然而，過表達Cre蛋白能導致哺乳動物細胞的染色體重排，據推測其發生在同loxP位點有一定序列相似性的位點。但是，通常cre 基因的表達對真核細胞是無毒性的，受小鼠金屬硫蛋白I啟動子或巨細胞病毒啟動子調控的cre轉基因小鼠的發育、生長或生殖能力不受影響。
染色體DNA片段的切除兩側帶有正向重複loxP位點的染色體DNA片段的切除(floxing) 效率高於將loxP質粒整合到細胞染色體上嵌入的loxP位點的效率。
將選定的染色體位置中含loxP位點的基因工程小鼠與表達Cre的轉基因動物交配，Cre-loxP 系統可用於產生無效等位基因及以組織特異和發育調控的方式激活基因。其他用途還包括：特定的染色體倒位和缺失、特定細胞系的去除、在預先選定的小鼠組織中產生特定基因的半臺子。
增強靶基因的表達通過在靶基因上附加一個強啟動子來改造宿主細胞或生物體，可使靶基因的表達增強。
在啟動子和靶基因之 間有數個轉錄終止序列，轉錄終 止序列兩側是串聯排列的loxP位點。在有Cre蛋白時，發生切除重組，靶基因立即直接受上遊強啟動子調控。
在轉基因生物中，僅需要適時、適地地調節Cre蛋白的表達，就能以組織特異的方式打開靶基因的表達(注意，在常規使用中，哺乳動物細胞內天然的cre基因缺少一個最佳的翻譯起始信號。
在轉染的哺乳動物細胞中，將-3位核苷酸從T轉換為G能大幅提高其重組能力)。Cre-loxP系統是當前最好的哺乳動物和植物基因組的重組系統，但並非獨-無二。