miRNEST是一個整合了動物，植物和病毒microRNA數據的綜合資料庫，這是一個集成的microRNAs資源。該資料庫由波蘭Adam Mickiewicz大學 Izabela Makałowska的基因組進化實驗室建立，資料庫的核心部分是作者根據225種動物和202種植物的表達序列標籤（EST）進行的miRNA預測。
另外，miRNEST的外部miRNA數據已經被併入13個資料庫中，其中包括生效的miRNA序列，小RNA測序數據，表達，多樣性，靶標數據和進入外部miRNA資源的連結。同時還利用miRNA深度測序預測了18,043個前體miRNA，補充了將近40％以前預測的miRNA的實驗數據驗證支持，還補充了植物降解組分析得到的miRNA靶向預測信息，使用HuntMi和miRNA剪接位點信息進行的pre-miRNA分類的結果，也提供下載和上傳功能。
miRNEST
http://rhesus.amu.edu.pl/mirnest/copy/
Browse miRNAs模塊提供不同植物（動物和病毒也可以）的miRNA的種類和來源（有miRNST、miRBase等資料庫）進行選擇。其中Oryza sativa,有4517 記錄，Populus trichocarpa,有3079 條記錄，Homo sapiens,有2200 記錄。點擊 CLICK FOR MORE SEARCH會出現更多搜索限制，如下：
運行後展示的結果表格，miRNEST id、Species、FamilySource、Mature miRNA、vs miRBase、Download、Details。
點擊Download會展示相關序列，點擊Details會展示該物種的詳細內容，如下：
深度預測，這一部分可以通過選擇庫、物種和miRNA序列，會在結果中展示specieslibrary、miRNAmiRNA、arm、mismatches、bulges信息。在Secondary structure出現序列號，左下角會出現HuntMi預測miRNA的真假，如下：
這裡顯示了miRNA的基因查詢結果，從三種數據來源中選擇對於來源，會展示ATGC的內容，不同顏色代表不同位置的序列:
通過左上角不同的領域進行搜索，可以看到species、miRNA、short reads alignment、plot、library、transcript、category、cleavage position、P-value、fragment abundance、weighted fragment abundance、alignment score、miRNA-target alignment等列內容，其中點擊short reads alignment、plot列下的藍字可以看到對應內容。
Download模塊可以支持EST序列中預測的miRNEST miRNA、EST序列中預測的植物miRNA靶標、深度測序數據進行miRNEST miRNA預測、降解組的miRNEST植物miRNA靶標、深度測序數據預測的miRNEST mirtrons、植物miRNA基因結構預測這些數據都下載，點擊上圖左側帶劃線字符的內容即可。
簡而言之，miRNEST所提供的功能如下：
1）提供自主的高通量實驗預測的miRNA以及其他外部資料庫來源的miRNA信息。
2）靶標預測和實驗數據支持的候選靶標。
3）整合15個其它資料庫的信息資源，其包括例如序列，多態性，表達和啟動子相關信息。
4）mirtrons，miRNA基因結構，降解組數據等。
如果使用了該資料庫，別忘了引用文獻噢~
Szczesniak MW, Makalowska I (2014) miRNEST 2.0: a database of plant and animal microRNAs. Nucleic Acids Res. 42:D74-D77.Szczesniak MW, Deorowicz S, Gapski J, Kaczynski L, Makalowska I. (2012) miRNEST database: an integrative approach in microRNA search and annotation. Nucleic Acids Res. 40: D198-D204.