基因敲除酵母thg1-源井生物

2020-08-06 源井生物科技

在日常生活中有三個區域可以鑑定出與酵母tRNA（His）鳥苷基轉移酶（Thg1）具有序列相似性的基因，Thg1家族酶涉及從tRNA（His）成熟到5&39;-5&39;至3&39;至5&39;–5&39;末端，這是組氨酸-tRNA合成酶對tRNA進行有效氨醯化所必需的修飾。 Thg1樣蛋白（TLP）基因敲除大腸桿菌和線粒體中發現，並且在生化上不同於其真核Thg1對應物TLP催化截短的tRNA的5&39;-單磷酸化的tRNA催化3&39;反應首先需要一個激活步驟，即在第二個核苷酸基轉移步驟之前生成5&39;-末端。與人類THG1的早期特徵一致，研究人員觀察到了激活和核苷酸轉移這兩個步驟中涉及的核苷酸的獨特結合位點。具有GTP的BtTLP複合物揭示了與GTP核苷酸在激活位點的新相互作用，這從先前解析的結構中看不出來。此外，BtTLP-ATP結構允許首次在激活位點直接觀察ATP。 BtTLP結構數據，結合所選變體的動力學分析，提供了對關鍵殘基在激活步驟中的作用的新見解。

釀酒酵母Thg1使用5&39;-5&39;末端去除焦磷酸，生成5&39;-單磷酸化的G-1殘基的存在，對於通過其組氨酸-tRNA合成酶識別tRNA（His）非常的重要。除單G-1加成反應外，Thg1還將多個G殘基聚合到tRNA（His）變體的5&39;-5&39;末端作為模板。推測逆向聚合的機理涉及每個傳入的NTP對3&39;-OH對通過前面的核苷酸添加而產生的完整5&39;-焦磷酸鹽去除的3&39;聚合酶反應之間存在競爭潛力，這可能確定了Thg1催化加成反應的結果，但尚未研究出任何Thg1酶在這些競爭反應之間的相互作用。研究人員建立了瞬態動力學測定法，以鑑定酵母Thg1具有一組tRNA（His）底物的焦磷酸鹽去除與核苷酸添加了活性之間的關係，其中N-1：N73鹼基的身份發生變化，以模仿N-1的各種產物Thg1催化的加成反應。研究人員證明5&39;-5&39;-5&39;-3&39;OH攻擊延伸的多核苷酸末端生成的5&39;-5&39;磷酸底物。除組氨酸tRNA成熟外，Thg1在生命的所有三個超級區域以及某些大型DNA病毒的代表中可能還具有其他RNA修復作用。研究人員還提供證據表明，在類似聚合酶的結構域，證實兩人Thg1與GGDEF和CRISPR聚合酶蛋白催化結構域的密切相關。

根據這種關係和這些酶的系統發育模式，我們推斷Thg1蛋白很可能代表同一類蛋白質的古生真核分支，從而產生了可移動的CRISPR聚合酶，並在細菌中產生了GGDEF結構域。Thg1可能接近該酶家族的祖先版本，後者在最後一個通用祖先中可能在RNA修復中發揮了作用。Ubigene開發了CRISPR-B™，可優化微生物基因編輯載體和工藝。效率和準確性比傳統方法高得多。 CRISPR-B™可用於細菌和真菌的基因編輯。

Reference

Abad MG, Long Y, Willcox A, Gott JM, Gray MW, Jackman JE. A role for tRNA(His) guanylyltransferase (Thg1)-like proteins from Dictyostelium discoideum in mitochondrial 5&39;-pyrophosphate removal to control addition of nucleotides to tRNA(His.). Biochemistry. 2014;53(8):1380-1391. doi:10.1021/bi4014648。

Anantharaman V, Iyer LM, Aravind L. Presence of a classical RRM-fold palm domain in Thg1-type 3&39;nucleic acid polymerases and the origin of the GGDEF and CRISPR polymerase domains. Biol Direct. 2010;5:43. Published 2010 Jun 30. doi:10.1186/1745-6150-5-43。

基因敲除酵母thg1-源井生物

基因敲除切割效率不僅可以讓人具有生成蛋白基化譜和建立調控記錄的能力，而且具有多種優勢，是一種特別有吸引力的重組蛋白表達系統。首先，它在穀氨酸上羧基化，在酪氨酸上硫酸化。第二，操作簡單，通過瞬時基因表達可以快速產生重組蛋白。第三，可用於穩定的重組蛋白生產。一些研究人員利用基因細胞敲除切割效率系統產生基因編輯細胞系，對GLUL基因組位點進行靶向測序，產生了EPO的穩轉細胞系，並發現重組促紅細胞生成素在人體內穩定表達的機制。

