與很多科學理論不同，進化論從一出現就一直伴隨著爭議。
即使是在今時今日，牴觸進化論，而推崇造物論的人依舊是大有人在。但是客觀來講，進化論是迄今為止對於生物起源最具權威性、證據最為充分的理論，受到了科學界的廣泛認可。
之所以對於進化論一直存在著爭議，其實原因很簡單，因為在生物進化的細節上證據不足，且很多地方看似存在著漏洞。然而通過細節上的漏洞來質疑理論的正確性是不合邏輯的，這就好比在我們無法精確計算萬有引力常數的時候，並不能夠因此而否定萬有引力的存在。
與進化論相對的另一個關於生物起源的理論就是造物論。
造物論的主要依據就是寒武紀生物大爆發。如果按照進化論來講，後代生物是由前代生物進化而來的，進化周期很長，那麼為什麼會在寒武紀出現生物大爆發呢？大量的生物形式似乎都在這一時期同時出現了。
其實這並不足以成為造物論的證據，原因很簡單。請問，為什麼我們只有恐龍骨架的化石，而沒有完整恐龍身體的化石呢？這似乎是個很無聊的問題，但恰恰解釋了寒武紀生物大爆發的原因。寒武紀是甲殼類動物以及脊椎魚類出現的時代，而在此之前的物種大多是軟體動物，並不是說寒武紀之前物種匱乏，只不過它們無法留下存在的證據罷了。
為了調和進化論與造物論之間的矛盾，拉馬克曾經提出過一種與達爾文不同的進化論思想。
拉馬克認為進化是由於「用進廢退」所導致的，也就是說物種需要使用哪個器官，它就會進化，而不使用的器官則會退化。比如長頸鹿，之所以脖子那麼長，就是因為長頸鹿不斷去攝食高處的樹葉所導致的。
至於長頸鹿為什麼會不斷去攝食高處的樹葉，是因為長頸鹿的基因中有一種「內驅力」，這種無形的內驅力驅使長頸鹿沒有原因的去攝食高處的樹葉，而這種內驅力則是上帝所注入的。為了調和進化論與造物論，拉馬克可謂是煞費苦心。但他忽略了一個關鍵的邏輯性問題，如果生物是造物主所創造的，那又怎麼會滅絕呢？
所以，生物的出現、進化以及滅絕都是自然選擇的結果，這也是達爾文進化論的精髓。
達爾文認為進化與「用進廢退」無關，進化就是原因基因的突變。
因基因突變而脖子變長的長頸鹿能夠攝食更高的樹葉，所以具有更強的存活能力，而脖子短的長頸鹿則會因食物不足而死去，久而久之，脖子長的基因就留存了下來，而短脖子基因則湮滅在自然之中，而這一切與長頸鹿的主觀無關，完全是源於基因突變，只不過有益於生存的基因會在留下來，而不利於生存的基因則會在殘酷的自然競爭中被逐漸淘汰。
當然，達爾文的進化論也並不是沒有問題，他的有益基因突變理論過於極端了。
因為進化並不僅僅是有益基因的傳承，事實上基因的突變具有隨機性，進化也具有隨機性。就拿人類來說吧，人為什麼進化出了五個手指？五個手指比四個、六個、八個更有優勢嗎？顯然不是，這只是一種隨機。
所以進化並不僅是有益基因突變的傳承，而是隨機基因突變的傳承，只是有益的基因更易傳承下去，而有害的基因更易被淘汰罷了。達爾文的進化論作為一種理論假說發展到現代已經變為了名為演化論的一整套理論體系，無論從從分子生物學，還是基因上都可以找到諸多證據。當然，演化論依然存在著無法解釋的細節漏洞，但這些都不足以成為對理論本身的質疑。