想研究snoRNA無從下手?snoRNA資料庫甩過來

2021-03-01 英拜生物

最近的小編給大家「洗腦」了許多核仁小RNA(snoRNAs)的研究與前景，可是很多人談到snoRNA卻又無從下手，今天小編給大家安利兩個snoRNA的資料庫，幫大家撥雲見日。首先，我隨手丟給大家一個「史努比」snopy（http://snoopy.med.miyazaki-u.ac.jp/snorna_db.cgi），這個snoRNA的資料庫的特點就是簡單，點擊search選擇種屬，box的類型等以及靶RNA,或者直接關鍵詞搜索直接就能得到snoRNA的序列，長度，box的保守序列以及靶向RNA的位點等信息，很原始很直接有木有！

咳咳，有小夥伴要講了，我要研究snoRNA與腫瘤的，你就給我看這個？不急，萬能的小編就給大家介紹個研究snoRNA的神器—snoRIC,它來源於2017年11月份發表在cell上的一篇名為「APan-cancer Analysis of the Expression and ClinicalRelevanceof Small Nucleolar RNAs in Human Cancer」 的文章，研究者通過對TCGA資料庫的分析，系統地調查了超過10,000個snoRNA在31種癌症中的表達情況，並發現snoRNA在多種癌症中呈現顯著的高表達圖1。

圖1 snoRNA在癌組織與正常組織中的差異表達情況

這不禁讓小編想起了另一篇大神級別的文章，2015年發表在nature genetics（IF=27.125）的文章，研究人員比較了21種不同癌症類型中的5,473個腫瘤基因組及周圍正常組織的基因組。研究人員發現在12種常見人類癌症，包括皮膚癌、乳腺癌、卵巢癌、肝癌和肺癌中，10-40%的腫瘤缺失一對稱作為SNORD50A/B的snoRNAs（圖2）。

圖2 SNORD50A/B在泛癌中的表達下調

我們再回到這篇文章，進一步的分析發現，snoRNA的高表達與宿主基因（host gene）, CNV和甲基化等多種因素相關（圖3）。

圖3 snoRNA的高表達的相關因素分析

接著，研究者將TCGA中的測序數據與臨床數據相結合，發現異常表達的snoRNA與癌症的亞型，階段以及預後等信息息息相關，說明snoRNA參與了癌症的發生發展，並可能成為新的臨床預後marker。

圖4 snoRNA與癌症以及預後

並且作者挑選了幾個候選者的snoRNA,並且通過細胞功能實驗驗證了其在腫瘤發生發展中的作用。

研究者將分析好的snoRNA數據變成了可視化的網頁，對snoRNA感興趣的小夥伴們可以通過登陸網站snoRNA in cancer(SNORic) (http://bioinfo.life.hust.edu.cn/S N ORic )（建議使用谷歌瀏覽器）查找相關snoRNA與疾病的關係。

打開主頁-點擊snoRNA based anylysis-

輸入snoRNA名稱，選擇腫瘤的不同階段，點選差異表達分析或者生存分析，點擊anylysis就能得到你想要的snoRNA與腫瘤的關係了，也很直白有木有！

課題整包|甲基化|高通量測序|分子生物學實驗|細胞功能

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