來源：來源網絡 2007-03-27 21:37
實驗目的
學習水平式瓊脂糖凝膠電泳檢測DNA的純度、構型、含量和分子量大小。
實驗原理
閉合環狀質粒、線性質粒和開環質粒DNA由於構形不同，在加溴化乙錠的瓊脂糖凝膠電泳上呈現不同的遷移率，因而在紫外燈下觀察，能區別閉合環狀質粒DNA（cccDNA）、線性質粒DNA（L-DNA）和開環質粒DNA（ocDNA）。
實驗材料和試劑
（一）實驗樣品
質粒pUC118
（二）試劑
1．l DNA/HindIII分子量標準
2．溴酚藍指示劑點樣緩衝液
0.2% 溴酚藍
50% 蔗糖
3．1mg/ml溴化乙錠溶液
4．電泳緩衝液（TAE）
40 mmol/L Tris-乙酸
1 mol/L EDTA
(配製方法：24.2克Tris鹼，5.71ml冰乙酸，10ml 0.5mol/L EDTA(pH8.0)，定容至5000ml）
5．0.7% 瓊脂糖凝膠
（配製方法：稱取瓊脂糖0.35克，加入50ml TAE電泳緩衝液）
（三）儀器
微量移液器 電泳儀
水平電泳槽 透射紫外觀察儀
實驗步驟
1．選擇合適的水平式電泳槽，調節電泳槽平面至水平。檢查穩壓電源與正負極的線路。
2．選擇孔徑大小合適的點樣梳子，垂直架在電泳膠模的一端，使點樣梳子底部離電泳膠模底部的距離為1.0mm。
3．製備0.7%瓊脂糖凝膠，100℃水浴加熱至瓊脂糖融化均勻。
4．用吸管取少量瓊脂糖凝膠溶液將電泳膠模四周密封好，防止澆灌瓊脂糖凝膠板時發生滲透。待瓊脂糖凝膠冷卻至60℃左右時，加入一滴溴化乙錠，搖勻，輕輕倒入電泳膠模中，瓊脂糖凝膠的厚度在3～5mm。倒膠時要避免產生氣泡，若有氣泡可用吸管小心吸去。
5．瓊脂糖凝膠凝固後，在室溫放置20分鐘，小心拔掉點樣梳子和電泳膠模兩端的擋板，保持點樣孔的完好。
6．將電泳膠模放入電泳槽中，加入電泳緩衝液，使電泳緩衝液面高出瓊脂糖凝膠表面1～2mm。如點樣孔內有氣泡，用吸管小心吸出，以免影響加樣。
7．將15ml DNA樣品與1/5體積的溴酚藍指示劑點樣緩衝液混合。上樣緩衝液不僅可以提高樣品的密度，使樣品均勻沉到樣品孔內，還可以使樣品帶顏色，便於上樣和估計電泳時間和判斷電泳的位置。
8．用微量移液器將樣品小心加入加樣孔內，記錄樣品點樣秩序。
9．蓋上電泳槽，開啟電源開關，最高電壓不超過5V/cm（100～150V恆壓電泳），使DNA從負極向正極移動。
10．電泳時間隨實驗的具體要求而異。電泳一般需1～3小時。電泳完畢後關閉電源，戴一次性塑料手套取出凝膠，儘可能將所有的電泳緩衝液淋幹，在254nm波長的透射紫外燈下觀察。
【提示】
（一）瓊脂糖凝膠電泳
1．瓊脂糖凝膠的性質
瓊脂糖是從海藻中提取的一種直鏈多糖，它由D-半乳糖和3,6-脫水-L-半乳糖的殘基交替排列組成的線型多聚糖。當瓊脂糖加熱至90～100℃左右，即可形成清亮透明的液體。澆在模板上冷卻至40～45℃時，凝固形成凝膠。瓊脂糖帶有親水性，不含有帶電荷的基團，不引起DNA變性，又不吸附被分離的物質，因此它是一種很好的凝膠劑。瓊脂糖凝膠可區分相差100bp的DNA片段。
2．DNA分子的遷移率
DNA分子在電泳中的遷移率的因素是多方面的，除了決定於DNA分子大小與構型外，還有瓊脂糖凝膠的濃度、電壓大小、緩衝液pH值和電泳時的溫度等。
（二）實驗操作中注意的問題
1．加熱溶解瓊脂糖時應不斷地搖動容器，使附於壁上的顆粒也完全溶解。
2．溴化乙錠是一種強致癌劑，並有中度毒性，因此必須十分謹慎小心。操作時一定要戴手套，用過的手套要及時將手套順手翻過來，讓汙染有溴化乙錠的面朝裡。
3．用254nm波長的紫外光進行觀察的效果比366nm清晰，但產生的切口DNA量也較高。紫外光對眼睛有害，觀察時應戴上眼鏡或防護面罩。
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