隨著冷戰結束，中美兩國蜜月期逐漸結束，在冷戰時期基於針對蘇聯戰略利益的接觸也宣告終結。美軍軍事力量在第一島鏈增加對中國海軍軍事威懾，再加上美海軍航母編隊在東海海域不斷進行抵近偵察，最嚴重則是中美在臺海危機對峙局面，當時中國海軍軍事力量相對弱，根本對美海軍航母編隊無法造成威脅。何況，中國海軍潛艇部隊由於噪聲相當大等特點，在跟美海軍航母戰鬥群對峙中處在弱勢地步，而且在1994年朝鮮啟動石墨反應堆事件，美軍出動小鷹號航母戰鬥群進行軍事威懾，再碰到中國漢級403號核潛艇，美軍鷹號航母戰鬥群竟然死死纏住403號核潛艇，並且對403號核潛艇進行精確定位，連續進行7次模擬攻擊，這場對峙72小時的中國核潛艇和美國小鷹號航母戰鬥群遭遇事件，最終以中國核潛艇落敗結束。
經過中國核潛艇和美國小鷹號航母戰鬥群遭遇事件，中國在潛艇領域進行重大改進，暗暗下決定打造中國靜音型潛艇，包括加緊對新型核潛艇研發和反航母戰術，促使中國海軍水下作戰力量突飛猛進。畢竟，中國海軍在033型和035型常規潛艇，在性能上跟世界一流常規潛艇存在著差距，而中國首款核潛艇在性能上也跟美蘇兩國裝備先進核潛艇存在差距。
在1996年之際，美軍全部採用核動力潛艇，包括洛杉磯級攻擊核潛艇和俄亥俄級戰略核潛艇，特別是美海軍洛杉磯級攻擊核潛艇性能和噪音都獲得相當大提升，而且噪音也是當時世界一流水平，水下排水量在7000噸左右，而且裝備著先進的聲吶探測系統，裝備著可發射「戰斧」飛彈垂直發射裝置，部署著射程超過2500千米的「戰斧」式巡航飛彈，承擔起美海軍反艦、反潛、為航空母艦戰鬥群護航，而且洛杉磯級攻擊型核潛艇是美海軍第三代攻擊性核潛艇，最重要則是美海軍向來重視核潛艇靜音型，中國早期漢級核潛艇實力根本無法達到美海軍洛杉磯級攻擊型核潛艇。
漢級核潛艇即中國海軍091型攻擊核潛艇，在蘇聯拒絕幫助中國建造核潛艇，而且扔下傲慢態度：「核潛艇技術太複雜，中國根本搞不了，而且花錢太多，中國不要搞，但在毛主席毅然決然支持下，「核潛艇，一萬年也要搞出來!091型核潛艇401號最重要在1974年8月1日建軍節加入中國海軍，被命名為長徵1號攻擊核潛艇，但091型核潛艇只是解決有無問題，在設備和性能都落後時代，導致中國核潛艇未能趕上世界一流核潛艇。091型核潛艇水下噪音過大、武器系統不完備等，導致在1994年被美海軍小鷹號航母戰鬥群窮追不捨，無處躲藏的局面。
在中美核潛艇對峙事件爆發後，中國對常規潛艇和核潛艇進行重大升級，包括在1994年引進俄羅斯基洛級常規潛艇，俄羅斯基洛級常規潛艇以火力強大、噪音小而聞名，特別是經過現代化改裝後的636型基洛級潛艇，性能和噪音再次獲得提升，而且蘇聯在研製基洛級常規潛艇，還爆發出著名的「東芝事件」。
基洛級潛艇採用多種減噪措施，包括在潛艇艦體外層吸音塗料、輪機安裝減震基座上、機艙採取隔音設施等，噪音進一步降低，而且趕上西方國家一流水平，被稱作為「海底黑洞」。作為當時世界上最安靜的潛艇，基洛級潛艇的隱蔽性和安靜程度則是中國海軍所需要的，在1996年「基洛」級潛艇噪音降到118分貝，則是相當了不起，而改進型636型基洛級潛艇靜音效果進一步降低，再加上裝備著「俱樂部」反艦飛彈包括3M54E1超音速反艦巡航飛彈，最大射程達到300公裡，引進俄羅斯常規潛艇得意之作，將幫助中國改進039型常規潛艇。