根據科研需求，結合靶基因的情況進行基因穩轉敲除方案設計。

方案1：小片段基因敲除方案，gRNA設在外顯子2兩端的內含子中，敲除外顯子編碼鹼基數為非3倍數，敲除後可造成移碼。

方案2：移碼基因敲除方案，gRNA設在外顯子上，缺失的鹼基數為非3倍數，敲除後可發生移碼突變。

方案3：大片段基因敲除方案，將整個基因的編碼序列敲除，達到大片段敲除的效果。

基因敲除酵母thg1-源井生物

註明 | 文章是源井生物原創，轉載請註明。

相關焦點

  • Crispr技術基因敲除細菌-源井生物
    ）靶基因插入和敲除，目的是進行細菌修飾。MAGIC代表了強大的合成生物學工具，可用於研究基本生物學問題並設計用於生物技術應用的複雜表型。Ubigene已開發出CRISPR-B™以優化微生物基因編輯載體和工藝。效率和準確性遠高於傳統方法。 CRISPR-B™可用於細菌和真菌的基因編輯。
  • 基因編輯康克酵母知識科普-源井生物
    用於可再生生物燃料和生化生產的非常規酵母的基因工程解脂耶氏酵母是一種非致病性，二態性和嚴格需氧的酵母菌種。由於其獨特的生理特徵和代謝特性，這種非常規酵母不僅是研究真菌分化的基本性質的良好模型，而且還是生化生產和各種生物技術應用的有希望的微生物平臺，需要廣泛的基因敲除技術。
  • 基因編輯釀酒酵母深度解析-源井生物
    據信，它最初是從葡萄皮中分離出來的人們可以將酵母看作是一些深色水果（如李子）的皮膚上白色薄膜的成分；它存在於表皮的蠟中。它是分子和細胞生物學中研究最深入的真核生物模型之一，同時也可用作基因敲除大腸桿菌（Escherichia coli）的模型細菌。它是最常見的發酵類型微生物。
  • CRISPR-U基因敲除細胞系-源井生物
    CRISPR-U 是源井生物自主研發的應用於基因編輯細胞系的獨家技術（基於CRISPR / Cas9技術），通過優化基因編輯載體和基因編輯流程，CRISPR-U 技術的基因切割效率和重組效率是普通的CRISPR/Cas9技術的10倍以上，輕鬆實現細胞水平的基因敲除（KO）、基因點突變
  • 基因敲除構巢麴黴的研究-源井生物
    另外，該系統的效率通常允許將基因工程引入非模型物種。紫花苜蓿（Emericella nidulans）作為工業化學品和酶的來源已有很長的生產歷史，並且是用於研究遺傳調控，發育生物學，信號轉導和次級代謝的發育模型系統。因此，基因敲除，基因敲入或點突變將成為研究構巢麴黴的新方法。
  • 一次讀懂基因敲除Vero細胞系-源井生物
    Vero細胞起源於1960年代3月27日的正常成年非洲綠猴的腎臟，是微生物學以及分子和細胞生物學研究（包括涉及對基因的編輯等研究）中最常用的哺乳動物基因細胞系之一。作為需要CRISPR / Cas9技術的基因敲除/敲入。
  • 基因敲除大腸桿菌的代謝通量分析-源井生物
    由於實驗室培養的悠久歷史和簡便的操作，基因敲除細胞系大腸桿菌在現代生物工程和工業微生物學中起著重要的作用。 [82] Stanley Norman Cohen和Herbert Boyer在大腸桿菌中的工作，利用質粒和限制酶產生重組DNA，成為生物技術的基礎。
  • 關於基因敲除U251細胞系的應用-源井生物
    因此，一些科學家開發了PAX6基因敲除的U251細胞系，作為分子研究工具來研究PAX6在減輕膠質母細胞腫瘤進程中的作用。CRISPR-Cas9技術用於敲除U251 N膠質母細胞瘤細胞中的PAX6。指導RNA被設計成在相對於轉錄起始位點（TSS）在+25至+58位之間的PAX6基因5'端附近產生突變。
  • 基因敲除真菌編輯服務
    真菌，複數真菌，是真菌界約144,000種已知生物中的任何一種，包括酵母，鐵鏽，黑穗病，黴菌和蘑菇。真菌的種類很多，包括粘菌和卵菌（水菌），它們不屬於真菌界，但通常被稱為真菌。 Chromista王國中有許許多多這類的真菌樣生物。真菌是地球上分布最廣泛的生物之一，對環境和醫學具有重要意義。
  • 基因敲除細胞系技術-源井生物
    通過這種方式，這些類型的細胞最適合用於概念驗證工作的基因敲除細胞系技術（例如生物列印設備和技術的開發和初始實施）。但是，儘管細胞系確實保留了其來源細胞類型的某些正常功能，但通常會大大降低其功能。含有穀氨醯胺合成酶（GS）基因敲除的細胞系和使用該基因敲除的HEK293細胞系生產靶蛋白的方法本發明涉及從轉基因HEK293（人胚腎293）細胞系中敲除的新型GS（穀氨醯胺合成酶）基因和使用該轉基因HEK293細胞系製備靶蛋白的方法。
  • 這是基因敲除KYSE-150細胞系的成功秘籍-源井生物
