原子與分子是如何聚集在一起的?

2020-09-03 我才是Becky

曾經我因自己是學生物的而驕傲,由於本人過於高調,現在身邊人都知道我學生物了,於是開始肆無忌怛的提問題,諸如:人體有多少細胞,染色體是啥,啥是疏水作用???
在我啞口無言之際,更有甚者,反問我:」你不是學生物的麼?不是博士麼?「

於是,我開始反思作為一個生物人,我是不是不配擁有這樣偉大的頭銜. 於是,我開始了一輪」基礎知識「的學習,在此與各位分享,希望我們能夠為身邊無知的人們補一補生物課,也是為自己補補課,我還能怪誰呢,總不能怪大學老師,高中老師,沒把基礎講好吧,這追溯下去,可以埋怨的人手拉著手可以繞地球兩圈

曾經某位偉人說過,基礎的深度決定了你可以走多遠,我信了她的邪

今天分享的是:

原子與分子是如何聚集在一起的?

1. 共價鍵

最常見的方式是共價鍵,也是我們常說的化學鍵,比如水分子是 H-O-H,其中氫原子與氧原子之間的連接鍵就叫共價鍵,共價鍵有約80千卡路裡每摩爾的能量,身體溫度的熱能約為0.6千卡路裡每摩爾,所以比較起來,共價鍵的能量非常高,普通的熱能無法打斷,這也是為什麼像DNA這樣的大分子在幾十萬年後還可以被檢測和測序,是非常穩定的。


2. 氫鍵

兩個水分子之間的氧原子會共同爭奪一個氫原子,導致這個氫原子的負電荷在兩個氧原子之間頻繁交換,造成了水分子之間的強烈聯繫,這也展示了之所以水在室溫不會變成水蒸氣的原因,因為水分子之間有很強的親和力。所以氫原子並不專屬於一個水分子,而是被來回交換,正是這來回的交換,對氫原子的共用,使得氫鍵具有接近5千卡路裡每摩爾的能量來連接分子;因為氫鍵的能量和室溫能量差的不多,所以如果溫度足夠高,熱能就足以打斷這些連接;這也是為什麼加熱後水會蒸發


3. 疏水作用

因為氫原子和碳原子對電子的親和力一樣,所以對於只有氫和碳的有機分子來說,是不帶電荷的,也就是電中性,沒有多餘的電子或質子,比如說這樣一個有機分子: CH3-CH2-CH2-CH2-CH3 它的學名叫戊烷(因為有5個C),當把它放在水中,因為它不帶電,而水分子之間是帶電的,所以它和水沒有相互作用,水分子會把戊烷包圍,這種排布代表了混亂的降低,即熵的降低,熵指混亂/無序,而熱力學告訴我們,一般來說分子是不傾向於有序的,我們現在得到兩個原因為什麼這個戊烷不喜歡被放在水裡,首先,它無法和水形成氫鍵,其次會發生熵減,無序度降低,我們常叫這種分子為非親水的分子,即不喜歡和水呆在一起,疏水的 那麼問題來了,像這樣一條長長的: CH3-CH2-CH2-CH2-CH2-CH2-CH2-CH2-CH2-COOH,它的最右端有個帶電荷的親水的羧基-COOH(因為氧帶負電荷),而左側都是疏水的,在水中如何排布呢? 如果有成千上萬個這樣的分子,它們會把親水的頭部伸入水中,而疏水的尾巴遠離水溶液,相互聯結成一個球,我們會把這種分子叫做兩親分子 熱力學穩定性通常是由這些親水和疏水力來連接或分開這些分子


4. 靜電作用

事實上還有些別的力控制分子間的親和度,比如羧基-COOH中的兩個氧原子會有電子之間的移動,所以它們的負電荷是平分的,整個羧基是一個帶負電荷的區域,氨基具有吸引質子的能力,因此帶鹼性,整個氨基是帶正電荷的團,所以氨基與羧基之間存在靜電力,靜電力是沒辦法精確量化的,因為靜電力等於r平方的倒數,即1/r2, 距離遠近,作用越大;

5. 範德華力

兩個一般情況下不帶電荷的分子,比如兩個戊烷,而電子是時刻處於遊蕩的狀態,從一處跑到另一處,它們絕不會長時間的均勻分布,會有短暫的一瞬間,幾微秒甚至幾納秒,某個原子的電子更多或更少,只是很偶然的一瞬間,而這不均勻的電子分布會進而引起相鄰分子產生相反的電子交換,所以這裡就可以得到兩個準極性的排布,轉瞬即逝,僅僅持續非常短暫的時間,不過已經足以在這兩個分子間產生微弱的或許只能維持一微秒的然後消失的力,總之,這是一種很弱的力,對於整體的連接和兩個分子的能量來說只起了很小的作用

生物膜,磷脂雙分子層

在講疏水作用部分的時候,大家是否想到我們熟悉的細胞膜呢? 是的,聰明如你,所有的生物膜都是像那個常常的兩親分子一樣,有親水的頭和疏水的尾巴,將膜內的環境和膜外環境隔開,像離子或者葡萄糖等親水物質是不能自由跨過膜結構的,因為它們無法穿過膜中間的疏水層,這種膜結構可以使細胞在內部積累高濃度的分子,或者可以將他們泵到外面,也就是使膜內外形成很大的濃度梯度,比如在許多細胞外鈣離子的濃度比細胞內的濃度高成千上萬倍,細胞膜上有離子泵,將多餘的鈣離子泵到外面,這種運動是非常消耗能量的,事實上,我們大腦消耗的能量大多數都花在離子泵上,以此保證特定離子在神經元內外的濃度,我們每天的新陳代謝負擔至少有一半是用於將這些離子分隔在細胞的內外,比如鉀離子在細胞內的濃度很高,鈉離子在細胞外的濃度很高;另外還有通道,通道實際上就是一些甜甜圈狀的結構,插入在細胞膜的脂質雙分子層間,從而使離子可以通過它們進行被動運輸。


該部分的知識整理完畢,主要內容來自麻省理工大學的《生物學導論》

《生物學導論》連結:http://open.163.com/newview/movie/courseintro?newurl=%2Fspecial%2Fopencourse%2Fintroductionbiology.html

我轉念一想,我還沒畢業呢,還不算博士,可以有知識漏洞,如果足夠優秀了,肯定早就畢業了,而且博士又不是神仙,我們只是比別人多了解一丟丟專業知識而已,要學習的地方還非常多嘞~ 你們不知道生物這學科遍及範圍有多大,地上跑的,水裡遊的都算生物,請體諒一下我們這些學生物的吧,文科理科都得掌握

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