實驗室常用15種小鼠品系基因組測序項目完成

2021-01-08 生物谷

        10月15日研究人員宣布，對15種生物實驗室常用小鼠品系的基因組測序計劃完成，發現了大約八百三十萬個單核苷酸多肽性（single  nucleotide  polymorphisms，SNPs）。研究結果目前已經免費向讀者開放，成為研究環境因素引發疾病的機制的寶貴資源。

        單核苷酸多肽性是指DNA序列內部的單個鹼基變化。因為小鼠和人類許多基礎生物學和行為學過程都很相似，比如基因功能，因此這些數據有助於研究人類對帕金森氏症、癌症、糖尿病、心臟病、肺部疾病、生殖系統疾病、哮喘等200多種疾病的易感性，這些疾病都受到接觸的環境物質的影響。

        「面向研究團體免費開放這些有價值的數據，是一個重大的裡程碑，」  美國國家環境衛生研究中心（National  Institute  of  Environmental  Health  Sciences  ，NIEHS)主任David  A.  Schwartz博士說。「每個小鼠品系都有其遺傳特異性。現在我們弄清了這些小鼠品系的DNA差異，可以將患有某種遺傳疾病的小鼠品系的基因組與其它沒有此疾病的小鼠品系的基因組對比，以用來弄清人類中的一些相似發病過程，比如為何暴露於相同的環境下，一些人容易發生某種疾病，而另一些人卻不會？

        兩年前，NIEHS的National  Toxicology  Program項目小組與加拿大Perlegen  Sciences公司達成協議，啟動「測序和SNP探索計劃」。Perlegen研究人員利用2003年的C57BL/6J  小鼠品系（第一個經過DNA測序的小鼠品系）DNA測序結果作為標準參照物，對129S1/SvImJ、A/J、AKR/J、BALB/cByJ、BTBR  T+  tf/J、C3H/HeJ、CAST/EiJ、  DBA/2J、  FVB/NJ、MOLF/EiJ、KK/HlJ、NOD/LtJ、NZW/LacJ、PWD/PhJ和WSB/EiJ等15個小鼠品系的DNA進行分別測序。這15個小鼠品系都是研究人員依據遺傳差異和實驗室使用頻率精心篩選的，測序技術是常用於尋找人類基因組DNA變異的高密度寡核苷酸微列陣技術（high-density  oligonucleotide  array  technology）。

        「Perlegen研究人員對從事這種科學工作非常興奮，因為從中能夠獲得很多寶貴子資源。我們相信這些數據能夠提供許多複雜遺傳特徵相關的信息。」Perlegen  Sciences公司遺傳部副主席Kelly  Frazer說。

        「研究人員對此計劃期望值很高。現在，我們走到計算機前，輕輕敲入我們想利用的小鼠品系名稱，就可以查看此小鼠基因組序列差異，將其與其它小鼠品系的進行比對。」  

        北卡羅萊那大學小鼠疾病模型研究專家David  Threadgill博士說，「假如我們利用多個小鼠品系，可以將動物暴露於某種環境物質，然後查閱數據，對比患病的小鼠品系和非患病的小鼠品系遺傳差異。這樣有助於我們尋找人類對某種疾病易感性不同的原因。

        「這些小鼠數據將幫助我們弄清人類中的「相應」基因，導致對於某些疾病易感性的相應分子和生理學途徑，以及在易感人群引發疾病的環境病原體，」霍華德醫學院醫學教授、職業病和流行病學教授David  Christiani博士說這些數據對製藥公司來說也將是一筆巨大的信息資源。

部分英文原文：

Mouse DNA To Aid Biomedical Research

Researchers announced today that they have successfully resequenced the DNA of 15 mouse strains most commonly used in biomedical research. More than 8.3 million single nucleotide polymorphisms (SNPs) were discovered among the genomes of the 15 mouse strains and the data are now publicly available. These new data will help researchers better understand complex genetic traits, such as why some individuals are more susceptible to certain diseases, and will serve as a valuable resource in determining how environmental agents influence the development of disease.

Single Nucleotide Polymorphisms, or SNPs (known as "snips"), are single genetic changes, or variations, that can occur within a DNA sequence. Because mice and humans share many of the same fundamental biological and behavioral processes, including gene functions, these data will help researchers understand human genetic susceptibility to almost 200 diseases such as Parkinson, cancer, diabetes, heart and lung diseases, reproductive diseases, and asthma and other childhood diseases, which are affected by exposure to environmental substances.

更多原文連結：http://www.nih.gov/news/pr/oct2006/niehs-25.htm

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