在1996年之際，中國在建造039型常規潛艇遇到相當困難，相對035型潛艇性能獲得提升，但跟俄羅斯636型基洛級潛艇存在著差距，而且最重要則是636型基洛級潛艇裝備著俱樂部」潛射飛彈射程遠，具有非常明顯的優勢，進一步對039型潛艇在水上、水下最大航速、最大潛深和續航力、自持力等重要指標改進。中國海軍吸收俄羅斯在基洛級潛艇優秀設計和減噪等特點，在039型潛艇艇體上設消音瓦，推進裝置採用更加安靜螺旋槳，再加上大量採用新型動力、自動化設備、聲納和武器裝備，整體作戰能力跟俄制「基洛」級持平。
039型潛艇在朝著「向西方看」設計觀念下，採用跟西方國家相同的水滴線型設計，借鑑俄羅斯基洛級潛艇的單軸7葉大側斜螺旋槳，減少航行噪音，而且裝備著潛射反艦飛彈和潛射反潛飛彈等現代化作戰裝備。039型潛艇在中國著名常規動力潛艇設計師李連有為總設計師指導下，在潛艇設計上特別重視降低整艇噪聲水平。根據李連有為總設計師稱，039型潛艇採用減震浮閥技術，配合7葉大側斜螺旋槳，進一步降低螺旋槳空化噪音，艇體表面敷設的消聲瓦，對於降低艇內噪音向外傳遞起到重要作用。
039型潛艇在安靜程度和噪聲水平超越同時代的西方國家水準，跟俄羅斯改進型636型相接近，這也是中國潛艇在降噪水平首次達到世界一流水準。039型潛艇基礎上研製出039A/B型潛艇，靜音性能進一步獲得提升，跟美日韓三國戰艦玩「捉迷藏」。中國潛艇和美國航母流傳的對峙局面，被稱作為「潛艇和航母之間的較量」，即中美兩國武裝力量直接對抗。
中國潛艇跟美國老牌海洋霸權國家鬥法，在經歷1994年尷尬一幕，被美海軍「當頭一棒」，最終在2006年找回場面。在2006年，中國海軍039型常規動力潛艇在日本海域跟蹤美國「小鷹」號航空母艦，這艘039型潛艇在跟蹤期間，一直未被美軍「小鷹」號航空母艦發現，直到這艘潛艇在魚雷攻擊射程內浮出水面，而根據美海軍稱，中國039型潛艇最近距離美海軍「小鷹」號航空母艦不到16公裡，完全在魚雷和反艦飛彈打擊範圍內，這次中美潛艇和航母「照面」，為中國海軍漢級核潛艇扳回一城，也讓美海軍對中國潛艇部隊刮目相看，而且美海軍在09年最終證實，2006年，中國海軍039型潛艇貼近小鷹號航空母艦的事件令美軍感到驚訝，沒有料到中國潛艇如此距離未被美海軍發現。
無獨有偶，在2007年中國海軍再次上演拿手好戲。美軍「小鷹」號航空母艦戰鬥群跟日本海上自衛隊舉行軍事演習，而且12艘軍艦保護美軍「小鷹」號航空母艦，但中國海軍潛艇再次悄無聲息逼近「小鷹」號航空母艦，如同神兵天降出現在距離「小鷹」號航空母艦幾公裡的地方上浮，而且中國潛艇成功躲過12艘美日軍艦組成的保護防禦圈，再次在中國潛艇魚雷和飛彈射程範圍內。中國潛艇突然出現在搭載4500名官兵美國「小鷹」號航空母艦，躲避美軍造價昂貴監測設備，很可能進行多次模擬攻擊演練，而美海軍小鷹號航母在退役前，被中國潛艇「羞辱」兩次。
總的來說，中國潛艇設計人員付出艱辛的努力，最終要打造出世界一流潛艇，在此對中國潛艇研製工作者表達崇高敬意，正是他們付出讓美國核潛艇再也不敢輕易的對中國核潛艇進行圍追堵截。