Nature: 數名研究者證實可重複性 韓春雨已提交詳細protocol

2020-12-06 儀器信息網

  自從5月2日韓春雨在《Nature Biotechnology》上發表了備受矚目的NgAgo基因編輯技術以來,隨著時間的推移,因多方學者報告無法重複實驗,事情幾近逆轉,韓春雨本人受到了巨大的質疑,甚至幹擾。在質粒共享信息庫Addgene的要求下,韓於8月8日提交了詳細protocol。

  

  韓春雨每天都會收到很多騷擾電話和簡訊,但是他對自己的基因編輯技術充滿信心。

  三個月前,來自河北科技大學韓春雨發表了關於通過NgAgo酶對哺乳動物進行基因編輯的論文。在轟動學術界後,越來越多的科學家表示,無法重複出該結果。於是質疑聲四起。

  在這樣的日子裡,韓春雨每天都會收到很多騷擾電話和簡訊,嘲笑他,甚至對他講「你的事業完蛋了。」不過,韓春雨始終相信自己的工作沒有問題。他對《Nature》表示,應線上質粒共享信息庫Addgene的要求,他已經在8月8日提交了一份詳細協議,希望藉此可以幫助其他人重複他的工作。刊登原論文的期刊《Nature Biotechnology》也正在調查此事。

nls-NgAgo-GK完整序列圖, Addgene

  這項研究的風險很高。在過去幾年中,CRISPR–Cas9系統已經帶來了生物學的變革。同時也使很多科學家如饑似渴地探索著基因編輯的新工具和新方法,NgAgo就是其中之一。哈佛醫學院遺傳學家George Church說:「我們很多人都支持並希望這項技術切實有效。」

  CRISPR–Cas9通過小型基因序列引導酶,從而對DNA精準定位切割。受此啟發,韓春雨開始尋找其他可引導的蛋白 「剪刀」,並發現蛋白質家族Argonaute (或Ago) 符合要求。先前已有人指出這些蛋白質具有潛在的基因編輯功能。

  在原論文中,韓春雨團隊報告使用了多種基因序列引導NgAgo蛋白,對人體細胞中8個不同基因進行編輯,並在染色體上一些特定位置插入基因。(F. Gao et al. Nature Biotechnol. 34, 768–773; 2016)

  據韓春雨介紹,最為關鍵的是, NgAgo只特異性地切除靶向基因,而CRISPR–Cas9有時則會編輯錯誤的基因。對於CRISPR–Cas9,在編輯點附近需要有特定的基因序列存在來幫助激活編輯活動,而NgAgo則不需要這個條件,其潛在應用範圍也更廣。

  起初,國內對韓春雨的工作可謂好評如潮,中央電視臺亦拜訪其實驗室。用他自己的話說,那簡直要把人淹沒。韓春雨其實是個慣於隱遁的人,他喜歡收藏茶葉,還會彈奏古琴。不過他不喜歡旅行,也沒有離開過中國。今年三月去拜訪杭州合作者的旅程,居然是42歲的韓春雨首次坐飛機。在其論文發表前,「我完全是不為人知的」,韓春雨對《Nature》講道。

方是民 (方舟子)

  對韓春雨研究的質疑起於7月初,前生物化學學者方是民 (方舟子) 表示聽到多名學者重複實驗失敗,稱韓春雨的論文結果是無法復現,可見知社學術圈往期發文。質疑與批評的聲音由此如雨後春筍般出現在中國網絡上。

  7月27日,澳大利亞國立大學遺傳學家Gaetan Burgio在博客上披露了他嘗試重複實驗並最終失敗的具體細節,爭議升級至國際層面。通常,他的發文閱讀量不過幾十,而這篇博文的點擊量飆升至5000以上。  

Gaetan Burgio,嘗試實驗失敗

  同一天,來自西班牙國家生物技術中心的遺傳學家Lluís Montoliu向其國際轉基因技術協會 (ISTT) 的同僚群發郵件,建議「放棄NgAgo相關項目」,「避免浪費時間、金錢、動物和人力」。郵件被曝光,並被方舟子引用。

Lluís Montoliu,建議「放棄NgAgo基因編輯項目」

  由英國愛丁堡再生醫學研究所分子生物學家Pooran Dewari發起的在線調查顯示,目前只有9位學者表示NgAgo確實有效,97位學者報告無法重複。

  兩名最初在線上聊天群組中報告NgAgo有效的研究人員現已改口稱是他們自己弄錯了。印度新德裡CSIR基因組與綜合生物學研究所的分子生物學家Debojyoti Chakraborty一度表示他重複出了韓春雨論文的一部分,即通過NgAgo敲落被引入細胞的螢光蛋白基因。螢光確實減弱了,所以Chakraborty以為是NgAgo發揮作用去除了基因。但經過DNA測序,他並沒有發現出現基因編輯的證據。現在,他表示螢光減弱應該是其他原因所致。

  來自海德堡德國癌症研究中心的遺傳學博士生Jan Winter表示自己也有類似的經歷。他說:「我會在未來幾周重複這一實驗,不過目前來看,我認為不會成功。」

  韓春雨表示,他只能在由自己實驗室培養出的細胞上實驗成功,用買來的細胞則會失敗。後來他發現,購買的細胞被支原體細菌汙染,並推測其他人可能也遇到了同樣的問題。他還補充,有些研究生可能實驗進展太快,而忽視了對試劑的保護。Winter對此表示反對:「我不認為這是科學家們實驗失敗的問題所在。」

  一位與韓春雨團隊無工作關係的中國學者對《Nature》介紹了其進展,不過他不想透露身份,以避免被捲入公眾爭議。他已經用NgAgo測試了幾種細胞,發現能夠在預期位置成功引導基因突變,這一發現已通過基因測序得到證實。不過他還補充,這一過程比使用CRISPR–Cas9的效率要低,需要微調來提高效率。「但總之,方法有效。」

  另兩位匿名中國學者也表示,他們的結果已經初步表明NgAgo奏效,不過還需要測序來進一步確認。

  Burgio講道:「可能它會有效。不過即便如此,它也太具挑戰,不值得去嘗試。它不會超越CRISPR,基本上不會。」

  荷蘭瓦赫寧根大學微生物學家John Van der Oost則表示,NgAgo的失敗「可能會令人失望,不過這也將給我們留下其他工作,去探索其他Argonaute系統是否能夠成功」。他曾於2014年參與了Argonaute蛋白質分析工作,為後來的基因編輯應用奠定了基礎。

  本周,《Nature Biotechnology》向《Nature》新聞組發布聲明,表示「一些學者」已經聯繫期刊,報告無法重複出實驗結果,目前「期刊正根據既定程序調查此事」。他們的新聞發言人拒絕透露該調查的實際情況以及持續時間。

  河北科技大學表示也要求韓春雨重複實驗,並在一個月內採取適當形式公開驗證,屆時將有第三方參與證實。

  原文連結:

  http://www.nature.com/news/replications-ridicule-and-a-recluse-the-controversy-over-ngago-gene-editing-intensifies-1.20387

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