    Shalem，Kurata和Joung使用CRISPR基因敲除文庫篩選出了黑色素瘤和AML耐藥性的基本基因。一些研究人員試圖將CRISPR文庫篩選策略與RNA測序技術結合在KYSE-150細胞中，以探索ESCC的關鍵基因和抗化學性的潛在機制。
  • 基因敲除EGFR細胞-源井生物
    表皮生長因子受體（EGFR）的擴增和基因突變被認為與預後呈負相關。在這項研究中，研究人員使用蛋白質組學確定UBXN1是EGFR突變vIII（EGFRvIII）的負下遊調控因子。通過生物信息學分析，研究人員發現UBXN1是可以改善神經膠質瘤患者總體生存時間的因素。研究人員還確定，在存在EGFRvIII的情況下，UBXN1的下調是由H3K27me3的上調介導的。
  • 基因敲除 NCI-H1299細胞系助力肺癌研究-源井生物
    此外，它可能通過基因定製的癌症相關細胞，例如基因敲除的H1299細胞等，使有針對性癌症治療的患者受益。研究表明，NCI-H1299細胞系是一種穩定的細胞系，具有純合子敲除的功能。一些人類基因使用CRISPR-Cas9。因此，NCI-H1299的基因敲除技術通常用於治療肺癌。
  • 基因敲除裡氏木黴可改變生物體基因組的遺傳-源井生物
    這些生物產生的降解生物質的酶也可用於食品，飼料，造紙和紡織工業等各個領域。裡氏木黴（Trichoderma reesei）是一種真菌，是纖維素酶和半纖維素酶的知名高效生產商，因此被酶工業廣泛用於生產其自身的內源酶以及生產異質蛋白。兩年來，許多研究表明，CRISPR/Cas9系統是一種強大的基因組編輯方法，基因敲除可促進多種生物體中基因組的遺傳改變。
  • 分享Hela 敲除細胞的運用-源井生物
    這使得將基因定位到特定染色體的研究取得了進展，最終將導致人類基因組計劃，包括CRISPR技術的基因敲除和基因敲除。採用細胞稀釋法和嘌呤黴素篩選法分別確定雙sgRNA和單sgRNA引導基因編輯的成功率。Western blot分析表明，雙sgRNA定向p62基因敲除效率高於單sgRNA定向p62基因敲除效率。靶序列測序分析提示p62編碼基因存在較大的缺失突變。H2O2處理後Hela細胞穩定敲除結果表明，p62基因敲除能顯著抑制H2O2誘導Hela細胞早期凋亡。因此，成功建立了p62基因敲除Hela細胞系。
  • 基因敲除A549細胞系你不能錯過的文章-源井生物
    A549細胞已成為II型肺泡上皮細胞的基因敲除細胞模型，這意味著A549 KO細胞系可用於研究肺組織的代謝過程以及藥物向組織的可能傳遞機制。該細胞系目前被用作體外和體內模型，通過一些基因編輯技術（例如CRISPR / Cas 9）研究肺癌和正在開發的藥物療法，這使A549成為適合基因敲除的細胞系。基因敲除的定製過程。
  • Crispr基因敲除細胞系系統分析-源井生物
    基因敲除細胞系的前提條件性，是要一種用於消除某些組織（例如肝臟）中特定基因的技術。該技術對於研究個體基因在活生物體中的作用非常廣泛。它與傳統的基因敲除技術不同，因為它在特定的時間針對特定的基因，而不是從一開始就將其清除。而基因敲除技術的使用消除了許多傳統基因敲除的副作用。在傳統的基因敲除中，胚胎可能由於基因突變而死亡，這使科學家無法研究成年的基因細胞。
  • Crispr基因敲除細胞系系統分析-源井生物
    該技術對於研究個體基因在活生物體中的作用非常廣泛。它與傳統的基因敲除技術不同，因為它在特定的時間針對特定的基因，而不是從一開始就將其清除。而基因敲除技術的使用消除了許多傳統基因敲除的副作用。在傳統的基因敲除中，胚胎可能由於基因突變而死亡，這使科學家無法研究成年的基因細胞。然而某些細胞組織即使可以敲除也不能單獨進行研究，因此該細胞在某些組織中必須是無活性的，而在其他組織中必須保持活性。
  • 「紅棉狂歡節」CRISPR基因編輯原來如此簡單 | 源井生物
    源井生物自主開發的紅棉·CRISPR基因編輯系統（紅棉系統），是源井生物集3000多例基因編輯大數據，生物信息學和IT信息能力，重磅打造的基因編輯自動方案系統。使用紅棉系統僅僅需要1分鐘，即可獲得3套基因敲除方案，同時提供800多種細胞相關參數和3000多個成功案例數據分享。讓基因編輯更簡單是源井生物的企業目標，提供簡單，快速和高效的進行基因編輯工具是源井生物的企業宗旨。為此，源井生物重磅推出紅棉CRISPR基因編輯系統年度巨獻狂歡節，真正讓客戶感受到基因編輯是如此的輕鬆簡單。
  • 一文詳解基因編輯真菌原理-源井生物
    Red/ET重組系統是微生物基因編輯最經典的方法，可以實現對DNA分子的敲除、點突變、敲入等多種修飾。該技術已被廣泛地用於基因組DNA，如細菌人工染色體、大腸桿菌染色體等的遺傳修飾研究以及基因工程藥物的研究和開發中。