質性研究的指導思想與定量研究的指導思想是不同的。質性研究的本質特點在於其研究方法和理論相對於其研究對象的合適性，重視和分析不同的視角以及把研究者對研究的反思作為認知活動的一個組成部分。
方法和理論對於研究對象的適合性
不同學科都發展了各自的標準方法，這也是為了將自己區別於其他學科——比如說作為心理學核心研究方法實驗或者社會學中的問卷調查。質性研究是在研究設計上保持方法的開放性，以便讓方法能夠切合所研究對象的複雜性。質性研究的目的主要不是驗證已知（比如驗證之前已經提出的理論），而在於探索新知和發展建立在實證基礎之上的理論。質性研究的有效性也是根據研究對象來確定的，而不是——像定量研究——僅僅遵循科學性的抽象標準。衡量質性研究有效性的核心標準包括：通過研究所取得的認知是否建立在實證資料的基礎之上，研究方法的選擇和使用是否合適研究對象。
參與者的視角及其多維性
質性研究能夠揭示參與者（比如患者、家人、專業人員等）看到特定研究問題的不同視角，質性研究所關注的是與研究對象相關聯的主觀意義和社會意義。它所研究的是參與者的知識和行為。它所分析的是參與者在各自所處的場景中應對某種行為的方式以及他們之間的互動。相關關係是在事件所處的具體情境之中得到描述並從中得到解釋的。質性研究顧及了這一種情況，即對研究對象而言，參與者因其主觀視角及社會背景不同，所以他們的看法及其在各自所處社會場景中的行為方式是不同的。
研究者及研究的反思性
與定量研究不同的是，質性研究將研究者與各個場景以及被研究者的交流明確地視為認知活動的組成部分，而不是將其視為需儘可能排除的幹擾因素。被研究者和研究者的主觀性是質性研究過程中的一個組成部分。研究者自己在場景中的行為和觀察，他的印象、困惑、影響和感覺等，以及研究者對此的反思都是研究者在進行詮釋時需要考慮的因素，並將其記錄在研究日誌或者情境記錄當中。