慧財產權專利；同時也取得上海市公共技術服務平臺資質認證，獲得上海市創新創業計劃大賽支持。
迄今為止，鹿明完成服務項目上萬個，涉及醫學、農業、生態學及工業應用等多個研究領域，發表SCI論文數百篇。
2017年6月，公司與上海歐易生物醫學科技有限公司實現戰略整合，實現中心法則上中下遊多層組學的串聯，整合後的鹿明力求打造優質技術平臺，爭做優質蛋白代謝服務企業，助力生命科學領域的科學家快出成果，出好成果，從而推動科技創新。
鹿明生物，多層組學定製服務專家，為您的科研助力！
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