B肝病毒結構縝密，病毒自身有複製模板，還有催化劑在病毒複製過程中起到作用。因此，一旦B肝病毒缺少上述兩個必備要素之一，B肝病毒就無法完成複製過程。
B肝病毒的複製過程，不可或缺兩個要素，模板高度穩定是難點
催化劑，即醫學上B肝病毒DNA聚合酶。原理上假如沒有DNA聚合酶，B肝病毒就不能繼續複製下去。兩條螺旋DNA鏈圍成一個環形結構，這就是B肝病毒的基因組（DNA）。這兩條螺旋DNA鏈，特點是一條長度較短的正鏈，和另一條完整環狀比較長的負鏈。
前者以後者負鏈作為模板，通過上面提到的B肝病毒DNA聚合酶催化作用下，形成完整的環狀，這就是B肝病毒感染人體肝細胞後發生的事情。這個完整的環狀DNA，就是我們常聽到的cccDNA，即共價閉合環狀DNA。它可以作為B肝病毒複製過程中最初的模板。
B肝病毒基因會依賴cccDNA作為模板，再通過酶的催化形成，最終形成新的病毒DNA顆粒。cccDNA既是複製模板，也是病毒複製過程中的產物，只要cccDNA存在我們人體的肝細胞核內，它就具有天然高度的穩定性，能夠長期存在我們的肝細胞內。
所以，B肝病毒的「複製模板」cccDNA是很難徹底清除的，它非常深入，即便現今最前沿的抗病毒藥物，都很難清除掉它們。通過小番健康對B肝病毒模板cccDNA的初步介紹，相信我們會對B肝徹底治癒難點有初步認識，即血液HBV-DNA檢測不到，肝功能也逐漸恢復正常之後，依然需要長期使用核苷類藥物（NAs）。
根本問題在於深深植入肝細胞內的B肝模板cccDNA難清除，所以，cccDNA清除也作為B肝治癒的關鍵。現有核苷類似物恩替卡韋、富馬酸二吡呋酯片無論使用多長時間，想要清除深植模板都是相當困難的。即便外周血全部B肝病毒被清除，只需要肝細胞內存在極少的cccDNA，停用核苷類似物後，cccDNA依然會重新形成B肝病毒複製。
因此，B肝病毒標誌物檢測技術，已從B肝兩對半檢測走向前沿的B肝病毒DNA定量，即B肝病毒脫氧核糖核酸檢測技術。B肝DNA更針對體內B肝病毒載量進行分析，B肝DNA是B肝病毒的遺傳物質，也是B肝病毒複製的必須要素。