翼龍作為統治天空數百年的中生代霸主，吸引了很多古生物學家。一直以來對於飛行爬行動物的智商以及體溫問題的爭論也是眾說紛紜。有的科學家認為它們和大多數爬行動物一樣，是冷血動物，還有人則認為它們是恆溫動物。有人認為飛行爬行動物作為鳥類的祖先，智力可以和鳥類相媲美，還有一些人則認為大部分翼龍的智力低下，根本不是鳥類的對手。
許多翼龍頭上都裝飾有骨冠。這些頭冠似乎有兩個功能。一是視覺顯示，用於區分彼此，也吸引雌性的關注。另一功能是穩定飛行。翼龍的幾種突出的波峰足以影響空氣動力學的動物的飛行。
對翼龍頭部的研究
要搞清楚飛行類爬行動物的治理問題，就必須研究它們的頭骨。許多的翼手龍身上發現在生長在頭後方的骨冠。這些骨冠的大小不等，從一個小腫塊，到像無齒翼龍那樣長而驚人的骨冠。在不同的種類中發現、後者有兩個基本的波峰形狀，一種骨冠長的，從頭後方突出，幾乎和喙一樣長。另一個是寬斧形，位於頭骨蓋頂，在眼睛上方。這些大的骨冠肯定作為一種舵轉向影響動物的空中運動。它可能是一個性別特質，骨冠的大小可能取決於性別間的差異，科學家發現這些骨冠只是翼龍成熟的一種標誌，與它們的智力並無關係。一個翼龍頭骨腦殼有許多控制大腦和身體的其他部分之間的關係的線索。這些神經連接的證據可以以孔的形式出現在大腦通過神經螺紋連接大腦的其他器官。
翼龍可能和鳥類一樣聰明
提莉埃是最早研究滅絕生物大腦結構的科學家之一。1927年，她出版了基於它們的腦腔鑄型翼龍的大腦的一個重要研究。她發現翼龍的腦部，相比於現代爬行動物更像現代鳥類。這十分令人吃驚，因為像恐龍一樣，翼龍是從早期的爬行動物進化而來的。然而，它們的大腦更像是那些和它們大小、形狀、地點相近的鳥類的大腦。從晚侏羅世翼龍的大腦比始祖鳥的大腦更像現代鳥類，已知最早的鳥類生活在時間問題中的翼龍一樣。最近的工作由古生物學家底波拉S華頓得出結論，翼龍的大腦和現代鳥類一樣發達。
翼龍的大腦和其他爬行動物相比，翼龍大腦已經大大擴大，視野有顯著的差異。這是非常有意義的，因為一個飛行的生物，俯衝和搶奪獵物必須有卓越的視力。翼龍的大腦和鳥類進化得相似，因為它們過著相似的生活方式。食肉動物依常自己的感官來定位和捕捉猜物。飛的超驗意識發展的平衡和視覺的動物。在大腦中控制這些能力的部分，隨著轉向機動，較發達的翼龍的大腦比鱷魚，非鳥類恐龍和其他爬行動物。鳥類的大腦以類似的方式發展，強調大腦的發展，致力於飛行，視覺和平衡。
飛龍類的體溫之謎
古生物學家說到飛行爬行動物，恐龍體溫的問題一直是熱烈辯論的來源。從翼龍研究的早期，科學家們得出結論認為，這些生物吸熱，沒有外溫。溫血動物的體溫調節內部源相關的心臟和循環系統。它們不依賴於環境為熱源的凹痕可以保持持續時間的身體活動。哈利是翼龍研究進行中最偉大的古生物學家之一。在1864年，他說，這些飛行的爬行動物可能是溫暖的。根據他的結論，翼龍的血會在拍動翅膀時上升溫度，簡單的事實。為了停留在高處，一個飛行生物需要長時間的拍打翅膀。
認為翼龍是熱血的間接證據支持的其他幾個理由是:它們的骨頭表明翼龍的生長是迅速並不間斷的，就像今天的鳥。翼龍也許是恆溫動物的間接證據中，最引人注目的是它們的中空的骨頭。像鳥一樣，翼龍似乎有一個複雜的氣囊連接到它們的肺部網絡。氣囊分布整個身體，甚至存在於一些骨頭四陷中。這對於熱血的翼龍來說有兩個顯著的好處。首先，它允許空氣流通在整個身體，並保持它冷靜。勞累過度和過熱問題是鳥類和翼龍共有的問題。其次，由肺循環的空氣通過骨幣和回到肺部，可以從空氣中吸收更多的氧氣。肌肉需要氧氣才能正常工作，所以這個呼吸氣囊系統幫助翼龍利用氧氣輸入最有效的吸熱監管系統的支持。
越來越多的證據都表明一些翼龍可能有毛髮，這也就意味著翼龍很有可能是溫血動物，這種飛行的爬行動物身披毛狀纖維，可以用於保溫，減緩熱損失。遺憾的是翼龍和現代鳥類相差甚遠，甚至連遠親也算不上，它們的智商到底與鳥類相比孰高孰低，至今還沒有定論。